靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00004057-RA_Salv |
SmilChr08G001896 |
MYB | XP_057783815.1 |
MP00564 |
AAAAATTAGGTGAAA |
9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 12 / 140 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G003157 |
Chr01 | NC_080387.1:50398524-50398538promoter 内 1079-1093 bp |
+ | 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 50401446-50404552(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TAAAATTAGGTGAAT |
SmilChr03G003770 |
Chr03 | NC_080389.1:56847163-56847177promoter 内 1079-1093 bp |
- | 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 56836499-56844255(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TGGTGTTAGGTGAGC |
SmilChr01G003948 |
Chr01 | NC_080387.1:57856080-57856094promoter 内 985-999 bp |
+ | 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 57859096-57862319(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
CTAAATTAGGTAAAC |
SmilChr02G005335 |
Chr02 | NC_080388.1:74196797-74196811promoter 内 581-595 bp |
- | 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 74191286-74193391(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
CCAAATTAGGTGACA |
SmilChr02G003722 |
Chr02 | NC_080388.1:58846931-58846945promoter 内 501-515 bp |
- | 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 58839820-58843445(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
ATTAATTAGGTGAAG |
SmilChr02G003723 |
Chr02 | NC_080388.1:58846931-58846945promoter 内 435-449 bp |
- | 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 58841428-58843379(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
ATTAATTAGGTGAAG |
SmilChr03G002223 |
Chr03 | NC_080389.1:35050121-35050135promoter 内 214-228 bp |
+ | 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 35042421-35046348(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTTACCTAATTATT |
SmilChr02G003780 |
Chr02 | NC_080388.1:59485392-59485406promoter 内 3019-3033 bp |
+ | 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 4 | 59483461-59484424(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
CGTCACCTAATTATT |
SmilChr02G003781 |
Chr02 | NC_080388.1:59485392-59485406promoter 内 1537-1551 bp |
+ | 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 4 | 59487856-59490837(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
AATAATTAGGTGACG |
SmilChr01G003147 |
Chr01 | NC_080387.1:50290793-50290807promoter 内 272-286 bp |
- | 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 4 | 50283121-50287078(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
CAGAATTAGGTAAAA |
SmilChr01G005769 |
Chr01 | NC_080387.1:73768544-73768558promoter 内 3564-3578 bp |
+ | 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 3 | 73768981-73771115(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
ATATGTTAGGTGAAA |
SmilChr01G003148 |
Chr01 | NC_080387.1:50290793-50290807promoter 内 3181-3195 bp |
- | 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 3 | 50291613-50292790(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTTACCTAATTCTG |
SmilChr03G002255 |
Chr03 | NC_080389.1:35496372-35496386promoter 内 3938-3952 bp |
- | 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 35496435-35498673(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
ACTCACCTAACTTCA |
SmilChr03G002197 |
Chr03 | NC_080389.1:34587658-34587672promoter 内 3560-3574 bp |
- | 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 34585683-34587231(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
AAAAGTTAGGTGTCC |
SmilChr01G002688 |
Chr01 | NC_080387.1:45107467-45107481promoter 内 3436-3450 bp |
- | 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 45104700-45106916(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
AAAAATTAGGTGCAA |
SmilChr03G001503 |
Chr03 | NC_080389.1:18388139-18388153promoter 内 3164-3178 bp |
- | 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 18383325-18387316(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
GAAAATTAGGTGCAA |
SmilChr02G000614 |
Chr02 | NC_080388.1:8953485-8953499promoter 内 2285-2299 bp |
- | 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 8955201-8959169(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCAACCTTAC |
SmilChr02G004514 |
Chr02 | NC_080388.1:67675082-67675096promoter 内 1417-1431 bp |
+ | 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 67677666-67680939(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
AAAAATTAGTTGGGC |
SmilChr02G004140 |
Chr02 | NC_080388.1:63680615-63680629promoter 内 1355-1369 bp |
+ | 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 63683261-63690250(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
CAGTGTTAGGTGGAG |
SmilChr02G002827 |
Chr02 | NC_080388.1:48377536-48377550promoter 内 1028-1042 bp |
- | 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 48367998-48374577(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
AGGTGTTAGGTGGAG |
SmilChr02G003395 |
Chr02 | NC_080388.1:55075645-55075659promoter 内 373-387 bp |
- | 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 55063768-55072031(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TCTAATTAGGTGACC |
SmilChr02G001933 |
Chr02 | NC_080388.1:34746362-34746376promoter 内 3717-3731 bp |
- | 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 34746646-34746781(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCAAACTCTG |
SmilChr01G000841 |
Chr01 | NC_080387.1:18272604-18272618promoter 内 3093-3107 bp |
- | 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 18267989-18271710(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
GGATAGTAGGTGAAA |
SmilChr01G000842 |
Chr01 | NC_080387.1:18272604-18272618promoter 内 2962-2976 bp |
- | 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 18273643-18274242(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCTACTATCC |
SmilChr01G000277 |
Chr01 | NC_080387.1:5477606-5477620promoter 内 2870-2884 bp |
- | 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 5471634-5476489(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
GTTAATTAGGTGGGG |
SmilChr02G002926 |
Chr02 | NC_080388.1:49665071-49665085promoter 内 2862-2876 bp |
- | 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 49666210-49667026(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TGCCACCTAATTACT |
SmilChr03G002250 |
Chr03 | NC_080389.1:35432283-35432297promoter 内 2773-2787 bp |
- | 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 35428730-35431069(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
ACTTATTAGGTGAAC |
SmilChr02G003322 |
Chr02 | NC_080388.1:54481768-54481782promoter 内 2413-2427 bp |
- | 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 54473930-54480194(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
AAAGGTTAGGTGGGG |
SmilChr01G000843 |
Chr01 | NC_080387.1:18272604-18272618promoter 内 2170-2184 bp |
- | 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 18274435-18279623(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCTACTATCC |
SmilChr02G001803 |
Chr02 | NC_080388.1:32877778-32877792promoter 内 2086-2100 bp |
+ | 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 32879693-32882684(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TAATGTTAGGTGGGG |
SmilChr01G003013 |
Chr01 | NC_080387.1:49167013-49167027promoter 内 2044-2058 bp |
- | 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 49168970-49169650(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCAACTTTGT |
SmilChr01G002419 |
Chr01 | NC_080387.1:41628278-41628292promoter 内 1946-1960 bp |
- | 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 41630333-41631071(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCTAACCCTT |
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- | 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 49667182-49668027(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TGCCACCTAATTACT |
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- | 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 14545251-14547409(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
CTCTACCTAATTTTA |
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- | 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 57280587-57285754(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
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+ | 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 37220717-37221475(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
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- | 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 57430136-57434206(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
GTCCACCTAAATCTT |
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- | 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 3211379-3216845(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
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SmilChr02G005294 |
Chr02 | NC_080388.1:73927706-73927720promoter 内 450-464 bp |
+ | 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 73922742-73924169(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
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SmilChr01G002121 |
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+ | 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 37221569-37221931(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
ACAAAGTTGGTGAAA |
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SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TATAGTTAGGTGAAT |
SmilChr01G002557 |
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- | 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 6 | 43698739-43699914(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
GTGTGGTAGGTGAAA |
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Chr01 | NC_080387.1:71382325-71382339promoter 内 3826-3840 bp |
- | 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 4 | 71382500-71388769(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
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+ | 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 4 | 69619134-69619969(-) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCTACCACAC |
SmilChr01G004171 |
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- | 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 4 | 60196278-60197701(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCTACCACAC |
SmilChr02G000739 |
Chr02 | NC_080388.1:11978295-11978309promoter 内 367-381 bp |
+ | 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 4 | 11981929-11982861(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
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SmilChr03G003024 |
Chr03 | NC_080389.1:47145510-47145524promoter 内 3700-3714 bp |
+ | 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 47145811-47146548(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
GTGTGGTAGGTGAAA |
SmilChr01G001337 |
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GTGTGGTAGGTGAAA |
SmilChr01G004118 |
Chr01 | NC_080387.1:59710421-59710435promoter 内 3275-3289 bp |
- | 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 59711147-59712513(+) |
SMil_00004057-RA_Salv |
MP00564 |
TTTCACCTACCACAT |
SmilChr02G003446 |
Chr02 | NC_080388.1:55716807-55716821promoter 内 3264-3278 bp |
- | 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 55717544-55720811(+) |
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TTTCACCTACCACAC |