转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 136 / 162 下载 TSV

上一页 136 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000276 Chr06 NC_080392.1:1919643-1919652promoter 内 1494-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1913769-1917145(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr03G003957 Chr03 NC_080389.1:58604285-58604294promoter 内 1436-1445 bp + 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58606850-58609894(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GAACCTACCA
SmilChr05G001278 Chr05 NC_080391.1:10937235-10937244promoter 内 1405-1414 bp - 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10939831-10947231(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr06G001875 Chr06 NC_080392.1:22260382-22260391promoter 内 1403-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 22262980-22264310(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr06G000889 Chr06 NC_080392.1:8417800-8417809promoter 内 1399-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8412523-8415207(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr04G002215 Chr04 NC_080390.1:35836703-35836712promoter 内 1395-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35839309-35843360(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr04G002434 Chr04 NC_080390.1:38991683-38991692promoter 内 1394-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38983845-38989085(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr01G001973 Chr01 NC_080387.1:35111608-35111617promoter 内 1393-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35114216-35115779(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr04G002203 Chr04 NC_080390.1:35663570-35663579promoter 内 1389-1398 bp + 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35666182-35669610(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr01G000207 Chr01 NC_080387.1:3618067-3618076promoter 内 1348-1357 bp + 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3611556-3615423(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr06G000806 Chr06 NC_080392.1:7570803-7570812promoter 内 1338-1347 bp + 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7565957-7568149(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr05G002955 Chr05 NC_080391.1:35711125-35711134promoter 内 1334-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35705690-35708467(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr07G002166 Chr07 NC_080393.1:19833317-19833326promoter 内 1320-1329 bp + 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 19827089-19830645(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr04G000466 Chr04 NC_080390.1:4996082-4996091promoter 内 1313-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4998770-5000404(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr01G001962 Chr01 NC_080387.1:34908975-34908984promoter 内 1304-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34911672-34914031(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr01G004870 Chr01 NC_080387.1:66829660-66829669promoter 内 1276-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 66825406-66826944(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GAACCTACCA
SmilChr05G001007 Chr05 NC_080391.1:8271330-8271339promoter 内 1260-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8274071-8277762(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr01G001441 Chr01 NC_080387.1:28088239-28088248promoter 内 1243-1252 bp + 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28075259-28085490(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr04G001211 Chr04 NC_080390.1:18776010-18776019promoter 内 1221-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 18778790-18793900(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr05G003179 Chr05 NC_080391.1:40704269-40704278promoter 内 1213-1222 bp + 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40699119-40701490(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr02G005347 Chr02 NC_080388.1:74281030-74281039promoter 内 1193-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74283838-74287538(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr01G003378 Chr01 NC_080387.1:52465256-52465265promoter 内 1187-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52457879-52462451(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr05G001006 Chr05 NC_080391.1:8243581-8243590promoter 内 1178-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8246404-8248998(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr02G000319 Chr02 NC_080388.1:4002036-4002045promoter 内 1174-1183 bp + 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4004863-4005674(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr02G001311 Chr02 NC_080388.1:24338740-24338749promoter 内 1163-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24341578-24343361(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr01G005708 Chr01 NC_080387.1:73312699-73312708promoter 内 1162-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 73315538-73316278(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr04G002015 Chr04 NC_080390.1:32680207-32680216promoter 内 1150-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32676374-32677365(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
SmilChr01G006199 Chr01 NC_080387.1:77682205-77682214promoter 内 1053-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 77685153-77690418(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr02G003084 Chr02 NC_080388.1:51744820-51744829promoter 内 989-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51747832-51748908(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr01G001211 Chr01 NC_080387.1:24340289-24340298promoter 内 975-984 bp - 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24343315-24345554(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr02G005544 Chr02 NC_080388.1:75447848-75447857promoter 内 961-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75441220-75444817(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr04G002295 Chr04 NC_080390.1:37214657-37214666promoter 内 932-941 bp - 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37217726-37219938(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr03G003184 Chr03 NC_080389.1:49297665-49297674promoter 内 916-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49291943-49294589(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr02G001630 Chr02 NC_080388.1:30257281-30257290promoter 内 911-920 bp - 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 30260371-30268091(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr02G001973 Chr02 NC_080388.1:35707964-35707973promoter 内 906-915 bp - 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35711059-35711140(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr02G004676 Chr02 NC_080388.1:69104907-69104916promoter 内 896-905 bp - 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69108012-69110559(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG
SmilChr06G002065 Chr06 NC_080392.1:27185741-27185750promoter 内 884-893 bp + 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27178638-27182633(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTC
SmilChr07G003175 Chr07 NC_080393.1:33796068-33796077promoter 内 880-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33799189-33800533(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCA
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SmilChr05G003348 Chr05 NC_080391.1:44170915-44170924promoter 内 780-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44160363-44167703(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GAACCTACCA
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SmilChr06G002795 Chr06 NC_080392.1:40655047-40655056promoter 内 518-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40649507-40651573(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTTG