转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 119 / 134 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001617 Chr02 NC_080388.1:30120446-30120460promoter 内 1187-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30116256-30117646(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAACCCT
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68049440-68049454promoter 内 1120-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68052321-68052394(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCTCTATA
SmilChr02G004651 Chr02 NC_080388.1:68954155-68954169promoter 内 1006-1020 bp + 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68939557-68951174(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATCATG
SmilChr01G005111 Chr01 NC_080387.1:68901620-68901634promoter 内 1001-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68897613-68898634(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAGTAATTATTAT
SmilChr03G000921 Chr03 NC_080389.1:10528749-10528763promoter 内 992-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 10531758-10532970(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGAGATAATGATTTT
SmilChr02G003121 Chr02 NC_080388.1:52221074-52221088promoter 内 943-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52224132-52225238(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTACCGATGATTAG
SmilChr01G000020 Chr01 NC_080387.1:387952-387966promoter 内 919-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 382559-384884(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCCATCATTAAATTA
SmilChr02G003730 Chr02 NC_080388.1:58937995-58938009promoter 内 890-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58929601-58934898(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTAACAAT
SmilChr01G002938 Chr01 NC_080387.1:48155251-48155265promoter 内 882-896 bp - 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48158370-48164782(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCTCAATT
SmilChr01G002940 Chr01 NC_080387.1:48178622-48178636promoter 内 871-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48181752-48185923(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATTTTAATGATTGT
SmilChr03G001542 Chr03 NC_080389.1:19355027-19355041promoter 内 834-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19349623-19351874(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTAATCAT
SmilChr01G003716 Chr01 NC_080387.1:55491550-55491564promoter 内 825-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55494726-55498773(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTACCAATGATTGA
SmilChr03G000701 Chr03 NC_080389.1:7834499-7834513promoter 内 823-837 bp - 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7837677-7840036(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATGATATTT
SmilChr02G002228 Chr02 NC_080388.1:39634204-39634218promoter 内 786-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39625323-39631003(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGATTAATGATGAG
SmilChr03G001636 Chr03 NC_080389.1:21083508-21083522promoter 内 766-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21078468-21080287(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATAATCTTA
SmilChr02G000397 Chr02 NC_080388.1:4912098-4912112promoter 内 735-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4915364-4916889(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTTTTTTT
SmilChr01G000318 Chr01 NC_080387.1:6169772-6169786promoter 内 720-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6173053-6173990(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTTGGT
SmilChr03G001911 Chr03 NC_080389.1:26733561-26733575promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26736929-26737921(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAGCTAATGATGTG
SmilChr02G002355 Chr02 NC_080388.1:41337185-41337199promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41340616-41341587(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGCTAATGATTTT
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38131848-38131862promoter 内 568-582 bp - 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACCTTGATGATTAC
SmilChr01G005578 Chr01 NC_080387.1:72506376-72506390promoter 内 535-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72509842-72511262(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTATGATC
SmilChr01G001648 Chr01 NC_080387.1:30543627-30543641promoter 内 491-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30538737-30540131(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCGGCCTA
SmilChr01G004647 Chr01 NC_080387.1:64553081-64553095promoter 内 473-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64548769-64549567(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGGATTAATGATGAT
SmilChr03G002728 Chr03 NC_080389.1:43339178-43339192promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 43342712-43343830(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGGATTAATGATGAT
SmilChr02G000578 Chr02 NC_080388.1:8324258-8324272promoter 内 431-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8318475-8320702(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAATAAA
SmilChr03G002060 Chr03 NC_080389.1:31367334-31367348promoter 内 422-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 31370913-31376747(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAGTCAATGATTGA
SmilChr02G003346 Chr02 NC_080388.1:54673153-54673167promoter 内 413-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54676741-54680443(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTAGAAGA
SmilChr03G002574 Chr03 NC_080389.1:40963174-40963188promoter 内 356-370 bp - 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40957815-40959543(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTAGTAATGATGTT
SmilChr02G000017 Chr02 NC_080388.1:133998-134012promoter 内 299-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 128166-130310(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAAGAAATGATTGA
SmilChr02G001254 Chr02 NC_080388.1:23026906-23026920promoter 内 294-308 bp - 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 23030613-23031678(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTATCATTAGATTC
SmilChr02G005227 Chr02 NC_080388.1:73475105-73475119promoter 内 222-236 bp - 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 73468206-73471340(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGGGTTAATGATTGC
SmilChr01G005883 Chr01 NC_080387.1:74761449-74761463promoter 内 193-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 74756461-74757655(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGGGTCG
SmilChr02G000427 Chr02 NC_080388.1:5463130-5463144promoter 内 172-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5458164-5459315(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTATCATTACGTTG
SmilChr03G001960 Chr03 NC_080389.1:28082813-28082827promoter 内 125-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28086689-28096713(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTATTTAATGATTAT
SmilChr01G000411 Chr01 NC_080387.1:8369145-8369159promoter 内 86-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8364560-8365244(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTAATCAT
SmilChr03G000658 Chr03 NC_080389.1:7345588-7345602promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7340706-7341663(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAGTAATTATTAT
SmilChr03G001945 Chr03 NC_080389.1:27723338-27723352promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27727292-27730928(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTAGAAAA
SmilChr02G005490 Chr02 NC_080388.1:75075933-75075947promoter 内 21-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75070422-75071967(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CACATCATTATCCTC
SmilChr03G001678 Chr03 NC_080389.1:22052512-22052526promoter 内 7-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22032539-22048532(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGATTAATGATGAG
SmilChr01G005213 Chr01 NC_080387.1:69742322-69742336promoter 内 3565-3579 bp + 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 3 69742758-69744892(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAAGTAATAATTAA
SmilChr01G005211 Chr01 NC_080387.1:69742322-69742336promoter 内 471-485 bp + 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 3 69738297-69738806(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATTATTACTTGT
SmilChr03G001659 Chr03 NC_080389.1:21534725-21534739promoter 内 3825-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 21534010-21534563(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATATAATGATAGC
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SmilChr01G005063 Chr01 NC_080387.1:68535491-68535505promoter 内 3527-3541 bp - 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 68531427-68535031(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTAATAATGATAAC
SmilChr02G005346 Chr02 NC_080388.1:74277679-74277693promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 74278747-74282868(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATTTA
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SmilChr02G003723 Chr02 NC_080388.1:58844534-58844548promoter 内 2832-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 58841428-58843379(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTATGATTACTTTT
SmilChr02G004055 Chr02 NC_080388.1:62867216-62867230promoter 内 2684-2698 bp + 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 62868533-62877844(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAGTTATGATTAA
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SmilChr02G002832 Chr02 NC_080388.1:48464400-48464414promoter 内 2017-2031 bp + 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 48466384-48467903(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATATAATGATGTA