转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 122 / 151 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001687 Chr01 NC_080387.1:31096714-31096726promoter 内 3856-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 31095581-31096581(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA
SmilChr01G001688 Chr01 NC_080387.1:31102739-31102751promoter 内 3856-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 31101606-31102606(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA
SmilChr03G001913 Chr03 NC_080389.1:26781215-26781227promoter 内 3837-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26778138-26781063(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATTGTAGGTAAT
SmilChr02G000041 Chr02 NC_080388.1:541273-541285promoter 内 3834-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 540417-541118(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA
SmilChr01G005921 Chr01 NC_080387.1:75035546-75035558promoter 内 3788-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 75032688-75035345(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAAATAGGTAAA
SmilChr04G001334 Chr04 NC_080390.1:21567822-21567834promoter 内 3763-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 21566754-21567596(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA
SmilChr05G001072 Chr05 NC_080391.1:8868875-8868887promoter 内 3759-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8863706-8868645(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTATTTAGGTAAA
SmilChr01G001935 Chr01 NC_080387.1:34547919-34547931promoter 内 3699-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34548221-34549926(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA
SmilChr01G004667 Chr01 NC_080387.1:64789117-64789129promoter 内 3673-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 64786058-64788801(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATTGTAGGTAGT
SmilChr01G005954 Chr01 NC_080387.1:75240822-75240834promoter 内 3522-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 75238405-75240355(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAAATAGGTAAA
SmilChr03G001522 Chr03 NC_080389.1:18659073-18659085promoter 内 3495-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18657009-18658579(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATTGTAGGTAAT
SmilChr03G000904 Chr03 NC_080389.1:10343211-10343223promoter 内 3482-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10343730-10354110(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAATTAGGTAAT
SmilChr05G000573 Chr05 NC_080391.1:4315166-4315178promoter 内 3460-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4310740-4314637(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTTTC
SmilChr04G001014 Chr04 NC_080390.1:14126297-14126309promoter 内 3387-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14126911-14128089(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAA
SmilChr01G004043 Chr01 NC_080387.1:58841715-58841727promoter 内 3383-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58842333-58846746(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAA
SmilChr03G002585 Chr03 NC_080389.1:41114285-41114297promoter 内 3373-3385 bp + 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 41114913-41117680(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAA
SmilChr01G005955 Chr01 NC_080387.1:75240822-75240834promoter 内 3349-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 75241474-75243017(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTTCC
SmilChr04G002710 Chr04 NC_080390.1:42719696-42719708promoter 内 3334-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42716097-42719041(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAAATAGGTAAA
SmilChr01G005515 Chr01 NC_080387.1:71981242-71981254promoter 内 3329-3341 bp + 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 71975466-71980582(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAAATAGGTAAA
SmilChr05G000574 Chr05 NC_080391.1:4315166-4315178promoter 内 3304-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4315863-4318154(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAAATAGGTAAA
SmilChr01G006149 Chr01 NC_080387.1:76959199-76959211promoter 内 3287-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 76959913-76962545(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAATTAGGTAAT
SmilChr04G000581 Chr04 NC_080390.1:6462267-6462279promoter 内 3205-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6463063-6464878(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAAATAGGTAAA
SmilChr01G001277 Chr01 NC_080387.1:25551138-25551150promoter 内 3126-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25547347-25550275(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTACT
SmilChr04G001102 Chr04 NC_080390.1:15779816-15779828promoter 内 3039-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 15780778-15784295(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAA
SmilChr04G003725 Chr04 NC_080390.1:53579289-53579301promoter 内 2921-2933 bp + 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53580369-53590344(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCAAA
SmilChr04G001319 Chr04 NC_080390.1:21254483-21254495promoter 内 2866-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 21252185-21253360(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAGGTAGGTTCG
SmilChr03G000338 Chr03 NC_080389.1:3843421-3843433promoter 内 2823-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3839141-3842255(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA
SmilChr03G002730 Chr03 NC_080389.1:43365440-43365452promoter 内 2670-2682 bp + 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43366771-43368724(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAA
SmilChr01G002316 Chr01 NC_080387.1:40150366-40150378promoter 内 2613-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40144918-40148990(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTATTTAGGTAAA
SmilChr01G005093 Chr01 NC_080387.1:68787357-68787369promoter 内 2589-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 68783775-68785957(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAAATAGGTAAA
SmilChr02G001547 Chr02 NC_080388.1:28763340-28763352promoter 内 2491-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28764850-28769645(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAAGTC
SmilChr02G001864 Chr02 NC_080388.1:33884935-33884947promoter 内 2443-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33882997-33883389(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTATTTAGGTAAA
SmilChr01G003179 Chr01 NC_080387.1:50566492-50566504promoter 内 2289-2301 bp - 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50568204-50568805(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGATAGGTAAG
SmilChr04G002196 Chr04 NC_080390.1:35534208-35534220promoter 内 2274-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35531323-35532493(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAA
SmilChr02G000849 Chr02 NC_080388.1:14413179-14413191promoter 内 2255-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14414925-14418249(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACAATC
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