转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 128 / 167 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004321 Chr05 NC_080391.1:56865009-56865029promoter 内 3005-3025 bp - 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56860020-56864033(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAGAATTGGAGAATGATTGG
SmilChr02G002314 Chr02 NC_080388.1:40764424-40764444promoter 内 2996-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40754457-40763439(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTCCTTATCTAGTTATCT
SmilChr02G005215 Chr02 NC_080388.1:73349293-73349313promoter 内 2976-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73350318-73355226(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCACGCATATCCAAATTTCC
SmilChr05G003972 Chr05 NC_080391.1:53525852-53525872promoter 内 2960-2980 bp + 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53526893-53530143(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCGATGAGGATAAGAATTTT
SmilChr08G001511 Chr08 NC_080394.1:12251905-12251925promoter 内 2934-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12249451-12250858(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCACTGCTTATCCTTTTATAT
SmilChr03G002186 Chr03 NC_080389.1:34122456-34122476promoter 内 2928-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34120726-34121403(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCTTCTTTATCCAGAAATGC
SmilChr03G002340 Chr03 NC_080389.1:36890026-36890046promoter 内 2914-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36885893-36888959(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGGAATAATGATAAGGAGAAT
SmilChr02G003724 Chr02 NC_080388.1:58861573-58861593promoter 内 2882-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58858677-58860474(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAACTTTTATCCACTTTGTT
SmilChr05G001332 Chr05 NC_080391.1:11614009-11614029promoter 内 2872-2892 bp + 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11610197-11612900(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGCAACATTATCCAAATATAC
SmilChr02G002431 Chr02 NC_080388.1:42323494-42323514promoter 内 2861-2881 bp + 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42316870-42322374(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTATTATCCAAATGTTG
SmilChr01G001364 Chr01 NC_080387.1:27010949-27010969promoter 内 2840-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27012110-27014449(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAGTTTGGATAATTTAGCT
SmilChr04G003485 Chr04 NC_080390.1:51303317-51303337promoter 内 2820-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51304498-51308761(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATACTGGATAAATTAAAA
SmilChr07G000894 Chr07 NC_080393.1:6429199-6429219promoter 内 2804-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6430396-6431201(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATACTAGATAAGGCTTCA
SmilChr07G000942 Chr07 NC_080393.1:6728605-6728625promoter 内 2801-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6726625-6727425(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTAGCTTCATCCAATCATTG
SmilChr04G000769 Chr04 NC_080390.1:9428756-9428776promoter 内 2800-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9429957-9431777(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATTGGATCAAATTGAT
SmilChr07G001158 Chr07 NC_080393.1:8674050-8674070promoter 内 2782-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8670695-8672851(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACATTTTTGGATAATGAATGG
SmilChr01G003531 Chr01 NC_080387.1:53934929-53934949promoter 内 2760-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53931251-53933708(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAAAGTGGATAATGAGATT
SmilChr03G001999 Chr03 NC_080389.1:29715784-29715804promoter 内 2758-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29717027-29718523(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACAATCTTATCCAAAAGGGA
SmilChr04G001581 Chr04 NC_080390.1:26294885-26294905promoter 内 2753-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26296133-26297296(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCAAATTTATCCACACAAGT
SmilChr07G003852 Chr07 NC_080393.1:47764379-47764399promoter 内 2714-2734 bp - 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47758976-47763112(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGCTTTGGATAAGATAATA
SmilChr07G002832 Chr07 NC_080393.1:28375597-28375617promoter 内 2629-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28376969-28379671(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TACCAATTTATCCATTTCATT
SmilChr07G002495 Chr07 NC_080393.1:23649328-23649348promoter 内 2604-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23646722-23647951(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGAACCTTATCCTTTAGATG
SmilChr06G000648 Chr06 NC_080392.1:5734301-5734321promoter 内 2534-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5735768-5737611(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCCGACTTATCCGTAGTCGG
SmilChr06G001839 Chr06 NC_080392.1:21590827-21590847promoter 内 2524-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 21592304-21595721(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTACTTTATCCAAATTATA
SmilChr03G002181 Chr03 NC_080389.1:33889282-33889302promoter 内 2493-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33890790-33894444(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTATACCTTATCTTTTATTTT
SmilChr03G004202 Chr03 NC_080389.1:60644606-60644626promoter 内 2469-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60638345-60643094(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGAAGTCTTATCCACTTTAAC
SmilChr05G000419 Chr05 NC_080391.1:3169439-3169459promoter 内 2469-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3164749-3167927(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATTTTTGGATAAATTTGAA
SmilChr03G003669 Chr03 NC_080389.1:55531568-55531588promoter 内 2465-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55524822-55530052(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAGGCTTATCCGGTTGTTC
SmilChr03G004203 Chr03 NC_080389.1:60644606-60644626promoter 内 2463-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60641507-60643088(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGAAGTCTTATCCACTTTAAC
SmilChr01G005979 Chr01 NC_080387.1:75452606-75452626promoter 内 2421-2441 bp - 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75445761-75451046(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCACTATGGATGAGGATAAA
SmilChr02G001868 Chr02 NC_080388.1:33961964-33961984promoter 内 2354-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33959567-33960337(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGTGGCTTATCCGTAATTTC
SmilChr05G003285 Chr05 NC_080391.1:42946651-42946671promoter 内 2348-2368 bp - 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42948304-42949756(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCATCCTTATCTTCAGACAA
SmilChr02G005160 Chr02 NC_080388.1:72945292-72945312promoter 内 2341-2361 bp - 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 72946952-72949072(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTGAAATTATCCAAATTCGT
SmilChr01G005517 Chr01 NC_080387.1:71989493-71989513promoter 内 2320-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71983508-71987832(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATCTATATCCAAACCTTG
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