转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 122 / 147 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G000792 Chr04 NC_080390.1:9790566-9790579promoter 内 2379-2392 bp - 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9792188-9795654(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCACAAGTCAACTT
SmilChr02G004208 Chr02 NC_080388.1:64347245-64347258promoter 内 2328-2341 bp - 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64342311-64345585(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTTCA
SmilChr02G000783 Chr02 NC_080388.1:12870961-12870974promoter 内 2291-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 12865618-12869264(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCACAAGTCAACTT
SmilChr03G003857 Chr03 NC_080389.1:57666819-57666832promoter 内 2289-2302 bp - 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57660289-57665120(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTTGA
SmilChr03G000529 Chr03 NC_080389.1:5655672-5655685promoter 内 2244-2257 bp - 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5653067-5653928(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTCGTGA
SmilChr02G001150 Chr02 NC_080388.1:20957835-20957848promoter 内 2229-2242 bp + 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 20959607-20961547(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTGTC
SmilChr02G003244 Chr02 NC_080388.1:53704302-53704315promoter 内 2217-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 53706086-53708424(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATCAAGTCAAAGG
SmilChr02G001914 Chr02 NC_080388.1:34447053-34447066promoter 内 2186-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34443481-34445251(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTTCAAGTCAACAA
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57857269-57857282promoter 内 2174-2187 bp + 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57859096-57862319(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTGGTGC
SmilChr02G005075 Chr02 NC_080388.1:72397046-72397059promoter 内 2164-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 72390349-72395222(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTTTAGTCAACCC
SmilChr02G000634 Chr02 NC_080388.1:9599845-9599858promoter 内 2157-2170 bp - 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9601689-9604337(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAATGAGTCAACTG
SmilChr04G000678 Chr04 NC_080390.1:7760171-7760184promoter 内 2116-2129 bp + 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7754387-7758299(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTAAAAGTCAAAAA
SmilChr01G004467 Chr01 NC_080387.1:62760916-62760929promoter 内 2072-2085 bp - 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62755636-62759000(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTGTGA
SmilChr03G003416 Chr03 NC_080389.1:52505404-52505417promoter 内 1961-1974 bp - 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 52507444-52508965(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAAATC
SmilChr03G000957 Chr03 NC_080389.1:10808032-10808045promoter 内 1926-1939 bp + 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10810107-10812420(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTCGTGA
SmilChr04G001399 Chr04 NC_080390.1:22777948-22777961promoter 内 1899-1912 bp + 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22775380-22775859(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACTAAGTCAATGA
SmilChr03G003958 Chr03 NC_080389.1:58617055-58617068promoter 内 1896-1909 bp + 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58619160-58636183(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTGTGA
SmilChr02G000194 Chr02 NC_080388.1:2412824-2412837promoter 内 1867-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2414958-2416379(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTGTAAA
SmilChr04G000497 Chr04 NC_080390.1:5434034-5434047promoter 内 1826-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5422966-5431872(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCACAAGTCAACTT
SmilChr02G002496 Chr02 NC_080388.1:43389754-43389767promoter 内 1791-1804 bp - 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43391964-43392782(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAAAAGTCAAAAA
SmilChr01G002951 Chr01 NC_080387.1:48397016-48397029promoter 内 1780-1793 bp - 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48389141-48394808(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTTGACTAACCT
SmilChr03G000602 Chr03 NC_080389.1:6676361-6676374promoter 内 1766-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6678596-6681405(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTCGTGA
SmilChr02G003532 Chr02 NC_080388.1:56464579-56464592promoter 内 1745-1758 bp - 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56466835-56472727(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGCTCAGTCAACCC
SmilChr01G004858 Chr01 NC_080387.1:66746186-66746199promoter 内 1712-1725 bp + 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 66740836-66743910(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAAAAGTCAAAAA
SmilChr02G001669 Chr02 NC_080388.1:30956487-30956500promoter 内 1709-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30949147-30954208(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTGACTTTTTA
SmilChr01G005850 Chr01 NC_080387.1:74442406-74442419promoter 内 1669-1682 bp - 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 74438105-74440087(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTTTTGACTTTGTA
SmilChr04G002731 Chr04 NC_080390.1:42955773-42955786promoter 内 1609-1622 bp - 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42944344-42953394(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTGTACC
SmilChr03G000528 Chr03 NC_080389.1:5655672-5655685promoter 内 1599-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5651875-5653283(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTCGTGA
SmilChr02G003423 Chr02 NC_080388.1:55442012-55442025promoter 内 1582-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55436345-55439606(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTACATT
SmilChr01G001122 Chr01 NC_080387.1:22830481-22830494promoter 内 1556-1569 bp + 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22832926-22840584(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCTTGACTTTCCC
SmilChr03G000458 Chr03 NC_080389.1:4883005-4883018promoter 内 1555-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4885451-4887397(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGAAAGTCAAACG
SmilChr04G001251 Chr04 NC_080390.1:19738830-19738843promoter 内 1524-1537 bp - 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19733491-19736366(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTGTGA
SmilChr02G004664 Chr02 NC_080388.1:69026267-69026280promoter 内 1475-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 69028793-69031788(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTTAT
SmilChr03G003843 Chr03 NC_080389.1:57554993-57555006promoter 内 1468-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57557526-57571693(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTGTGA
SmilChr02G001670 Chr02 NC_080388.1:30956487-30956500promoter 内 1347-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30959141-30961050(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAAATC
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