转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 128 / 130 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000276 Chr04 NC_080390.1:2531505-2531516promoter 内 477-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2535029-2539124(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr01G002076 Chr01 NC_080387.1:36713375-36713386promoter 内 471-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36708310-36709856(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr02G003780 Chr02 NC_080388.1:59487944-59487955promoter 内 470-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59483461-59484424(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr02G002627 Chr02 NC_080388.1:45621039-45621050promoter 内 466-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45611248-45617515(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACT
SmilChr01G000297 Chr01 NC_080387.1:5845562-5845573promoter 内 464-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5841108-5842036(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr08G000601 Chr08 NC_080394.1:4457162-4457173promoter 内 460-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4460703-4463156(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr01G000495 Chr01 NC_080387.1:10096204-10096215promoter 内 451-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10099754-10101707(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr06G000536 Chr06 NC_080392.1:4486272-4486283promoter 内 417-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4474124-4482699(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGTCCCAAA
SmilChr02G002583 Chr02 NC_080388.1:44898067-44898078promoter 内 415-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44888272-44894492(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACT
SmilChr01G005437 Chr01 NC_080387.1:71500729-71500740promoter 内 411-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71504319-71509382(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr07G002555 Chr07 NC_080393.1:24270028-24270039promoter 内 405-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24273624-24278960(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTGGTCCCGGC
SmilChr01G006151 Chr01 NC_080387.1:76974102-76974113promoter 内 396-407 bp - 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 76964924-76970508(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTTGGACCACT
SmilChr06G001019 Chr06 NC_080392.1:10080865-10080876promoter 内 385-396 bp - 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10084481-10086508(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr02G004220 Chr02 NC_080388.1:64411448-64411459promoter 内 384-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64415065-64415801(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGGACCAGC
SmilChr07G002348 Chr07 NC_080393.1:21805351-21805362promoter 内 382-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21808970-21810924(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACT
SmilChr08G002655 Chr08 NC_080394.1:26035882-26035893promoter 内 366-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26028874-26032258(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ACTGGTCCCAAA
SmilChr02G001674 Chr02 NC_080388.1:31001776-31001787promoter 内 359-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30995524-30998145(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCGACA
SmilChr04G003914 Chr04 NC_080390.1:54857337-54857348promoter 内 355-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54860983-54863021(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TATGGTCCCCAA
SmilChr03G000150 Chr03 NC_080389.1:1639927-1639938promoter 内 348-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1635193-1636285(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr08G000166 Chr08 NC_080394.1:1123465-1123476promoter 内 332-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1127134-1136416(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr01G003301 Chr01 NC_080387.1:51700338-51700349promoter 内 327-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51694329-51696675(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr03G003025 Chr03 NC_080389.1:47146232-47146243promoter 内 327-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47149906-47151958(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCAGAA
SmilChr01G000194 Chr01 NC_080387.1:3357281-3357292promoter 内 323-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3351514-3353614(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr03G002407 Chr03 NC_080389.1:38259113-38259124promoter 内 321-332 bp - 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38262793-38265735(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr02G002513 Chr02 NC_080388.1:43628799-43628810promoter 内 319-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43632481-43634332(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G000345 Chr05 NC_080391.1:2582000-2582011promoter 内 305-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2558691-2578315(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGGACCAGT
SmilChr05G000051 Chr05 NC_080391.1:233869-233880promoter 内 304-315 bp + 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 237566-239845(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCATG
SmilChr01G004952 Chr01 NC_080387.1:67599646-67599657promoter 内 286-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67594530-67595942(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCCGGGACCAGG
SmilChr05G004282 Chr05 NC_080391.1:56606464-56606475promoter 内 284-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56610181-56613051(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr01G002041 Chr01 NC_080387.1:36089837-36089848promoter 内 269-280 bp + 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36082558-36086116(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr08G001261 Chr08 NC_080394.1:9996807-9996818promoter 内 264-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9987921-9993081(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr07G000691 Chr07 NC_080393.1:4728875-4728886promoter 内 261-272 bp - 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4724621-4725146(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGGAGGACCACA
SmilChr02G005481 Chr02 NC_080388.1:75028791-75028802promoter 内 255-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75023016-75025056(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACT
SmilChr02G004192 Chr02 NC_080388.1:64252850-64252861promoter 内 250-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64246042-64249110(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCAAAA
SmilChr08G001165 Chr08 NC_080394.1:9305435-9305446promoter 内 250-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9300345-9301695(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr02G003244 Chr02 NC_080388.1:53702334-53702345promoter 内 249-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53706086-53708424(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTGGTCCCGGC
SmilChr08G002449 Chr08 NC_080394.1:23315455-23315466promoter 内 247-258 bp - 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23302920-23311712(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGGGGACCATA
SmilChr07G000222 Chr07 NC_080393.1:1426659-1426670promoter 内 244-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1421907-1422913(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTGCT
SmilChr01G000996 Chr01 NC_080387.1:21006611-21006622promoter 内 241-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21001451-21002862(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr03G000702 Chr03 NC_080389.1:7836466-7836477promoter 内 236-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7840231-7841332(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr08G000491 Chr08 NC_080394.1:3542619-3542630promoter 内 205-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3546415-3548583(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr07G001817 Chr07 NC_080393.1:15575949-15575960promoter 内 201-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15579749-15594141(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGCAGGACCACC
SmilChr01G002192 Chr01 NC_080387.1:38058890-38058901promoter 内 186-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38062705-38063397(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTGCT
SmilChr06G002692 Chr06 NC_080392.1:38847901-38847912promoter 内 182-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38833658-38844093(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCGACT
SmilChr03G000434 Chr03 NC_080389.1:4702056-4702067promoter 内 176-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4705881-4706819(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr02G003295 Chr02 NC_080388.1:54231244-54231255promoter 内 173-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54225546-54227427(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr01G002968 Chr01 NC_080387.1:48575865-48575876promoter 内 166-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48568564-48572041(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTTGGACCACA
SmilChr02G001147 Chr02 NC_080388.1:20867849-20867860promoter 内 162-173 bp + 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20871688-20874281(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGGACCAAA
SmilChr07G000229 Chr07 NC_080393.1:1482050-1482061promoter 内 161-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1485890-1487849(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGTCCCTAC
SmilChr07G004678 Chr07 NC_080393.1:59744584-59744595promoter 内 157-168 bp + 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59739853-59740751(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTGCT