转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 132 / 137 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G004511 Chr08 NC_080394.1:54736932-54736940promoter 内 3562-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54737371-54738169(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr06G003192 Chr06 NC_080392.1:44815845-44815853promoter 内 3532-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44812978-44815384(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G004590 Chr03 NC_080389.1:63737984-63737992promoter 内 3502-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63738483-63741036(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr05G001739 Chr05 NC_080391.1:16815702-16815710promoter 内 3492-3500 bp - 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16810049-16815201(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr04G000221 Chr04 NC_080390.1:1949203-1949211promoter 内 3459-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1947142-1948669(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G002407 Chr08 NC_080394.1:22868023-22868031promoter 内 3459-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22864393-22867489(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G004362 Chr03 NC_080389.1:61845399-61845407promoter 内 3436-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61845964-61846782(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G000741 Chr01 NC_080387.1:16421350-16421358promoter 内 3428-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16421923-16422717(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G001498 Chr01 NC_080387.1:28847894-28847902promoter 内 3425-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28841235-28847326(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr03G001004 Chr03 NC_080389.1:11364145-11364153promoter 内 3415-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11364731-11365333(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr07G001803 Chr07 NC_080393.1:15416725-15416733promoter 内 3413-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15411427-15416145(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G004514 Chr01 NC_080387.1:63264844-63264852promoter 内 3409-3417 bp - 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63262823-63264260(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G006007 Chr01 NC_080387.1:75635058-75635066promoter 内 3381-3389 bp - 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75628535-75634446(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr02G001155 Chr02 NC_080388.1:21057820-21057828promoter 内 3370-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21054991-21057197(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr05G001193 Chr05 NC_080391.1:9995446-9995454promoter 内 3317-3325 bp + 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9993009-9994770(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr02G003760 Chr02 NC_080388.1:59290682-59290690promoter 内 3300-3308 bp + 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59263956-59289989(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr02G005054 Chr02 NC_080388.1:72250861-72250869promoter 内 3268-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72251594-72258458(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr06G003090 Chr06 NC_080392.1:43750895-43750903promoter 内 3260-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43751636-43753957(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G001144 Chr08 NC_080394.1:9032045-9032053promoter 内 3256-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9032790-9039172(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G002985 Chr04 NC_080390.1:46261980-46261988promoter 内 3246-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46262735-46265981(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G001807 Chr04 NC_080390.1:29559405-29559413promoter 内 3237-3245 bp - 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29555573-29558649(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G005722 Chr01 NC_080387.1:73393611-73393619promoter 内 3207-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73389969-73392825(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G000184 Chr08 NC_080394.1:1249594-1249602promoter 内 3196-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1250399-1252248(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr08G000178 Chr08 NC_080394.1:1207975-1207983promoter 内 3189-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1208787-1209944(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr06G001240 Chr06 NC_080392.1:12786120-12786128promoter 内 3179-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12784414-12785306(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr06G001466 Chr06 NC_080392.1:15521315-15521323promoter 内 3147-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15522169-15525606(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G004732 Chr03 NC_080389.1:64480902-64480910promoter 内 3068-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64481835-64483162(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr02G005088 Chr02 NC_080388.1:72482438-72482446promoter 内 3051-3059 bp - 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72483388-72484959(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr03G004162 Chr03 NC_080389.1:60391125-60391133promoter 内 3043-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60392083-60393964(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr07G001659 Chr07 NC_080393.1:14053962-14053970promoter 内 3030-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14054933-14058433(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr07G001088 Chr07 NC_080393.1:8001752-8001760promoter 内 3023-3031 bp - 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7985576-8000782(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr05G000774 Chr05 NC_080391.1:6036536-6036544promoter 内 3021-3029 bp - 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6034367-6035564(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G004486 Chr03 NC_080389.1:62981486-62981494promoter 内 2980-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62979683-62980473(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G000078 Chr04 NC_080390.1:718996-719004promoter 内 2971-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 715016-717974(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G002620 Chr03 NC_080389.1:41595834-41595842promoter 内 2956-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41596879-41597391(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr07G002314 Chr07 NC_080393.1:21424818-21424826promoter 内 2950-2958 bp - 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21418686-21423775(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
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