转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 126 / 138 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003511 Chr02 NC_080388.1:56310936-56310948promoter 内 1824-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56313113-56314634(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGTTGACTCAT
SmilChr01G005433 Chr01 NC_080387.1:71476826-71476838promoter 内 1778-1790 bp - 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 71479049-71484760(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGAGTCAACTTA
SmilChr03G001423 Chr03 NC_080389.1:16860863-16860875promoter 内 1753-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16857776-16858627(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACATTTGACTATC
SmilChr01G005984 Chr01 NC_080387.1:75484906-75484918promoter 内 1725-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 75481605-75482642(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTCAG
SmilChr01G002931 Chr01 NC_080387.1:48095774-48095786promoter 内 1693-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48090316-48093478(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTTTTGACTAAA
SmilChr01G003075 Chr01 NC_080387.1:49589861-49589873promoter 内 1603-1615 bp + 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49592259-49597744(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGGTTGACTCCC
SmilChr03G002514 Chr03 NC_080389.1:40009044-40009056promoter 内 1544-1556 bp - 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40011501-40012238(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGAAGTCAACAAA
SmilChr02G005162 Chr02 NC_080388.1:72965796-72965808promoter 内 1494-1506 bp - 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 72961236-72963301(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGTTTGACTACA
SmilChr01G000076 Chr01 NC_080387.1:1327832-1327844promoter 内 1471-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1330362-1331297(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAAAACA
SmilChr02G005515 Chr02 NC_080388.1:75265287-75265299promoter 内 1468-1480 bp - 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 75255863-75262766(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTAGTTGACTTGC
SmilChr02G000176 Chr02 NC_080388.1:2253812-2253824promoter 内 1342-1354 bp - 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2256471-2260119(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAATGTT
SmilChr03G001976 Chr03 NC_080389.1:28600824-28600836promoter 内 1251-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28603574-28609243(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAGTTTGACTAAA
SmilChr03G001723 Chr03 NC_080389.1:23137315-23137327promoter 内 1243-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 23133489-23134569(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTATTTGACTATT
SmilChr02G002496 Chr02 NC_080388.1:43389079-43389091promoter 内 1116-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43391964-43392782(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATTTTGACTAAA
SmilChr01G000028 Chr01 NC_080387.1:545294-545306promoter 内 1059-1071 bp + 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 541403-542364(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTCG
SmilChr01G004918 Chr01 NC_080387.1:67276987-67276999promoter 内 1044-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 67268047-67274042(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATTTTGACTAAA
SmilChr02G003824 Chr02 NC_080388.1:59887134-59887146promoter 内 993-1005 bp + 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 59890142-59890868(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGTTTGACTACA
SmilChr03G000687 Chr03 NC_080389.1:7676478-7676490promoter 内 985-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7679494-7680619(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGTTGACTCTA
SmilChr01G000595 Chr01 NC_080387.1:12969895-12969907promoter 内 897-909 bp + 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 12972999-12973550(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTTTTGACTAAG
SmilChr01G005852 Chr01 NC_080387.1:74464433-74464445promoter 内 892-904 bp - 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 74467542-74471097(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAATGGT
SmilChr01G000772 Chr01 NC_080387.1:16850655-16850667promoter 内 844-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16853812-16854899(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAATGTT
SmilChr01G003191 Chr01 NC_080387.1:50656278-50656290promoter 内 825-837 bp - 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50648992-50653114(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTTTTGACTATA
SmilChr01G000461 Chr01 NC_080387.1:9452894-9452906promoter 内 818-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9456077-9462670(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTGAGTCAACTTT
SmilChr02G002315 Chr02 NC_080388.1:40770825-40770837promoter 内 680-692 bp + 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40774146-40776510(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCCTTGACTATA
SmilChr01G002583 Chr01 NC_080387.1:43961855-43961867promoter 内 599-611 bp + 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43965257-43966611(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGTTGACTGCA
SmilChr01G002030 Chr01 NC_080387.1:35873328-35873340promoter 内 582-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 35869139-35869921(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATTTTGACTAAA
SmilChr03G004276 Chr03 NC_080389.1:61213968-61213980promoter 内 495-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 61207176-61210474(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTAGTCAAACAT
SmilChr01G002081 Chr01 NC_080387.1:36752855-36752867promoter 内 487-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 36756369-36761002(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCATTGACTAAC
SmilChr02G003303 Chr02 NC_080388.1:54307142-54307154promoter 内 468-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54300201-54303621(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATAGTCAAAACG
SmilChr03G002678 Chr03 NC_080389.1:42537426-42537438promoter 内 432-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42531654-42533869(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATTTTGACTAAA
SmilChr02G000530 Chr02 NC_080388.1:7294862-7294874promoter 内 411-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7298452-7302000(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAGAGTCAACATG
SmilChr02G004173 Chr02 NC_080388.1:64015217-64015229promoter 内 291-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64018927-64028159(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAAAATC
SmilChr03G002388 Chr03 NC_080389.1:37813934-37813946promoter 内 287-299 bp - 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37807486-37810232(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTATTTGACTATT
SmilChr02G004171 Chr02 NC_080388.1:64015217-64015229promoter 内 280-292 bp - 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64004190-64011508(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATTTTGACTAAA
SmilChr03G002690 Chr03 NC_080389.1:42792472-42792484promoter 内 251-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42786737-42788734(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATTTTGACTAAA
SmilChr01G001047 Chr01 NC_080387.1:21753931-21753943promoter 内 243-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21757689-21759255(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAAGGGT
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