转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 129 / 135 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001214 Chr02 NC_080388.1:22344060-22344074promoter 内 748-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22340715-22340821(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGAAGATTATCCTA
SmilChr03G000991 Chr03 NC_080389.1:11263265-11263279promoter 内 743-757 bp - 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11266523-11270323(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGCATAC
SmilChr01G004388 Chr01 NC_080387.1:62057420-62057434promoter 内 701-715 bp + 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62048214-62054134(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAGCACT
SmilChr03G002201 Chr03 NC_080389.1:34636970-34636984promoter 内 688-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34633565-34633671(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGAAGATTATCCTA
SmilChr01G004161 Chr01 NC_080387.1:60106757-60106771promoter 内 687-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60103351-60103457(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGAAGATTATCCTA
SmilChr01G004162 Chr01 NC_080387.1:60112619-60112633promoter 内 687-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60109213-60109319(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGAAGATTATCCTA
SmilChr03G001720 Chr03 NC_080389.1:23094612-23094626promoter 内 687-701 bp + 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23097926-23098032(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGAAGATTATCCTA
SmilChr03G001024 Chr03 NC_080389.1:11891619-11891633promoter 内 658-672 bp - 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11888184-11888290(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGAAGATTATCCTA
SmilChr01G000130 Chr01 NC_080387.1:2190831-2190845promoter 内 624-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2194208-2196236(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAGAGCGG
SmilChr01G001544 Chr01 NC_080387.1:29442343-29442357promoter 内 499-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29445845-29446040(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAACCTAATCTCA
SmilChr01G001037 Chr01 NC_080387.1:21569367-21569381promoter 内 476-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21558355-21565856(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGCATAC
SmilChr01G001643 Chr01 NC_080387.1:30471482-30471496promoter 内 338-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30465156-30467833(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAAATATA
SmilChr02G003751 Chr02 NC_080388.1:59152946-59152960promoter 内 294-308 bp - 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59156653-59157317(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAACCCC
SmilChr02G002843 Chr02 NC_080388.1:48570804-48570818promoter 内 202-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48574603-48577977(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAAGAGAAG
SmilChr01G001922 Chr01 NC_080387.1:34356563-34356577promoter 内 178-192 bp + 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34352275-34352754(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGCATAC
SmilChr01G000136 Chr01 NC_080387.1:2297841-2297855promoter 内 169-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2288363-2294023(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAAGAGAAG
SmilChr01G004433 Chr01 NC_080387.1:62421539-62421553promoter 内 133-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62425407-62433090(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATATTTTTATCCTC
SmilChr01G002524 Chr01 NC_080387.1:43209196-43209210promoter 内 78-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43213119-43215401(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAATGAAGAT
SmilChr03G002266 Chr03 NC_080389.1:35698487-35698501promoter 内 59-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35694486-35694559(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATCTAA
SmilChr01G005158 Chr01 NC_080387.1:69356105-69356119promoter 内 44-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69347310-69352162(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAAGATGTC
SmilChr01G002075 Chr01 NC_080387.1:36701334-36701348promoter 内 3387-3401 bp + 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 36699589-36700734(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGTTGCTC
SmilChr03G000263 Chr03 NC_080389.1:3057267-3057281promoter 内 2678-2692 bp - 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 3052567-3055958(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATTTATTATCCTT
SmilChr02G002483 Chr02 NC_080388.1:43214912-43214926promoter 内 2070-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 43216843-43218769(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGAATTTTATCCTC
SmilChr03G002103 Chr03 NC_080389.1:32587271-32587285promoter 内 1710-1724 bp + 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 32589562-32593681(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAATACTTATCCAT
SmilChr03G000265 Chr03 NC_080389.1:3071238-3071252promoter 内 1295-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 3065973-3068546(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATTTATTATCCTT
SmilChr02G004847 Chr02 NC_080388.1:70606534-70606548promoter 内 623-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 70609912-70613661(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGCTGCAA
SmilChr02G001371 Chr02 NC_080388.1:25961190-25961204promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25960568-25961188(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCACCTTATCAGG
SmilChr01G003723 Chr01 NC_080387.1:55552175-55552189promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55542510-55552134(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAATAT
SmilChr02G004937 Chr02 NC_080388.1:71338396-71338410promoter 内 3895-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71338502-71341737(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGAGATTATCCTC
SmilChr03G002537 Chr03 NC_080389.1:40443515-40443529promoter 内 3670-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40441379-40443198(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGAGATCA
SmilChr02G004936 Chr02 NC_080388.1:71338396-71338410promoter 内 3632-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71335126-71338041(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCTCAAA
SmilChr01G004097 Chr01 NC_080387.1:59420778-59420792promoter 内 3550-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59421229-59424877(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGAGATTATCCTC
SmilChr02G002193 Chr02 NC_080388.1:39154245-39154259promoter 内 3452-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39152112-39153710(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGACAGAA
SmilChr02G003046 Chr02 NC_080388.1:51249992-51250006promoter 内 3273-3287 bp - 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51250720-51252868(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATTGATGAG
SmilChr02G000399 Chr02 NC_080388.1:4933984-4933998promoter 内 3267-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4934718-4938827(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCACCTTATCAGG
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