转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 121 / 138 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002278 Chr05 NC_080391.1:24498120-24498134promoter 内 429-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 24493579-24494562(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCTGACT
SmilChr02G000920 Chr02 NC_080388.1:15980702-15980716promoter 内 3963-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15980740-15986851(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATACATAA
SmilChr01G005846 Chr01 NC_080387.1:74429838-74429852promoter 内 3942-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74429897-74432449(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTAGCTGAACCGTTG
SmilChr07G001851 Chr07 NC_080393.1:16034063-16034077promoter 内 3942-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16032483-16034018(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTTCCAT
SmilChr06G001967 Chr06 NC_080392.1:24772339-24772353promoter 内 3857-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24772483-24773795(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAACGACA
SmilChr08G003436 Chr08 NC_080394.1:36664796-36664810promoter 内 3850-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36660710-36664659(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGAGACGACCGTTT
SmilChr04G002518 Chr04 NC_080390.1:40209167-40209181promoter 内 3799-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40207582-40208979(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATTGCTG
SmilChr08G003165 Chr08 NC_080394.1:32286783-32286797promoter 内 3736-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32282864-32286532(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGTTTTCGACCGTTT
SmilChr04G000828 Chr04 NC_080390.1:10436659-10436673promoter 内 3699-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10436961-10437734(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTATGACGACCGTTT
SmilChr07G003555 Chr07 NC_080393.1:41391251-41391265promoter 内 3692-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41391560-41392252(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTATGACGACCGTTT
SmilChr02G003126 Chr02 NC_080388.1:52291485-52291499promoter 内 3624-3638 bp - 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52291862-52296540(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAGGCCC
SmilChr06G000735 Chr06 NC_080392.1:6779439-6779453promoter 内 3615-3629 bp - 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6779825-6782999(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAACGACA
SmilChr02G002588 Chr02 NC_080388.1:45002872-45002886promoter 内 3561-3575 bp - 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45000641-45002446(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCTAACCGACCGTTT
SmilChr06G002197 Chr06 NC_080392.1:30521203-30521217promoter 内 3520-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 30520143-30520736(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTATGACGACCGTTT
SmilChr03G003934 Chr03 NC_080389.1:58399030-58399044promoter 内 3423-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58399608-58400327(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACTACAAACCGTTG
SmilChr07G003410 Chr07 NC_080393.1:37134435-37134449promoter 内 3367-3381 bp + 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37124678-37133815(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCC
SmilChr05G000339 Chr05 NC_080391.1:2533007-2533021promoter 内 3336-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2531032-2532356(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTTTTCGACCGTTT
SmilChr05G003037 Chr05 NC_080391.1:38117018-38117032promoter 内 3305-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38115557-38116336(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGTAAGAGACCGTTT
SmilChr01G005631 Chr01 NC_080387.1:72765161-72765175promoter 内 3296-3310 bp - 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 72760374-72764470(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATATTAGACCGTTT
SmilChr03G004734 Chr03 NC_080389.1:64488234-64488248promoter 内 3221-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 64485194-64487468(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTTCTAAACCGTTG
SmilChr08G004395 Chr08 NC_080394.1:53680532-53680546promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53681314-53685070(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTCAAGAACCGTTG
SmilChr01G000001 Chr01 NC_080387.1:46865-46879promoter 内 3127-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47739-50415(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTGAGGG
SmilChr01G000133 Chr01 NC_080387.1:2224844-2224858promoter 内 3103-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2221406-2223960(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTGAGGG
SmilChr02G003974 Chr02 NC_080388.1:61982887-61982901promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61976230-61981968(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCCTACTTG
SmilChr03G000159 Chr03 NC_080389.1:1740265-1740279promoter 内 3012-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1741254-1747479(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAAGGGC
SmilChr01G002299 Chr01 NC_080387.1:39809886-39809900promoter 内 2998-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 39804836-39808897(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCC
SmilChr04G001631 Chr04 NC_080390.1:27056233-27056247promoter 内 2962-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27053956-27055208(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCC
SmilChr06G002344 Chr06 NC_080392.1:34138449-34138463promoter 内 2933-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34101523-34137395(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCTTAACGACCGTTT
SmilChr08G003224 Chr08 NC_080394.1:33108019-33108033promoter 内 2908-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33109112-33110901(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTCCTCGG
SmilChr08G004459 Chr08 NC_080394.1:54287506-54287520promoter 内 2872-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 54285528-54286391(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTCAAGAACCGTTG
SmilChr04G002749 Chr04 NC_080390.1:43168216-43168230promoter 内 2830-2844 bp + 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 43164900-43167059(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCTGGGA
SmilChr01G004616 Chr01 NC_080387.1:64146624-64146638promoter 内 2819-2833 bp - 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 64147806-64148291(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTGTAGCA
SmilChr02G004541 Chr02 NC_080388.1:67980905-67980919promoter 内 2783-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67977113-67979701(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAACG
SmilChr02G002806 Chr02 NC_080388.1:48133688-48133702promoter 内 2717-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 48125601-48132418(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCCCGGACCGTTG
SmilChr08G004175 Chr08 NC_080394.1:51100138-51100152promoter 内 2696-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51095295-51098847(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGTCAAAATTC
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