转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 119 / 161 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003504 Chr04 NC_080390.1:51439615-51439626promoter 内 3592-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51439144-51439217(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr05G000205 Chr05 NC_080391.1:1630348-1630359promoter 内 3580-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1625450-1629938(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr03G000740 Chr03 NC_080389.1:8404987-8404998promoter 内 3575-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8405413-8406971(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr01G005012 Chr01 NC_080387.1:68141550-68141561promoter 内 3572-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 68139956-68141132(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr05G001362 Chr05 NC_080391.1:12116693-12116704promoter 内 3572-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12108986-12116275(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr06G002383 Chr06 NC_080392.1:34652137-34652148promoter 内 3568-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34652570-34655259(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr01G005955 Chr01 NC_080387.1:75241019-75241030promoter 内 3546-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75241474-75243017(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr07G001485 Chr07 NC_080393.1:11691721-11691732promoter 内 3544-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11690898-11691275(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr04G001489 Chr04 NC_080390.1:24338565-24338576promoter 内 3542-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 24336566-24338117(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr07G001650 Chr07 NC_080393.1:13957761-13957772promoter 内 3534-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13958228-13959771(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr05G003640 Chr05 NC_080391.1:48827106-48827117promoter 内 3505-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48824678-48826621(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr07G000227 Chr07 NC_080393.1:1465439-1465450promoter 内 3496-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1457496-1464945(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr04G003738 Chr04 NC_080390.1:53703269-53703280promoter 内 3488-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53699217-53702767(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr03G003471 Chr03 NC_080389.1:53175806-53175817promoter 内 3480-3491 bp - 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53176327-53178406(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr02G003919 Chr02 NC_080388.1:61280538-61280549promoter 内 3468-3479 bp - 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61277665-61280016(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr02G001764 Chr02 NC_080388.1:32375167-32375178promoter 内 3462-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32375706-32377534(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr05G002913 Chr05 NC_080391.1:35085475-35085486promoter 内 3448-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35086028-35088092(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr02G000598 Chr02 NC_080388.1:8639404-8639415promoter 内 3433-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8634748-8638847(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr05G003753 Chr05 NC_080391.1:50668762-50668773promoter 内 3384-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50669379-50674671(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr03G001148 Chr03 NC_080389.1:13247462-13247473promoter 内 3375-3386 bp - 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13245752-13246847(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr06G000341 Chr06 NC_080392.1:2555351-2555362promoter 内 3338-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2556014-2558338(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr01G004291 Chr01 NC_080387.1:61128396-61128407promoter 内 3334-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61129063-61132865(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr02G004328 Chr02 NC_080388.1:65561302-65561313promoter 内 3329-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 65561974-65565788(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr08G000851 Chr08 NC_080394.1:6305981-6305992promoter 内 3328-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6306654-6310947(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr01G005954 Chr01 NC_080387.1:75241019-75241030promoter 内 3326-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75238405-75240355(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr04G000993 Chr04 NC_080390.1:13754231-13754242promoter 内 3323-3334 bp + 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13754909-13758419(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr01G002532 Chr01 NC_080387.1:43326645-43326656promoter 内 3302-3313 bp - 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43327344-43329010(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr06G003081 Chr06 NC_080392.1:43689970-43689981promoter 内 3298-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43690673-43695568(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr02G001896 Chr02 NC_080388.1:34263782-34263793promoter 内 3296-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34264487-34266626(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr06G002041 Chr06 NC_080392.1:26695005-26695016promoter 内 3291-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26695715-26697224(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr01G004899 Chr01 NC_080387.1:67065684-67065695promoter 内 3277-3288 bp + 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 67057716-67064971(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
SmilChr02G002816 Chr02 NC_080388.1:48272453-48272464promoter 内 3272-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48266258-48271735(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr02G000182 Chr02 NC_080388.1:2319655-2319666promoter 内 3264-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2316010-2318929(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACCCATTTTTGG
SmilChr01G001327 Chr01 NC_080387.1:26404384-26404395promoter 内 3261-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26402990-26403655(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr03G001228 Chr03 NC_080389.1:14164686-14164697promoter 内 3261-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14165426-14166550(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGCA
SmilChr07G002233 Chr07 NC_080393.1:20536921-20536932promoter 内 3257-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20534193-20536188(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTTAG
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