转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 135 / 161 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003016 Chr02 NC_080388.1:50856213-50856224promoter 内 3241-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50854369-50855464(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr05G003352 Chr05 NC_080391.1:44245755-44245766promoter 内 3198-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44243828-44244963(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr01G005844 Chr01 NC_080387.1:74424030-74424041promoter 内 3175-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74421859-74423215(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr04G002863 Chr04 NC_080390.1:44718735-44718746promoter 内 3148-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44719588-44721933(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr07G001258 Chr07 NC_080393.1:9695157-9695168promoter 内 3130-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9692028-9694297(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr01G001678 Chr01 NC_080387.1:30986157-30986168promoter 内 3111-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30978791-30985278(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr02G002617 Chr02 NC_080388.1:45429602-45429613promoter 内 3051-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45427269-45428663(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr04G001870 Chr04 NC_080390.1:30501801-30501812promoter 内 3050-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30502752-30505420(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr07G001776 Chr07 NC_080393.1:15050177-15050188promoter 内 2957-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15051221-15051595(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr07G003845 Chr07 NC_080393.1:47645479-47645490promoter 内 2886-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47646594-47653604(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr04G000847 Chr04 NC_080390.1:10706037-10706048promoter 内 2835-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10701698-10704882(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr04G003853 Chr04 NC_080390.1:54507187-54507198promoter 内 2797-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54503389-54505994(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GTCCGTTTTTGG
SmilChr04G001869 Chr04 NC_080390.1:30501801-30501812promoter 内 2747-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30496658-30500558(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr01G006057 Chr01 NC_080387.1:76032715-76032726promoter 内 2742-2753 bp - 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 76033974-76039301(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr02G001528 Chr02 NC_080388.1:28475579-28475590promoter 内 2660-2671 bp - 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28476920-28477391(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr04G001509 Chr04 NC_080390.1:24854160-24854171promoter 内 2627-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 24848321-24852797(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr05G001421 Chr05 NC_080391.1:12882259-12882270promoter 内 2553-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12871223-12880822(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr01G001700 Chr01 NC_080387.1:31391779-31391790promoter 内 2333-2344 bp + 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31373969-31390122(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr01G005897 Chr01 NC_080387.1:74887263-74887274promoter 内 2318-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74881056-74885591(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr03G003956 Chr03 NC_080389.1:58606766-58606777promoter 内 1973-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58598636-58604749(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr04G003086 Chr04 NC_080390.1:47466545-47466556promoter 内 1844-1855 bp - 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47468702-47470622(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr06G002608 Chr06 NC_080392.1:37502702-37502713promoter 内 1835-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37498005-37500547(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr01G001534 Chr01 NC_080387.1:29375831-29375842promoter 内 1790-1801 bp + 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29370413-29373631(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr07G004506 Chr07 NC_080393.1:57724162-57724173promoter 内 1783-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57726380-57732143(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr01G001569 Chr01 NC_080387.1:29697177-29697188promoter 内 1768-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29691777-29694955(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr07G001343 Chr07 NC_080393.1:10397590-10397601promoter 内 1696-1707 bp - 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10384575-10395296(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr02G001171 Chr02 NC_080388.1:21538344-21538355promoter 内 1659-1670 bp - 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21533955-21536013(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAACGGAC
SmilChr05G001699 Chr05 NC_080391.1:16208452-16208463promoter 内 1644-1655 bp - 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16204431-16206106(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr01G006056 Chr01 NC_080387.1:76032715-76032726promoter 内 1582-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 76027185-76030307(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr02G003582 Chr02 NC_080388.1:56984070-56984081promoter 内 1490-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56980141-56981570(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69515575-69515586promoter 内 1379-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69518197-69522787(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr06G001450 Chr06 NC_080392.1:15321439-15321450promoter 内 1347-1358 bp - 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15313273-15318796(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr05G004278 Chr05 NC_080391.1:56570096-56570107promoter 内 1263-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56572834-56575389(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr05G001771 Chr05 NC_080391.1:17405308-17405319promoter 内 1254-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17408055-17411873(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CGCCATTTTTGG
SmilChr06G000686 Chr06 NC_080392.1:6062049-6062060promoter 内 1193-1204 bp - 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6064857-6073005(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr04G001381 Chr04 NC_080390.1:22422820-22422831promoter 内 955-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22403394-22419785(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GTCCGTTTTTGG
SmilChr02G000804 Chr02 NC_080388.1:13423443-13423454promoter 内 676-687 bp - 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13412868-13420129(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr01G005843 Chr01 NC_080387.1:74424030-74424041promoter 内 582-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74416401-74420622(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr04G002752 Chr04 NC_080390.1:43227478-43227489promoter 内 494-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43222457-43223982(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr01G001938 Chr01 NC_080387.1:34573231-34573242promoter 内 275-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34576957-34578623(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr03G002859 Chr03 NC_080389.1:45191576-45191587promoter 内 264-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45195313-45197354(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr06G001688 Chr06 NC_080392.1:19223458-19223469promoter 内 240-251 bp + 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 19227219-19230301(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr07G004581 Chr07 NC_080393.1:58632006-58632017promoter 内 151-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58626283-58628167(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr02G005309 Chr02 NC_080388.1:73991889-73991900promoter 内 137-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73995753-73997638(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAACGGAC
SmilChr04G003085 Chr04 NC_080390.1:47466545-47466556promoter 内 129-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47460779-47462684(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGCG
SmilChr05G003358 Chr05 NC_080391.1:44371830-44371841promoter 内 47-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44375784-44377212(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCATAAATGGAT
SmilChr04G000798 Chr04 NC_080390.1:9871446-9871457promoter 内 40-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9875407-9877631(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr07G003981 Chr07 NC_080393.1:50776652-50776663promoter 内 26-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50770273-50772688(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr01G001964 Chr01 NC_080387.1:34975286-34975297promoter 内 1-12 bp + 3989 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34969412-34971297(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTATGG
SmilChr04G001685 Chr04 NC_080390.1:27882046-27882057promoter 内 3677-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27874855-27881733(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCCCATTTTTAG