转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 122 / 133 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003709 Chr03 NC_080389.1:56030454-56030462promoter 内 627-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56025679-56027088(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G003037 Chr01 NC_080387.1:49379674-49379682promoter 内 620-628 bp - 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49375882-49376301(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G003253 Chr02 NC_080388.1:53822775-53822783promoter 内 616-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53826160-53831016(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr01G004791 Chr01 NC_080387.1:66147914-66147922promoter 内 609-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66151306-66153316(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G001823 Chr01 NC_080387.1:33172342-33172350promoter 内 593-601 bp - 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33175750-33178273(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr04G000891 Chr04 NC_080390.1:11430701-11430709promoter 内 590-598 bp + 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11425226-11427298(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr02G003881 Chr02 NC_080388.1:60882080-60882088promoter 内 576-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60874429-60878663(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G003272 Chr01 NC_080387.1:51435594-51435602promoter 内 575-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51428178-51432176(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G005986 Chr01 NC_080387.1:75492056-75492064promoter 内 561-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75487391-75488624(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G003114 Chr02 NC_080388.1:52138044-52138052promoter 内 546-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 52132638-52134597(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr02G001507 Chr02 NC_080388.1:28096719-28096727promoter 内 529-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28091874-28093255(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G003131 Chr02 NC_080388.1:52343627-52343635promoter 内 524-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 52337056-52340158(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr03G001103 Chr03 NC_080389.1:12697129-12697137promoter 内 516-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12691818-12693652(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAA
SmilChr01G004495 Chr01 NC_080387.1:63076103-63076111promoter 内 505-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63069932-63072615(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr02G000077 Chr02 NC_080388.1:972281-972289promoter 内 496-504 bp - 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 975786-976583(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr04G000655 Chr04 NC_080390.1:7431759-7431767promoter 内 487-495 bp + 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7425185-7428253(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr01G005866 Chr01 NC_080387.1:74603505-74603513promoter 内 477-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74607029-74608410(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G001732 Chr03 NC_080389.1:23285433-23285441promoter 内 477-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23281811-23281917(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G001789 Chr01 NC_080387.1:32748447-32748455promoter 内 463-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32751985-32754320(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G000573 Chr01 NC_080387.1:11911155-11911163promoter 内 452-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11905063-11907614(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G001640 Chr01 NC_080387.1:30417287-30417295promoter 内 451-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30420837-30422442(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr02G001483 Chr02 NC_080388.1:27815066-27815074promoter 内 439-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27807831-27811512(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr02G002959 Chr02 NC_080388.1:50118431-50118439promoter 内 432-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50122000-50122728(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr03G003973 Chr03 NC_080389.1:58754116-58754124promoter 内 416-424 bp + 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58757701-58763813(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G001009 Chr03 NC_080389.1:11568755-11568763promoter 内 404-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11572352-11573228(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr01G001461 Chr01 NC_080387.1:28384110-28384118promoter 内 401-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28387710-28392665(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAA
SmilChr01G005543 Chr01 NC_080387.1:72249938-72249946promoter 内 397-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72244774-72246342(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G001705 Chr01 NC_080387.1:31487017-31487025promoter 内 372-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31481695-31483396(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G003684 Chr01 NC_080387.1:55227441-55227449promoter 内 372-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55231070-55233619(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G001187 Chr01 NC_080387.1:23983833-23983841promoter 内 356-364 bp - 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23987478-24027590(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G001870 Chr03 NC_080389.1:25908118-25908126promoter 内 352-360 bp - 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25911767-25912783(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr01G002288 Chr01 NC_080387.1:39685648-39685656promoter 内 347-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39675208-39682002(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr04G001916 Chr04 NC_080390.1:31243324-31243332promoter 内 343-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31246982-31250422(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr02G003428 Chr02 NC_080388.1:55514324-55514332promoter 内 342-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55508429-55510673(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G004384 Chr03 NC_080389.1:62050404-62050412promoter 内 330-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62054075-62056403(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr04G002363 Chr04 NC_080390.1:38112700-38112708promoter 内 323-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38116378-38122288(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
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