转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 122 / 129 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003492 Chr01 NC_080387.1:53490621-53490628promoter 内 1852-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53492770-53495252(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G000517 Chr01 NC_080387.1:10615523-10615530promoter 内 1830-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 10617694-10624408(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G004683 Chr02 NC_080388.1:69139981-69139988promoter 内 1821-1828 bp + 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69142161-69146624(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G001522 Chr01 NC_080387.1:29159738-29159745promoter 内 1815-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 29154199-29157559(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G002895 Chr01 NC_080387.1:47652050-47652057promoter 内 1809-1816 bp - 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47654242-47656712(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G003726 Chr01 NC_080387.1:55578912-55578919promoter 内 1807-1814 bp + 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55575070-55576725(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G003390 Chr02 NC_080388.1:55021585-55021592promoter 内 1806-1813 bp + 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55023780-55031918(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G001455 Chr01 NC_080387.1:28236832-28236839promoter 内 1796-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 28239037-28242801(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G002087 Chr01 NC_080387.1:36854184-36854191promoter 内 1781-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 36856404-36857548(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G002545 Chr02 NC_080388.1:44305866-44305873promoter 内 1780-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 44308087-44311158(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G003912 Chr01 NC_080387.1:57386030-57386037promoter 内 1772-1779 bp - 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57388259-57389337(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G001522 Chr02 NC_080388.1:28354719-28354726promoter 内 1771-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 28350071-28352496(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004594 Chr02 NC_080388.1:68439637-68439644promoter 内 1764-1771 bp - 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68441874-68453109(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G003827 Chr02 NC_080388.1:59931866-59931873promoter 内 1761-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59934106-59935911(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G003242 Chr01 NC_080387.1:51156795-51156802promoter 内 1760-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51148716-51154561(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G004677 Chr02 NC_080388.1:69117156-69117163promoter 内 1749-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69112116-69114911(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G005189 Chr02 NC_080388.1:73198492-73198499promoter 内 1741-1748 bp - 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 73189492-73196239(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G000225 Chr02 NC_080388.1:2938474-2938481promoter 内 1738-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2940737-2943803(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G006194 Chr01 NC_080387.1:77547717-77547724promoter 内 1736-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 77544050-77545459(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G005926 Chr01 NC_080387.1:75066915-75066922promoter 内 1730-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 75063982-75064651(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G004972 Chr01 NC_080387.1:67820692-67820699promoter 内 1729-1736 bp + 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67816486-67818427(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G001789 Chr01 NC_080387.1:32749708-32749715promoter 内 1724-1731 bp + 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 32751985-32754320(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G002620 Chr02 NC_080388.1:45507129-45507136promoter 内 1723-1730 bp + 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45503857-45504858(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G002113 Chr02 NC_080388.1:37799958-37799965promoter 内 1719-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 37802240-37804528(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G005046 Chr01 NC_080387.1:68395510-68395517promoter 内 1718-1725 bp - 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68397793-68401166(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004534 Chr02 NC_080388.1:67908511-67908518promoter 内 1718-1725 bp + 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67904465-67906235(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004632 Chr02 NC_080388.1:68789250-68789257promoter 内 1705-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68791546-68795838(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G000275 Chr01 NC_080387.1:5459376-5459383promoter 内 1703-1710 bp + 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 5461674-5465796(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G003602 Chr02 NC_080388.1:57258355-57258362promoter 内 1698-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57260658-57267304(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004990 Chr02 NC_080388.1:71777075-71777082promoter 内 1697-1704 bp + 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 71767723-71774778(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G000168 Chr01 NC_080387.1:2741487-2741494promoter 内 1688-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2738603-2739181(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G000894 Chr02 NC_080388.1:15386717-15386724promoter 内 1688-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15389030-15392007(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G002721 Chr02 NC_080388.1:47056455-47056462promoter 内 1688-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47051765-47054149(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004344 Chr02 NC_080388.1:65733183-65733190promoter 内 1682-1689 bp - 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 65730087-65730871(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G005772 Chr01 NC_080387.1:73794828-73794835promoter 内 1681-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 73797148-73800097(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
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