转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 125 / 143 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000314 Chr05 NC_080391.1:2363925-2363944promoter 内 3346-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2364580-2367893(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCGTTTTTTGTTGTTATTTG
SmilChr03G001672 Chr03 NC_080389.1:21803131-21803150promoter 内 3342-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 21794417-21802491(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTTCGTTGTCGTCTTCTA
SmilChr08G002220 Chr08 NC_080394.1:20206404-20206423promoter 内 3333-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20207072-20210178(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr03G002369 Chr03 NC_080389.1:37315283-37315302promoter 内 3314-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37315970-37317665(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr05G001296 Chr05 NC_080391.1:11142620-11142639promoter 内 3314-3333 bp + 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11138888-11141952(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr04G002200 Chr04 NC_080390.1:35630838-35630857promoter 内 3313-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35627112-35630169(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr05G003143 Chr05 NC_080391.1:40098569-40098588promoter 内 3309-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40094883-40097896(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr03G000827 Chr03 NC_080389.1:9459000-9459019promoter 内 3298-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9459703-9460153(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr03G000639 Chr03 NC_080389.1:7036669-7036688promoter 内 3282-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7032952-7035969(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr04G003487 Chr04 NC_080390.1:51322868-51322887promoter 内 3264-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51315710-51322150(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGATGTTTTGTCGTATGGTT
SmilChr01G002033 Chr01 NC_080387.1:35943280-35943299promoter 内 3249-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35944032-35944170(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTTGTTTTTGTCTGATTGCA
SmilChr05G000514 Chr05 NC_080391.1:3959979-3959998promoter 内 3245-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3956303-3959242(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr05G001180 Chr05 NC_080391.1:9889380-9889399promoter 内 3239-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9887357-9888637(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATAATTTTTGTCTTCTTAGA
SmilChr03G000819 Chr03 NC_080389.1:9390421-9390440promoter 内 3230-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9386835-9389669(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr01G000188 Chr01 NC_080387.1:3231073-3231092promoter 内 3216-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3223441-3230307(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGACATTTTGTCATTTTGGG
SmilChr03G001259 Chr03 NC_080389.1:14531341-14531360promoter 内 3212-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14532130-14536847(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGGAAATAGACAAAAATAAT
SmilChr03G003466 Chr03 NC_080389.1:53123156-53123175promoter 内 3212-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53119620-53122386(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTTTCTTTTGTCTTGTTAAG
SmilChr02G005218 Chr02 NC_080388.1:73386961-73386980promoter 内 3201-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 73387761-73394913(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATGAAAAGACAAAAATTTG
SmilChr05G000121 Chr05 NC_080391.1:947776-947795promoter 内 3200-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 946289-946994(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAATTTTTGTTGTTTTTTA
SmilChr05G002916 Chr05 NC_080391.1:35124969-35124988promoter 内 3182-3201 bp - 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35121746-35124169(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GACAATTTTGTCCTTTATTA
SmilChr07G002788 Chr07 NC_080393.1:27791797-27791816promoter 内 3167-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27788767-27790982(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTTGCCTTTGGCTTTTTCTG
SmilChr03G000340 Chr03 NC_080389.1:3868099-3868118promoter 内 3163-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3859136-3867280(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGAAAACGACACATCAAAA
SmilChr04G001015 Chr04 NC_080390.1:14135969-14135988promoter 内 3151-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14136819-14138438(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACAAAGAGGACAAAATGGAA
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2454000-2454019promoter 内 3150-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2454851-2457037(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr03G002424 Chr03 NC_080389.1:38510961-38510980promoter 内 3150-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38506408-38510129(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAATTTTTGTTGTTTAGTT
SmilChr07G003076 Chr07 NC_080393.1:32396345-32396364promoter 内 3148-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32397198-32399342(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTACATTTTGTCGTCTCTCT
SmilChr06G001276 Chr06 NC_080392.1:13360439-13360458promoter 内 3144-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13361296-13364685(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTGAAGACAAAATGAAG
SmilChr01G003950 Chr01 NC_080387.1:57877507-57877526promoter 内 3116-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57878392-57882862(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAATATTTTGTCTTTTTTAC
SmilChr07G003317 Chr07 NC_080393.1:35424695-35424714promoter 内 3115-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35425581-35426659(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCTTCTCTTGTCGTTTCTTT
SmilChr02G003915 Chr02 NC_080388.1:61244947-61244966promoter 内 3103-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61238750-61244068(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATTTTACGACAAAATAATA
SmilChr01G003845 Chr01 NC_080387.1:56772391-56772410promoter 内 3053-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56767810-56771462(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGGATTTTTGTCCTCTATTT
SmilChr05G002285 Chr05 NC_080391.1:24602904-24602923promoter 内 3035-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24595185-24601957(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTAATTTTTGTCCCTTTTTC
SmilChr08G000639 Chr08 NC_080394.1:4762069-4762088promoter 内 3034-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4754735-4761121(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACTAAAATGACAAAAAAATG
SmilChr01G004751 Chr01 NC_080387.1:65687382-65687401promoter 内 3026-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 65684443-65686426(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCCTGTTTTGTCACTTACTG
SmilChr07G000449 Chr07 NC_080393.1:3170668-3170687promoter 内 3014-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3164387-3169700(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAAAAATACAAAAAAATA
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