转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 119 / 149 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002588 Chr01 NC_080387.1:44009068-44009082promoter 内 222-236 bp - 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44012847-44012918(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAACTGGATAAAGAA
SmilChr04G001397 Chr04 NC_080390.1:22772705-22772719promoter 内 213-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22767711-22768931(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCCTTATCCACCAC
SmilChr03G001193 Chr03 NC_080389.1:13746543-13746557promoter 内 197-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13750347-13751267(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTCTTATCCTATTT
SmilChr04G000194 Chr04 NC_080390.1:1725655-1725669promoter 内 196-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1717276-1721864(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCACTAT
SmilChr02G000927 Chr02 NC_080388.1:16133980-16133994promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16127729-16130187(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCTAGTT
SmilChr02G004582 Chr02 NC_080388.1:68300868-68300882promoter 内 182-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68304687-68310878(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGTCTTATCCATTGG
SmilChr02G003729 Chr02 NC_080388.1:58921546-58921560promoter 内 177-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58925370-58929358(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGCCTGATCCATAAT
SmilChr04G003901 Chr04 NC_080390.1:54781220-54781234promoter 内 147-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54776041-54777380(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGATTATCCACATG
SmilChr01G003378 Chr01 NC_080387.1:52466303-52466317promoter 内 135-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52457879-52462451(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATGTGGATAATACC
SmilChr02G004002 Chr02 NC_080388.1:62347628-62347642promoter 内 131-145 bp + 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62351498-62356060(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCTTATCA
SmilChr03G004637 Chr03 NC_080389.1:63989545-63989559promoter 内 131-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63983064-63985689(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGCTATCCATAAA
SmilChr03G001957 Chr03 NC_080389.1:27983152-27983166promoter 内 85-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 27977687-27979250(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGGTGGATAAGATT
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13077631-13077645promoter 内 38-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13071779-13073682(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATTTA
SmilChr03G001626 Chr03 NC_080389.1:20914175-20914189promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20918171-20918276(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATTTA
SmilChr03G004266 Chr03 NC_080389.1:61143540-61143554promoter 内 3363-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 61138318-61142916(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCCTTATCTAATGC
SmilChr03G002470 Chr03 NC_080389.1:39173723-39173737promoter 内 2763-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 39174961-39175034(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCATATCCATTAG
SmilChr03G002471 Chr03 NC_080389.1:39173723-39173737promoter 内 2658-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 39175066-39178152(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCATATCCATTAG
SmilChr03G003927 Chr03 NC_080389.1:58349918-58349932promoter 内 2597-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 58351322-58352302(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATATGGTG
SmilChr04G002265 Chr04 NC_080390.1:36634207-36634221promoter 内 1233-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 36636975-36642906(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAACTTATCCACTGC
SmilChr03G004181 Chr03 NC_080389.1:60530752-60530766promoter 内 293-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 60534460-60538815(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAGTGGATAAGTGT
SmilChr02G004642 Chr02 NC_080388.1:68877107-68877121promoter 内 3693-3707 bp + 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 68869286-68876813(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAATTGGATAATTAT
SmilChr04G003589 Chr04 NC_080390.1:52322808-52322822promoter 内 3630-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 52321623-52322451(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGAGTGGATAATATC
SmilChr01G006094 Chr01 NC_080387.1:76417020-76417034promoter 内 3402-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 76417619-76419277(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGGTTATCCAATTT
SmilChr04G002510 Chr04 NC_080390.1:40085091-40085105promoter 内 3353-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 40085739-40088968(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAAAAA
SmilChr04G000125 Chr04 NC_080390.1:1067718-1067732promoter 内 2996-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 1063140-1066727(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCTTTATCCACTTT
SmilChr04G003872 Chr04 NC_080390.1:54618781-54618795promoter 内 2869-2883 bp + 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 54616007-54617663(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAGTGGATAACACA
SmilChr02G004648 Chr02 NC_080388.1:68910540-68910554promoter 内 2819-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 68911722-68913135(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCTGCTTT
SmilChr01G005811 Chr01 NC_080387.1:74125532-74125546promoter 内 2804-2818 bp - 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 74126729-74127211(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAAAAA
SmilChr01G005810 Chr01 NC_080387.1:74125532-74125546promoter 内 2368-2382 bp - 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 74123288-74123913(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTTATCCAAAAA
SmilChr01G004852 Chr01 NC_080387.1:66685631-66685645promoter 内 2034-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 66682128-66683678(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCCCTTG
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38947242-38947256promoter 内 1930-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 38949313-38953240(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTTTTATCCACTAC
SmilChr01G005735 Chr01 NC_080387.1:73482918-73482932promoter 内 1410-1424 bp + 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 73479335-73480341(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTGGATAACCCT
SmilChr02G000110 Chr02 NC_080388.1:1400665-1400679promoter 内 1389-1403 bp - 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 1403277-1405878(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAAAAAA
SmilChr04G003114 Chr04 NC_080390.1:47697159-47697173promoter 内 1309-1323 bp + 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 47699851-47702672(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAAACT
SmilChr02G003939 Chr02 NC_080388.1:61532410-61532424promoter 内 1225-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 61529031-61529648(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTAATGGATATGATT
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