转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 126 / 144 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001800 Chr05 NC_080391.1:17751477-17751491promoter 内 1711-1725 bp + 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 17744931-17749201(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAAACCGGAAAGT
SmilChr02G001744 Chr02 NC_080388.1:32027109-32027123promoter 内 471-485 bp + 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 32030639-32044341(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCTTCCTTTTTGGT
SmilChr03G000990 Chr03 NC_080389.1:11233038-11233052promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11233068-11237833(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTTTCCTTTCCGGG
SmilChr05G003697 Chr05 NC_080391.1:50086446-50086460promoter 内 3799-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50084506-50086258(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GCTTTCCTTTTTTGA
SmilChr01G002077 Chr01 NC_080387.1:36722927-36722941promoter 内 3532-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36723396-36724475(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr03G000362 Chr03 NC_080389.1:4051856-4051870promoter 内 3504-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4052353-4053830(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr04G002893 Chr04 NC_080390.1:45151634-45151648promoter 内 3293-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45152342-45155913(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CGTTACCTTTTTTGT
SmilChr02G002337 Chr02 NC_080388.1:41069383-41069397promoter 内 3187-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41070197-41071776(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATATCCTTTTCCGG
SmilChr05G000873 Chr05 NC_080391.1:6924085-6924099promoter 内 3088-3102 bp - 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6924998-6926946(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCGAAAAGGAAAGA
SmilChr02G005065 Chr02 NC_080388.1:72328481-72328495promoter 内 3045-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72329437-72330275(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AGTTTCCTTATCTAG
SmilChr03G004623 Chr03 NC_080389.1:63906100-63906114promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63902401-63905152(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCGTGCCTTTTTAGG
SmilChr02G004664 Chr02 NC_080388.1:69027778-69027792promoter 内 2986-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69028793-69031788(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTTTGCCTTTTTCAG
SmilChr01G000672 Chr01 NC_080387.1:14867079-14867093promoter 内 2916-2930 bp - 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14864657-14866008(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr02G003575 Chr02 NC_080388.1:56931231-56931245promoter 内 2908-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56932324-56935570(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAGAAAAGGAAACC
SmilChr01G000786 Chr01 NC_080387.1:17136898-17136912promoter 内 2872-2886 bp + 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17138027-17138815(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr04G000845 Chr04 NC_080390.1:10686934-10686948promoter 内 2736-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10688199-10689450(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr04G000933 Chr04 NC_080390.1:12176396-12176410promoter 内 2658-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12172227-12175067(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAAACCGGAAAGT
SmilChr02G003381 Chr02 NC_080388.1:54926313-54926327promoter 内 2627-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54927687-54930592(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGGAAGG
SmilChr02G003765 Chr02 NC_080388.1:59351094-59351108promoter 内 2586-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59352509-59353943(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGCATAC
SmilChr05G002401 Chr05 NC_080391.1:26505087-26505101promoter 内 2412-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26506676-26509653(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCTTCTCTTTTTGG
SmilChr04G002040 Chr04 NC_080390.1:33117582-33117596promoter 内 2391-2405 bp - 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33113750-33115986(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr01G000120 Chr01 NC_080387.1:2045204-2045218promoter 内 2310-2324 bp + 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2043018-2043527(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCGAAAAGGAAAAC
SmilChr02G004258 Chr02 NC_080388.1:64794447-64794461promoter 内 2120-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64796328-64798662(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCAAAAAGGAAGGG
SmilChr05G004196 Chr05 NC_080391.1:55828627-55828641promoter 内 2108-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55830520-55832866(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GTATTCCTTTTCTGG
SmilChr02G004007 Chr02 NC_080388.1:62407110-62407124promoter 内 2060-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62404052-62405183(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCATAAAGGAAAAT
SmilChr02G003543 Chr02 NC_080388.1:56592200-56592214promoter 内 2018-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56594183-56600988(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACGGTCGGT
SmilChr05G001579 Chr05 NC_080391.1:14504856-14504870promoter 内 1987-2001 bp - 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14501390-14502856(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCATTCCTTTTTTAG
SmilChr04G000200 Chr04 NC_080390.1:1794374-1794388promoter 内 1780-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1790354-1792167(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTAAAAAGGAATTG
SmilChr03G000474 Chr03 NC_080389.1:5043606-5043620promoter 内 1682-1696 bp - 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5045925-5046758(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGACTGA
SmilChr01G002910 Chr01 NC_080387.1:47820840-47820854promoter 内 1632-1646 bp - 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47806150-47818485(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATTTCCTTTTATAG
SmilChr02G001379 Chr02 NC_080388.1:26102121-26102135promoter 内 1592-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26097113-26099726(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr02G002338 Chr02 NC_080388.1:41069383-41069397promoter 内 1559-1573 bp + 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41071825-41072379(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATATCCTTTTCCGG
SmilChr01G000787 Chr01 NC_080387.1:17136898-17136912promoter 内 1489-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17139410-17140768(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr02G002260 Chr02 NC_080388.1:40037612-40037626promoter 内 1455-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40040158-40046431(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GATAACCCTTTTTGG
SmilChr02G003785 Chr02 NC_080388.1:59519720-59519734promoter 内 1450-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59514201-59517183(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TATTACTATTTTTGG
SmilChr04G001710 Chr04 NC_080390.1:28266613-28266627promoter 内 1444-1458 bp + 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28261211-28264070(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAATAAGGAAATG
SmilChr01G003475 Chr01 NC_080387.1:53300814-53300828promoter 内 1400-1414 bp - 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53303415-53305304(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGATTGG
SmilChr02G001601 Chr02 NC_080388.1:29859515-29859529promoter 内 1301-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29854104-29856829(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTCGGA
SmilChr04G001439 Chr04 NC_080390.1:23495068-23495082promoter 内 1272-1286 bp - 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23497797-23504823(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAGAAAAGGAAATT
SmilChr04G000236 Chr04 NC_080390.1:2103740-2103754promoter 内 1264-1278 bp - 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2106477-2108504(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCGAAAAGGAAAGA
SmilChr05G000960 Chr05 NC_080391.1:7754600-7754614promoter 内 1251-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7750256-7751864(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTCTCGG
SmilChr05G002496 Chr05 NC_080391.1:27694182-27694196promoter 内 1073-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27688327-27691268(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATTTCCTTTTCTGT
SmilChr05G001193 Chr05 NC_080391.1:9997713-9997727promoter 内 1044-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9993009-9994770(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTATCCTTTTTTAG
SmilChr02G003329 Chr02 NC_080388.1:54546898-54546912promoter 内 1023-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54549876-54552873(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGATAGT
SmilChr04G002576 Chr04 NC_080390.1:41115231-41115245promoter 内 946-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41118286-41164029(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCAAAAAGGAAGGG
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32480817-32480831promoter 内 474-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 32472307-32477304(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT
SmilChr01G005304 Chr01 NC_080387.1:70312714-70312728promoter 内 372-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70307271-70309099(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCGAAAAGGAAAGA
SmilChr03G003945 Chr03 NC_080389.1:58514322-58514336promoter 内 329-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58517994-58598431(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCCAAAAGGAAGAA
SmilChr04G002431 Chr04 NC_080390.1:38946814-38946828promoter 内 236-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38950579-38954491(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTCAGGG
SmilChr03G003248 Chr03 NC_080389.1:50369490-50369504promoter 内 21-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50373470-50374730(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCGGTTTAGT