靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00004943-RA_Salv |
SmilChr07G002937 |
MIKC_MADS | XP_057777490.1 |
MP00096 |
CCAAAAATGGAA |
9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 119 / 161 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G003504 |
Chr04 | NC_080390.1:51439615-51439626promoter 内 3592-3603 bp |
+ | 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 51439144-51439217(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr05G000205 |
Chr05 | NC_080391.1:1630348-1630359promoter 内 3580-3591 bp |
+ | 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 1625450-1629938(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr03G000740 |
Chr03 | NC_080389.1:8404987-8404998promoter 内 3575-3586 bp |
+ | 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 8405413-8406971(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr01G005012 |
Chr01 | NC_080387.1:68141550-68141561promoter 内 3572-3583 bp |
- | 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 68139956-68141132(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr05G001362 |
Chr05 | NC_080391.1:12116693-12116704promoter 内 3572-3583 bp |
+ | 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 12108986-12116275(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr06G002383 |
Chr06 | NC_080392.1:34652137-34652148promoter 内 3568-3579 bp |
- | 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 34652570-34655259(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr01G005955 |
Chr01 | NC_080387.1:75241019-75241030promoter 内 3546-3557 bp |
+ | 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 75241474-75243017(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr07G001485 |
Chr07 | NC_080393.1:11691721-11691732promoter 内 3544-3555 bp |
+ | 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 11690898-11691275(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr04G001489 |
Chr04 | NC_080390.1:24338565-24338576promoter 内 3542-3553 bp |
- | 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 24336566-24338117(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr07G001650 |
Chr07 | NC_080393.1:13957761-13957772promoter 内 3534-3545 bp |
+ | 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 13958228-13959771(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr05G003640 |
Chr05 | NC_080391.1:48827106-48827117promoter 内 3505-3516 bp |
- | 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 48824678-48826621(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr07G000227 |
Chr07 | NC_080393.1:1465439-1465450promoter 内 3496-3507 bp |
+ | 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 1457496-1464945(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr04G003738 |
Chr04 | NC_080390.1:53703269-53703280promoter 内 3488-3499 bp |
- | 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 53699217-53702767(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr03G003471 |
Chr03 | NC_080389.1:53175806-53175817promoter 内 3480-3491 bp |
- | 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 53176327-53178406(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr02G003919 |
Chr02 | NC_080388.1:61280538-61280549promoter 内 3468-3479 bp |
- | 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 61277665-61280016(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr02G001764 |
Chr02 | NC_080388.1:32375167-32375178promoter 内 3462-3473 bp |
+ | 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 32375706-32377534(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr05G002913 |
Chr05 | NC_080391.1:35085475-35085486promoter 内 3448-3459 bp |
+ | 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 35086028-35088092(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr02G000598 |
Chr02 | NC_080388.1:8639404-8639415promoter 内 3433-3444 bp |
- | 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 8634748-8638847(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr05G003753 |
Chr05 | NC_080391.1:50668762-50668773promoter 内 3384-3395 bp |
+ | 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 50669379-50674671(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr03G001148 |
Chr03 | NC_080389.1:13247462-13247473promoter 内 3375-3386 bp |
- | 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 13245752-13246847(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr06G000341 |
Chr06 | NC_080392.1:2555351-2555362promoter 内 3338-3349 bp |
- | 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 2556014-2558338(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr01G004291 |
Chr01 | NC_080387.1:61128396-61128407promoter 内 3334-3345 bp |
- | 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 61129063-61132865(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr02G004328 |
Chr02 | NC_080388.1:65561302-65561313promoter 内 3329-3340 bp |
- | 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 65561974-65565788(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr08G000851 |
Chr08 | NC_080394.1:6305981-6305992promoter 内 3328-3339 bp |
- | 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 6306654-6310947(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr01G005954 |
Chr01 | NC_080387.1:75241019-75241030promoter 内 3326-3337 bp |
+ | 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 75238405-75240355(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr04G000993 |
Chr04 | NC_080390.1:13754231-13754242promoter 内 3323-3334 bp |
+ | 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 13754909-13758419(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr01G002532 |
Chr01 | NC_080387.1:43326645-43326656promoter 内 3302-3313 bp |
- | 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 43327344-43329010(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCATTTTTAG |
SmilChr06G003081 |
Chr06 | NC_080392.1:43689970-43689981promoter 内 3298-3309 bp |
+ | 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 43690673-43695568(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGCA |
SmilChr02G001896 |
Chr02 | NC_080388.1:34263782-34263793promoter 内 3296-3307 bp |
- | 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 34264487-34266626(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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SmilChr06G002041 |
Chr06 | NC_080392.1:26695005-26695016promoter 内 3291-3302 bp |
+ | 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 26695715-26697224(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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Chr01 | NC_080387.1:67065684-67065695promoter 内 3277-3288 bp |
+ | 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 67057716-67064971(-) |
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Chr02 | NC_080388.1:48272453-48272464promoter 内 3272-3283 bp |
- | 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 48266258-48271735(-) |
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Chr02 | NC_080388.1:2319655-2319666promoter 内 3264-3275 bp |
+ | 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 2316010-2318929(-) |
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- | 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 26402990-26403655(-) |
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+ | 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 14165426-14166550(+) |
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+ | 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 12113929-12115959(-) |
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- | 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 19889017-19890757(-) |
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+ | 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 59711147-59712513(+) |
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+ | 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 49053252-49058102(+) |
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- | 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 10995059-11009151(-) |
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+ | 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 56585739-56586593(+) |
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+ | 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 18179962-18182115(-) |
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