转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 121 / 145 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001624 Chr01 NC_080387.1:30332602-30332612promoter 内 444-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30328983-30329055(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACCGA
SmilChr02G003208 Chr02 NC_080388.1:53237709-53237719promoter 内 423-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53241287-53244838(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCAGTCAACCA
SmilChr03G001247 Chr03 NC_080389.1:14376091-14376101promoter 内 305-315 bp - 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14370154-14372405(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACAC
SmilChr02G005065 Chr02 NC_080388.1:72325724-72325734promoter 内 288-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72329437-72330275(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACAC
SmilChr02G002222 Chr02 NC_080388.1:39487970-39487980promoter 内 200-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 39491771-39498915(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTA
SmilChr02G005078 Chr02 NC_080388.1:72416435-72416445promoter 内 184-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72406534-72412628(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTA
SmilChr01G004406 Chr01 NC_080387.1:62166252-62166262promoter 内 160-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62160552-62162421(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAGTTGACTCA
SmilChr03G003475 Chr03 NC_080389.1:53272454-53272464promoter 内 141-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53276314-53290805(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGGTTGACTGG
SmilChr03G001061 Chr03 NC_080389.1:12304042-12304052promoter 内 2431-2441 bp - 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 12305612-12307042(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr04G004004 Chr04 NC_080390.1:55387714-55387724promoter 内 3933-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 55387782-55391064(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACGTA
SmilChr04G001601 Chr04 NC_080390.1:26693088-26693098promoter 内 3971-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26688064-26693068(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTT
SmilChr03G001352 Chr03 NC_080389.1:15780212-15780222promoter 内 3914-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 15780299-15782533(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr03G000300 Chr03 NC_080389.1:3418350-3418360promoter 内 3913-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3415423-3418272(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr03G000170 Chr03 NC_080389.1:1869825-1869835promoter 内 3912-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1869914-1872256(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr02G003988 Chr02 NC_080388.1:62133783-62133793promoter 内 3911-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62133873-62135651(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTT
SmilChr03G000226 Chr03 NC_080389.1:2682320-2682330promoter 内 3854-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2682467-2685145(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr03G001154 Chr03 NC_080389.1:13319963-13319973promoter 内 3562-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13316217-13319534(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr03G000638 Chr03 NC_080389.1:7020858-7020868promoter 内 3502-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7021357-7024041(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr04G002375 Chr04 NC_080390.1:38254581-38254591promoter 内 3371-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38253155-38253961(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTT
SmilChr01G005985 Chr01 NC_080387.1:75484907-75484917promoter 内 3352-3362 bp + 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 75482810-75484268(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAGTTGACTCA
SmilChr02G004141 Chr02 NC_080388.1:63733446-63733456promoter 内 3214-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 63731730-63732669(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAGTTGACTCA
SmilChr01G004157 Chr01 NC_080387.1:60072959-60072969promoter 内 3198-3208 bp - 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 60073762-60076300(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAGTTGACTCA
SmilChr01G005620 Chr01 NC_080387.1:72689452-72689462promoter 内 2912-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 72690541-72694629(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTT
SmilChr03G000500 Chr03 NC_080389.1:5367501-5367511promoter 内 2528-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5365559-5366038(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr04G002374 Chr04 NC_080390.1:38254581-38254591promoter 内 2224-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38245277-38252814(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTT
SmilChr02G004050 Chr02 NC_080388.1:62837030-62837040promoter 内 2214-2224 bp + 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62833526-62835253(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26031746-26031756promoter 内 2156-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26033591-26035663(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACGTA
SmilChr02G002745 Chr02 NC_080388.1:47436418-47436428promoter 内 2102-2112 bp - 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47433057-47434529(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GACGTCAACGA
SmilChr04G001535 Chr04 NC_080390.1:25278892-25278902promoter 内 2094-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25280799-25282615(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACGTC
SmilChr03G003307 Chr03 NC_080389.1:51276728-51276738promoter 内 1982-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51278747-51280247(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAGTTGACTCA
SmilChr01G005984 Chr01 NC_080387.1:75484907-75484917promoter 内 1726-1736 bp + 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 75481605-75482642(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAGTTGACTCA
SmilChr01G001088 Chr01 NC_080387.1:22334072-22334082promoter 内 1604-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22328507-22331685(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTT
SmilChr01G003838 Chr01 NC_080387.1:56735865-56735875promoter 内 1565-1575 bp - 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56729916-56733439(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTT
SmilChr01G004819 Chr01 NC_080387.1:66376778-66376788promoter 内 1484-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 66379295-66382038(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACGTA
SmilChr01G002523 Chr01 NC_080387.1:43193761-43193771promoter 内 1248-1258 bp + 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43196514-43200220(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGAGTCAACTT
SmilChr01G003839 Chr01 NC_080387.1:56735865-56735875promoter 内 1129-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56738737-56743534(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAGTTGACTCA
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