预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00000866-RA_Salv |
SmilChr04G004136 |
MYB | XP_057806072.1 |
MP00627 |
TTACCTACCG |
9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 136 / 162 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr06G000276 |
Chr06 | NC_080392.1:1919643-1919652promoter 内 1494-1503 bp |
+ | 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 1913769-1917145(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr03G003957 |
Chr03 | NC_080389.1:58604285-58604294promoter 内 1436-1445 bp |
+ | 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 58606850-58609894(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
GAACCTACCA |
SmilChr05G001278 |
Chr05 | NC_080391.1:10937235-10937244promoter 内 1405-1414 bp |
- | 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 10939831-10947231(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTC |
SmilChr06G001875 |
Chr06 | NC_080392.1:22260382-22260391promoter 内 1403-1412 bp |
+ | 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 22262980-22264310(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CAACCTACCA |
SmilChr06G000889 |
Chr06 | NC_080392.1:8417800-8417809promoter 内 1399-1408 bp |
+ | 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 8412523-8415207(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr04G002215 |
Chr04 | NC_080390.1:35836703-35836712promoter 内 1395-1404 bp |
+ | 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 35839309-35843360(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CAACCTACCA |
SmilChr04G002434 |
Chr04 | NC_080390.1:38991683-38991692promoter 内 1394-1403 bp |
+ | 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 38983845-38989085(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTC |
SmilChr01G001973 |
Chr01 | NC_080387.1:35111608-35111617promoter 内 1393-1402 bp |
- | 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 35114216-35115779(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr04G002203 |
Chr04 | NC_080390.1:35663570-35663579promoter 内 1389-1398 bp |
+ | 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 35666182-35669610(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CAACCTACCA |
SmilChr01G000207 |
Chr01 | NC_080387.1:3618067-3618076promoter 内 1348-1357 bp |
+ | 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 3611556-3615423(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr06G000806 |
Chr06 | NC_080392.1:7570803-7570812promoter 内 1338-1347 bp |
+ | 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 7565957-7568149(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr05G002955 |
Chr05 | NC_080391.1:35711125-35711134promoter 内 1334-1343 bp |
+ | 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 35705690-35708467(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr07G002166 |
Chr07 | NC_080393.1:19833317-19833326promoter 内 1320-1329 bp |
+ | 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 19827089-19830645(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr04G000466 |
Chr04 | NC_080390.1:4996082-4996091promoter 内 1313-1322 bp |
- | 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 4998770-5000404(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTC |
SmilChr01G001962 |
Chr01 | NC_080387.1:34908975-34908984promoter 内 1304-1313 bp |
- | 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 34911672-34914031(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr01G004870 |
Chr01 | NC_080387.1:66829660-66829669promoter 内 1276-1285 bp |
- | 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 66825406-66826944(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
GAACCTACCA |
SmilChr05G001007 |
Chr05 | NC_080391.1:8271330-8271339promoter 内 1260-1269 bp |
+ | 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 8274071-8277762(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CAACCTACCA |
SmilChr01G001441 |
Chr01 | NC_080387.1:28088239-28088248promoter 内 1243-1252 bp |
+ | 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 28075259-28085490(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr04G001211 |
Chr04 | NC_080390.1:18776010-18776019promoter 内 1221-1230 bp |
+ | 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 18778790-18793900(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CAACCTACCA |
SmilChr05G003179 |
Chr05 | NC_080391.1:40704269-40704278promoter 内 1213-1222 bp |
+ | 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 40699119-40701490(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr02G005347 |
Chr02 | NC_080388.1:74281030-74281039promoter 内 1193-1202 bp |
- | 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 74283838-74287538(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr01G003378 |
Chr01 | NC_080387.1:52465256-52465265promoter 内 1187-1196 bp |
+ | 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 52457879-52462451(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTC |
SmilChr05G001006 |
Chr05 | NC_080391.1:8243581-8243590promoter 内 1178-1187 bp |
+ | 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 8246404-8248998(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CAACCTACCA |
SmilChr02G000319 |
Chr02 | NC_080388.1:4002036-4002045promoter 内 1174-1183 bp |
+ | 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 4004863-4005674(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CAACCTACCA |
SmilChr02G001311 |
Chr02 | NC_080388.1:24338740-24338749promoter 内 1163-1172 bp |
- | 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 24341578-24343361(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr01G005708 |
Chr01 | NC_080387.1:73312699-73312708promoter 内 1162-1171 bp |
- | 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 73315538-73316278(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTC |
SmilChr04G002015 |
Chr04 | NC_080390.1:32680207-32680216promoter 内 1150-1159 bp |
- | 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 32676374-32677365(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CAACCTACCA |
SmilChr01G006199 |
Chr01 | NC_080387.1:77682205-77682214promoter 内 1053-1062 bp |
- | 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 77685153-77690418(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr02G003084 |
Chr02 | NC_080388.1:51744820-51744829promoter 内 989-998 bp |
- | 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 51747832-51748908(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTC |
SmilChr01G001211 |
Chr01 | NC_080387.1:24340289-24340298promoter 内 975-984 bp |
- | 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 24343315-24345554(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr02G005544 |
Chr02 | NC_080388.1:75447848-75447857promoter 内 961-970 bp |
+ | 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 75441220-75444817(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTTG |
SmilChr04G002295 |
Chr04 | NC_080390.1:37214657-37214666promoter 内 932-941 bp |
- | 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 37217726-37219938(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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Chr03 | NC_080389.1:49297665-49297674promoter 内 916-925 bp |
+ | 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 49291943-49294589(-) |
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MP00627 |
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- | 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 30260371-30268091(+) |
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MP00627 |
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- | 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 35711059-35711140(+) |
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- | 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 69108012-69110559(+) |
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+ | 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 27178638-27182633(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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+ | 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 33799189-33800533(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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- | 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 21104102-21109945(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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- | 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 42567249-42570302(+) |
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- | 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 44160363-44167703(-) |
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+ | 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 1127292-1131974(+) |
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GAACCTACCA |
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+ | 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 4082457-4083367(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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+ | 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 28232753-28234317(-) |
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TGGTAGGTTC |
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- | 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 74264302-74277639(-) |
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MP00627 |
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SmilChr06G002795 |
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MP00627 |
TGGTAGGTTG |