转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 124 / 142 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002724 Chr02 NC_080388.1:47136105-47136119promoter 内 3057-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47137049-47139241(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr08G003901 Chr08 NC_080394.1:46308176-46308190promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46304857-46307216(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTATAT
SmilChr02G005166 Chr02 NC_080388.1:72998111-72998125promoter 内 3003-3017 bp + 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 72994608-72997127(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGAG
SmilChr03G004041 Chr03 NC_080389.1:59416106-59416120promoter 内 2988-3002 bp + 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 59417119-59419256(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTTTGT
SmilChr01G002156 Chr01 NC_080387.1:37564224-37564238promoter 内 2896-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37565329-37567601(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr06G001079 Chr06 NC_080392.1:10747925-10747939promoter 内 2890-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10749036-10753217(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATGTGGTAGTTGTT
SmilChr01G003502 Chr01 NC_080387.1:53617175-53617189promoter 内 2862-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 53613710-53616050(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTACTGTTAGGTGGC
SmilChr05G003169 Chr05 NC_080391.1:40500620-40500634promoter 内 2860-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40498468-40499493(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACTCCCTC
SmilChr06G000692 Chr06 NC_080392.1:6127604-6127618promoter 内 2859-2873 bp - 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6128746-6132215(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTGGGG
SmilChr04G003954 Chr04 NC_080390.1:55088613-55088627promoter 内 2820-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55084871-55087446(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTATA
SmilChr02G004111 Chr02 NC_080388.1:63405620-63405634promoter 内 2794-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 63406827-63409082(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGTTAA
SmilChr05G000867 Chr05 NC_080391.1:6864198-6864212promoter 内 2713-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6865486-6866897(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr05G001075 Chr05 NC_080391.1:8942219-8942233promoter 内 2641-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 8939476-8940873(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr07G000002 Chr07 NC_080393.1:556-570promoter 内 556-570 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1939-3355(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCAAGTTAGGTGGG
SmilChr08G000777 Chr08 NC_080394.1:5729658-5729672promoter 内 2590-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5731069-5732410(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTTTGGTAGGTATT
SmilChr08G000886 Chr08 NC_080394.1:6564229-6564243promoter 内 2575-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6565655-6568215(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACAACAGC
SmilChr01G003741 Chr01 NC_080387.1:55716252-55716266promoter 内 2513-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55717740-55721386(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACAGAAG
SmilChr01G000945 Chr01 NC_080387.1:20043609-20043623promoter 内 2467-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 20045143-20050294(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTCGTTAGGTGGT
SmilChr02G002671 Chr02 NC_080388.1:46288105-46288119promoter 内 2368-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46289738-46291631(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr02G004068 Chr02 NC_080388.1:62962760-62962774promoter 内 2351-2365 bp - 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62959272-62961124(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTTTCAC
SmilChr01G003438 Chr01 NC_080387.1:52988964-52988978promoter 内 2333-2347 bp + 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 52985036-52987310(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTACTGTTAGGTGGC
SmilChr04G002829 Chr04 NC_080390.1:44398946-44398960promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44388518-44397246(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGAG
SmilChr04G001625 Chr04 NC_080390.1:27011014-27011028promoter 内 2270-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27012745-27017117(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTCCAGTAGGTGAG
SmilChr01G002285 Chr01 NC_080387.1:39655355-39655369promoter 内 2260-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39657096-39661995(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCCAATA
SmilChr01G005836 Chr01 NC_080387.1:74379961-74379975promoter 内 2245-2259 bp - 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 74371627-74378219(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACTCTAG
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54750371-54750385promoter 内 2202-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54752170-54757040(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G002512 Chr01 NC_080387.1:43024047-43024061promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43025927-43027437(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr02G004773 Chr02 NC_080388.1:69893953-69893967promoter 内 1929-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 69896025-69902499(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAGGTAGGTACT
SmilChr03G003773 Chr03 NC_080389.1:56893892-56893906promoter 内 1909-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56886100-56891814(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGAG
SmilChr08G002706 Chr08 NC_080394.1:26632189-26632203promoter 内 1857-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26634333-26634406(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGAG
SmilChr01G003614 Chr01 NC_080387.1:54679619-54679633promoter 内 1840-1854 bp - 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54681780-54685540(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAAAAGGTAGGTAAG
SmilChr01G003119 Chr01 NC_080387.1:50006386-50006400promoter 内 1812-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50002361-50004211(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAA
SmilChr04G001406 Chr04 NC_080390.1:22882544-22882558promoter 内 1782-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22884763-22888039(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTGT
SmilChr03G003274 Chr03 NC_080389.1:50698881-50698895promoter 内 1773-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50694656-50696667(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTGGGG
SmilChr03G001662 Chr03 NC_080389.1:21554477-21554491promoter 内 1753-1767 bp + 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21549798-21552243(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTGGGG
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