转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 12 / 140 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003157 Chr01 NC_080387.1:50398524-50398538promoter 内 1079-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 50401446-50404552(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTGAAT
SmilChr03G003770 Chr03 NC_080389.1:56847163-56847177promoter 内 1079-1093 bp - 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 56836499-56844255(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGTGTTAGGTGAGC
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57856080-57856094promoter 内 985-999 bp + 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 57859096-57862319(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTAAATTAGGTAAAC
SmilChr02G005335 Chr02 NC_080388.1:74196797-74196811promoter 内 581-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 74191286-74193391(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCAAATTAGGTGACA
SmilChr02G003722 Chr02 NC_080388.1:58846931-58846945promoter 内 501-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 58839820-58843445(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTGAAG
SmilChr02G003723 Chr02 NC_080388.1:58846931-58846945promoter 内 435-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 58841428-58843379(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTGAAG
SmilChr03G002223 Chr03 NC_080389.1:35050121-35050135promoter 内 214-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 35042421-35046348(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTATT
SmilChr02G003780 Chr02 NC_080388.1:59485392-59485406promoter 内 3019-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 59483461-59484424(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGTCACCTAATTATT
SmilChr02G003781 Chr02 NC_080388.1:59485392-59485406promoter 内 1537-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 59487856-59490837(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATAATTAGGTGACG
SmilChr01G003147 Chr01 NC_080387.1:50290793-50290807promoter 内 272-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 50283121-50287078(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAGAATTAGGTAAAA
SmilChr01G005769 Chr01 NC_080387.1:73768544-73768558promoter 内 3564-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 73768981-73771115(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATATGTTAGGTGAAA
SmilChr01G003148 Chr01 NC_080387.1:50290793-50290807promoter 内 3181-3195 bp - 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 50291613-50292790(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTCTG
SmilChr03G002255 Chr03 NC_080389.1:35496372-35496386promoter 内 3938-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 35496435-35498673(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTCACCTAACTTCA
SmilChr03G002197 Chr03 NC_080389.1:34587658-34587672promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 34585683-34587231(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAGTTAGGTGTCC
SmilChr01G002688 Chr01 NC_080387.1:45107467-45107481promoter 内 3436-3450 bp - 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 45104700-45106916(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGGTGCAA
SmilChr03G001503 Chr03 NC_080389.1:18388139-18388153promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 18383325-18387316(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAAATTAGGTGCAA
SmilChr02G000614 Chr02 NC_080388.1:8953485-8953499promoter 内 2285-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 8955201-8959169(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAACCTTAC
SmilChr02G004514 Chr02 NC_080388.1:67675082-67675096promoter 内 1417-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 67677666-67680939(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGTTGGGC
SmilChr02G004140 Chr02 NC_080388.1:63680615-63680629promoter 内 1355-1369 bp + 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 63683261-63690250(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAGTGTTAGGTGGAG
SmilChr02G002827 Chr02 NC_080388.1:48377536-48377550promoter 内 1028-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 48367998-48374577(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGGTGTTAGGTGGAG
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55075645-55075659promoter 内 373-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 55063768-55072031(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTAATTAGGTGACC
SmilChr02G001933 Chr02 NC_080388.1:34746362-34746376promoter 内 3717-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 34746646-34746781(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAACTCTG
SmilChr01G000841 Chr01 NC_080387.1:18272604-18272618promoter 内 3093-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 18267989-18271710(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGATAGTAGGTGAAA
SmilChr01G000842 Chr01 NC_080387.1:18272604-18272618promoter 内 2962-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 18273643-18274242(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACTATCC
SmilChr01G000277 Chr01 NC_080387.1:5477606-5477620promoter 内 2870-2884 bp - 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5471634-5476489(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTAATTAGGTGGGG
SmilChr02G002926 Chr02 NC_080388.1:49665071-49665085promoter 内 2862-2876 bp - 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49666210-49667026(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAATTACT
SmilChr03G002250 Chr03 NC_080389.1:35432283-35432297promoter 内 2773-2787 bp - 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35428730-35431069(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTTATTAGGTGAAC
SmilChr02G003322 Chr02 NC_080388.1:54481768-54481782promoter 内 2413-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 54473930-54480194(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAGGTTAGGTGGGG
SmilChr01G000843 Chr01 NC_080387.1:18272604-18272618promoter 内 2170-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 18274435-18279623(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACTATCC
SmilChr02G001803 Chr02 NC_080388.1:32877778-32877792promoter 内 2086-2100 bp + 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 32879693-32882684(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAATGTTAGGTGGGG
SmilChr01G003013 Chr01 NC_080387.1:49167013-49167027promoter 内 2044-2058 bp - 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49168970-49169650(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAACTTTGT
SmilChr01G002419 Chr01 NC_080387.1:41628278-41628292promoter 内 1946-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 41630333-41631071(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTAACCCTT
SmilChr02G002927 Chr02 NC_080388.1:49665071-49665085promoter 内 1890-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49667182-49668027(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAATTACT
SmilChr01G000654 Chr01 NC_080387.1:14542915-14542929promoter 内 1665-1679 bp - 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 14545251-14547409(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTCTACCTAATTTTA
SmilChr01G003899 Chr01 NC_080387.1:57278118-57278132promoter 内 1532-1546 bp - 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 57280587-57285754(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTCCACCTAAATCTT
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