转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 140 / 144 下载 TSV

上一页 140 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003242 Chr02 NC_080388.1:53696127-53696139promoter 内 426-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53699702-53702986(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAATGGA
SmilChr02G002734 Chr02 NC_080388.1:47290764-47290776promoter 内 393-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47286408-47287168(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAAGTCAAAAGC
SmilChr01G003730 Chr01 NC_080387.1:55606813-55606825promoter 内 392-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55602590-55603216(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTGA
SmilChr03G000388 Chr03 NC_080389.1:4290951-4290963promoter 内 388-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4294564-4296912(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGGGTTGACTCGT
SmilChr03G000346 Chr03 NC_080389.1:3897920-3897932promoter 内 325-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3901596-3902226(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGGATTGACTTTT
SmilChr01G003825 Chr01 NC_080387.1:56582143-56582155promoter 内 308-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56585836-56587390(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTCGTTGACGTGC
SmilChr01G003681 Chr01 NC_080387.1:55211227-55211239promoter 内 291-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55214937-55217804(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACCAGTCAACACT
SmilChr03G001405 Chr03 NC_080389.1:16641801-16641813promoter 内 280-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16634872-16638092(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCATTTGACTTTG
SmilChr01G005219 Chr01 NC_080387.1:69759846-69759858promoter 内 253-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69763594-69764332(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGGAGTCAACAGA
SmilChr01G004220 Chr01 NC_080387.1:60575001-60575013promoter 内 250-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60578752-60580941(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CATGTTGACTTGA
SmilChr04G000875 Chr04 NC_080390.1:11107566-11107578promoter 内 238-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11111329-11115198(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAATGTCAACGAA
SmilChr03G001284 Chr03 NC_080389.1:15023523-15023535promoter 内 211-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15017006-15019745(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGAAGTCAAGGAC
SmilChr02G000377 Chr02 NC_080388.1:4755084-4755096promoter 内 149-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4758936-4763213(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAGTTGACTGTG
SmilChr04G000727 Chr04 NC_080390.1:8528840-8528852promoter 内 144-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8532697-8533659(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAGCCC
SmilChr03G001740 Chr03 NC_080389.1:23496550-23496562promoter 内 124-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23490541-23492685(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTAAGTCAACTGT
SmilChr04G000255 Chr04 NC_080390.1:2326201-2326213promoter 内 119-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2316991-2322331(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCATTTGACTTTG
SmilChr03G001802 Chr03 NC_080389.1:24619399-24619411promoter 内 93-105 bp + 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24614628-24615503(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGGGTTGACTCGT
SmilChr01G005567 Chr01 NC_080387.1:72464661-72464673promoter 内 71-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72458824-72460743(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAACCA
SmilChr03G000492 Chr03 NC_080389.1:5276209-5276221promoter 内 68-80 bp - 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5270820-5272288(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAAGTCAAAAGC
SmilChr04G000971 Chr04 NC_080390.1:13031756-13031768promoter 内 64-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13035693-13038508(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAAAGTT
SmilChr01G006186 Chr01 NC_080387.1:77410185-77410197promoter 内 14-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 77401606-77406210(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GATGTTGACTAAG
SmilChr02G005521 Chr02 NC_080388.1:75306605-75306617promoter 内 3490-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 75302402-75306106(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAGTTGACTTGC
SmilChr03G001191 Chr03 NC_080389.1:13714687-13714699promoter 内 2404-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 13707541-13713102(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGTGTTGACTGGT
SmilChr02G005529 Chr02 NC_080388.1:75358587-75358599promoter 内 1593-1605 bp + 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 75354839-75356191(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAGTTGACTTGC
SmilChr03G001181 Chr03 NC_080389.1:13560532-13560544promoter 内 3988-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13557593-13560531(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCGAGTCAACCCC
SmilChr03G001528 Chr03 NC_080389.1:19043003-19043015promoter 内 3942-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19040345-19042956(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCATTGACTTAC
SmilChr01G000386 Chr01 NC_080387.1:7969384-7969396promoter 内 3928-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7966289-7969323(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAATGCA
SmilChr03G003735 Chr03 NC_080389.1:56382117-56382129promoter 内 3926-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56380865-56382054(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTAGTTGACTTCA
SmilChr02G000541 Chr02 NC_080388.1:7452892-7452904promoter 内 3922-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7452971-7461152(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAATGAA
SmilChr03G000639 Chr03 NC_080389.1:7036036-7036048promoter 内 3922-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7032952-7035969(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTTTTTGACTTTC
SmilChr03G003356 Chr03 NC_080389.1:51886289-51886301promoter 内 3918-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51886372-51889616(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAGTTGACTACC
SmilChr02G000529 Chr02 NC_080388.1:7289940-7289952promoter 内 3910-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7290031-7295241(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAATGAA
SmilChr03G003974 Chr03 NC_080389.1:58766839-58766851promoter 内 3903-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58766937-58772361(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCCAGTCAACTGC
SmilChr01G003347 Chr01 NC_080387.1:52232599-52232611promoter 内 3894-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52232706-52233291(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TACTTTGACTTGA
SmilChr03G001481 Chr03 NC_080389.1:17862820-17862832promoter 内 3890-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17859817-17862721(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTTTTTGACTTTC
SmilChr03G000620 Chr03 NC_080389.1:6824296-6824308promoter 内 3885-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6824412-6832511(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCGAGTCAACCCC
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