转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 119 / 135 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005308 Chr02 NC_080388.1:73996666-73996680promoter 内 869-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73991125-73993548(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCCGATG
SmilChr01G004494 Chr01 NC_080387.1:63061626-63061640promoter 内 808-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63064819-63070667(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCTTCCT
SmilChr03G002687 Chr03 NC_080389.1:42742374-42742388promoter 内 732-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42738401-42739119(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAAGCTG
SmilChr02G005434 Chr02 NC_080388.1:74761830-74761844promoter 内 721-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74755413-74758564(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATATTATCCTA
SmilChr01G001449 Chr01 NC_080387.1:28204257-28204271promoter 内 678-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28196534-28200948(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACCCCTTATCTTT
SmilChr02G000815 Chr02 NC_080388.1:13640229-13640243promoter 内 598-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13643632-13649062(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACCAAAAA
SmilChr02G004600 Chr02 NC_080388.1:68517637-68517651promoter 内 579-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68521059-68526346(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTGGTTATCCTC
SmilChr02G002499 Chr02 NC_080388.1:43431427-43431441promoter 内 544-558 bp + 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43427181-43427984(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAACGAGAAA
SmilChr01G003149 Chr01 NC_080387.1:50304634-50304648promoter 内 536-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50292902-50301183(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGCCGCCTTATCTCA
SmilChr02G000375 Chr02 NC_080388.1:4752367-4752381promoter 内 481-495 bp + 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4745987-4748861(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAAAAA
SmilChr03G000981 Chr03 NC_080389.1:11080136-11080150promoter 内 450-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11083687-11088021(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGCGGTGG
SmilChr03G000865 Chr03 NC_080389.1:9846017-9846031promoter 内 406-420 bp + 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9849612-9855030(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACCCCTTATCTTT
SmilChr03G002675 Chr03 NC_080389.1:42466962-42466976promoter 内 376-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42462635-42463351(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAAGCTG
SmilChr01G004700 Chr01 NC_080387.1:65105727-65105741promoter 内 356-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65099193-65102096(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATAGTAAT
SmilChr03G002741 Chr03 NC_080389.1:43557221-43557235promoter 内 256-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43551979-43553490(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACATGCAC
SmilChr01G002264 Chr01 NC_080387.1:39442181-39442195promoter 内 164-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 39437281-39438358(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTATCATATCCTC
SmilChr03G001325 Chr03 NC_080389.1:15513535-15513549promoter 内 156-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15517380-15519261(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAAACCC
SmilChr01G002276 Chr01 NC_080387.1:39522187-39522201promoter 内 141-155 bp - 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 39526047-39527688(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGAGGTA
SmilChr03G001422 Chr03 NC_080389.1:16840184-16840198promoter 内 140-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16834462-16836337(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAAACCC
SmilChr01G003625 Chr01 NC_080387.1:54809245-54809259promoter 内 98-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54802917-54805356(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATAAAGAA
SmilChr02G002921 Chr02 NC_080388.1:49582436-49582450promoter 内 98-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49586339-49591276(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGGGTGA
SmilChr01G001776 Chr01 NC_080387.1:32664372-32664386promoter 内 93-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32659813-32660478(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTGGTTATCCTC
SmilChr02G001610 Chr02 NC_080388.1:29965480-29965494promoter 内 46-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29969435-29972595(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACAGTGAG
SmilChr02G005273 Chr02 NC_080388.1:73808578-73808592promoter 内 42-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73812537-73813490(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTCTGATTATCCTC
SmilChr01G001399 Chr01 NC_080387.1:27495261-27495275promoter 内 22-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 27490289-27491296(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATCATT
SmilChr01G000395 Chr01 NC_080387.1:8113982-8113996promoter 内 21-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8117962-8120106(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTATTCCTTATCAGA
SmilChr02G003537 Chr02 NC_080388.1:56513953-56513967promoter 内 20-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56517934-56519916(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGGAGCG
SmilChr02G001670 Chr02 NC_080388.1:30955149-30955163promoter 内 9-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30959141-30961050(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACCCCTTATCTTT
SmilChr03G000691 Chr03 NC_080389.1:7723126-7723140promoter 内 3796-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 7723331-7725582(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAAGATTATCCTT
SmilChr03G001262 Chr03 NC_080389.1:14575103-14575117promoter 内 3696-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 14572958-14574812(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTGTGTTATCCTC
SmilChr02G001046 Chr02 NC_080388.1:18513961-18513975promoter 内 3140-3154 bp - 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 18509589-18513114(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAAAACTTATCCAT
SmilChr01G001304 Chr01 NC_080387.1:25983750-25983764promoter 内 2558-2572 bp - 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 25985193-25986678(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGGATGA
SmilChr01G003377 Chr01 NC_080387.1:52458886-52458900promoter 内 2194-2208 bp + 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 52451698-52457093(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGATAAGGTCTTG
SmilChr02G003660 Chr02 NC_080388.1:57988594-57988608promoter 内 1723-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 57982041-57986330(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCTCCTTATCTCG
SmilChr01G001303 Chr01 NC_080387.1:25983750-25983764promoter 内 1081-1095 bp - 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 25956856-25980844(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCATCCCTTATCATC
SmilChr01G000033 Chr01 NC_080387.1:548917-548931promoter 内 859-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 552059-556937(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTTGTTATCCTT
SmilChr01G000525 Chr01 NC_080387.1:10707222-10707236promoter 内 807-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 10702889-10704042(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCAGCTTATCCTG
SmilChr02G000489 Chr02 NC_080388.1:6686180-6686194promoter 内 223-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 6689958-6694670(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGGCCTTATCAAC
SmilChr02G001664 Chr02 NC_080388.1:30854916-30854930promoter 内 97-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 30858820-30861350(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGAACCAA
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SmilChr01G000356 Chr01 NC_080387.1:7388822-7388836promoter 内 82-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 7382262-7384917(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGAACCAA
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SmilChr02G000599 Chr02 NC_080388.1:8642201-8642215promoter 内 3749-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 8642453-8644900(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAGATAAGGTGTAC
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SmilChr02G005496 Chr02 NC_080388.1:75121505-75121519promoter 内 3511-3525 bp + 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 75121995-75125320(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATATATTATCCTA
SmilChr01G001117 Chr01 NC_080387.1:22807177-22807191promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22804136-22806660(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAATGAAG