转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 133 / 152 下载 TSV

上一页 133 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003965 Chr01 NC_080387.1:58094871-58094889promoter 内 3046-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58095826-58097367(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACATGCAACCACCCTAAC
SmilChr01G000623 Chr01 NC_080387.1:13961682-13961700promoter 内 3025-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13960398-13960724(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATAATTGGTTGGGTTAT
SmilChr03G002814 Chr03 NC_080389.1:44604198-44604216promoter 内 2996-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44605203-44609089(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTATGTGGTTGAACGTG
SmilChr03G001911 Chr03 NC_080389.1:26735863-26735881promoter 内 2935-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26736929-26737921(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTATGAT
SmilChr05G002841 Chr05 NC_080391.1:33733096-33733114promoter 内 2854-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33734243-33740310(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCATCCCAACCACACAAAT
SmilChr01G004165 Chr01 NC_080387.1:60157775-60157793promoter 内 2765-2783 bp + 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60151027-60156557(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTCAGGTGGTGGGAGAGA
SmilChr01G006052 Chr01 NC_080387.1:76015195-76015213promoter 内 2738-2756 bp + 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76012807-76013950(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGTAGTGGTTGTGATTC
SmilChr03G001489 Chr03 NC_080389.1:17956388-17956406promoter 内 2693-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17953517-17955098(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGCTCCAACCGCCATGCA
SmilChr05G002957 Chr05 NC_080391.1:35750028-35750046promoter 内 2682-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35751347-35753820(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGTTTTGGTTGGGAATT
SmilChr02G001456 Chr02 NC_080388.1:27239763-27239781promoter 内 2659-2677 bp + 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27237585-27238439(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTATGAT
SmilChr02G002828 Chr02 NC_080388.1:48386965-48386983promoter 内 2644-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48378626-48385626(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCTCCAACCAAAATCAA
SmilChr04G002724 Chr04 NC_080390.1:42851772-42851790promoter 内 2639-2657 bp - 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42850356-42850428(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCCTTAACCACCGACCC
SmilChr02G004382 Chr02 NC_080388.1:66169298-66169316promoter 内 2619-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66170680-66179784(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGGTGTGGTTGAATTTA
SmilChr02G000499 Chr02 NC_080388.1:6872722-6872740promoter 内 2611-2629 bp - 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6874112-6877974(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTCAAGTGGTTGAACAAA
SmilChr03G002005 Chr03 NC_080389.1:29907527-29907545promoter 内 2611-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29905229-29906155(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTATGAT
SmilChr01G005340 Chr01 NC_080387.1:70629933-70629951promoter 内 2604-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70625528-70628554(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTTCCAACAACCCAAGG
SmilChr02G004264 Chr02 NC_080388.1:64847066-64847084promoter 内 2567-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64843914-64845650(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTTGGTGGTTGACGTTT
SmilChr01G004017 Chr01 NC_080387.1:58558904-58558922promoter 内 2559-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58560346-58570392(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCGTCCAACCATTTCTGT
SmilChr01G001948 Chr01 NC_080387.1:34694568-34694586promoter 内 2516-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34696053-34698456(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGTTTTGGTTGGGGACC
SmilChr01G005229 Chr01 NC_080387.1:69855426-69855444promoter 内 2489-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69856938-69857458(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCTATCAACCACATACAC
SmilChr05G000569 Chr05 NC_080391.1:4275021-4275039promoter 内 2468-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4276554-4277564(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAATATTGGTTGGAAGGA
SmilChr02G005487 Chr02 NC_080388.1:75063833-75063851promoter 内 2450-2468 bp - 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75058151-75062300(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGCCCAACCATCAACTT
SmilChr01G000564 Chr01 NC_080387.1:11680171-11680189promoter 内 2443-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11677945-11678631(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATAATGTGGTTGAGTCAA
SmilChr02G001804 Chr02 NC_080388.1:32893760-32893778promoter 内 2431-2449 bp + 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 32888362-32892208(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTGGGTGGTTGATGAAC
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70627021-70627039promoter 内 2423-2441 bp + 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70628599-70630450(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGATTCCAACTGCTTCTTC
SmilChr03G000839 Chr03 NC_080389.1:9587295-9587313promoter 内 2388-2406 bp + 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9588908-9589567(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTAATTTTGT
SmilChr05G001033 Chr05 NC_080391.1:8474316-8474334promoter 内 2360-2378 bp - 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8471070-8472693(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCTCCAACCAATGCAAA
SmilChr01G003700 Chr01 NC_080387.1:55385326-55385344promoter 内 2347-2365 bp - 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55374162-55383690(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCCCTCCACCACCTCTCT
SmilChr01G004151 Chr01 NC_080387.1:60039752-60039770promoter 内 2341-2359 bp + 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60041412-60047436(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAATTCAACCACTACATT
SmilChr03G002138 Chr03 NC_080389.1:33319063-33319081promoter 内 2297-2315 bp - 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33314936-33317377(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTTCAACCACCAGCAA
SmilChr03G001190 Chr03 NC_080389.1:13703651-13703669promoter 内 2294-2312 bp - 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13699601-13701962(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTTCAACCACCAGCAA
SmilChr03G002744 Chr03 NC_080389.1:43603521-43603539promoter 内 2287-2305 bp - 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43605235-43608348(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATATTGTGGTTGGATGGT
SmilChr01G003036 Chr01 NC_080387.1:49372458-49372476promoter 内 2270-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49374189-49376325(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAGAACAACCACTTCACC
SmilChr02G004158 Chr02 NC_080388.1:63899773-63899791promoter 内 2266-2284 bp + 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63901508-63904482(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGAATCAACCACTCCCAG
SmilChr03G001189 Chr03 NC_080389.1:13692865-13692883promoter 内 2233-2251 bp - 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13688763-13691115(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTTCAACCACCAGCAA
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