转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 141 / 142 下载 TSV

上一页 141 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G004294 Chr03 NC_080389.1:61343460-61343474promoter 内 348-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61347113-61350884(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCGAGGTAGGTATC
SmilChr06G000100 Chr06 NC_080392.1:708441-708455promoter 内 327-341 bp - 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 712115-714846(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATGAGGTAGGTATT
SmilChr02G002060 Chr02 NC_080388.1:37082236-37082250promoter 内 251-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37085986-37092133(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGTTGTAGGTGGA
SmilChr02G001143 Chr02 NC_080388.1:20728441-20728455promoter 内 242-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20718475-20724696(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCTAGGTAGGTGTC
SmilChr08G000364 Chr08 NC_080394.1:2507587-2507601promoter 内 214-228 bp - 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2511374-2512397(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATCTGGTAGGTATC
SmilChr06G001384 Chr06 NC_080392.1:14480741-14480755promoter 内 209-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14484533-14486678(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTTGAGTAGGTGGA
SmilChr06G001327 Chr06 NC_080392.1:13777531-13777545promoter 内 184-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13781348-13786358(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAAGGTAGGTATT
SmilChr03G002518 Chr03 NC_080389.1:40116177-40116191promoter 内 93-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40120085-40122266(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCAAGG
SmilChr04G001916 Chr04 NC_080390.1:31243031-31243045promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31246982-31250422(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACAGTATTAGGTGGA
SmilChr03G003650 Chr03 NC_080389.1:55269316-55269330promoter 内 34-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55262581-55265363(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTTGAGTAGGTGGA
SmilChr03G001579 Chr03 NC_080389.1:19951073-19951087promoter 内 30-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19955044-19956198(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTTGGGCAGGTGGA
SmilChr08G002244 Chr08 NC_080394.1:20605385-20605399promoter 内 28-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20596142-20601426(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGGTGGTAGGAGCG
SmilChr08G003665 Chr08 NC_080394.1:40466041-40466055promoter 内 27-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40461249-40462081(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGTGGGTAGGTACT
SmilChr08G004840 Chr08 NC_080394.1:57672669-57672683promoter 内 25-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57676645-57679415(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCAAATT
SmilChr03G002776 Chr03 NC_080389.1:44173671-44173685promoter 内 3984-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44165206-44173668(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTAAGTA
SmilChr05G001417 Chr05 NC_080391.1:12803912-12803926promoter 内 3969-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 12801274-12803894(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGTGGTAGTTAAT
SmilChr03G002474 Chr03 NC_080389.1:39200938-39200952promoter 内 3935-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 39195515-39200886(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCCACTACCACCAC
SmilChr04G000050 Chr04 NC_080390.1:447651-447665promoter 内 3795-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 447156-447459(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCAGAAGTAGGTGAA
SmilChr04G002441 Chr04 NC_080390.1:39098665-39098679promoter 内 3670-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 39096952-39098348(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTTTCTT
SmilChr02G002939 Chr02 NC_080388.1:49889495-49889509promoter 内 3597-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49889899-49891399(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGAGTTGTAGGTGGA
SmilChr01G004916 Chr01 NC_080387.1:67195517-67195531promoter 内 3586-3600 bp + 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 67193509-67195116(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAGGAGTAGGTGTG
SmilChr01G002922 Chr01 NC_080387.1:48003055-48003069promoter 内 3573-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 48001735-48002641(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCCTTGT
SmilChr02G000296 Chr02 NC_080388.1:3751407-3751421promoter 内 3448-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3750134-3750868(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAAGTAGGTGTC
SmilChr03G003671 Chr03 NC_080389.1:55555465-55555479promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55547875-55554803(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTAGTGGGA
SmilChr07G000554 Chr07 NC_080393.1:3817558-3817572promoter 内 3003-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3813308-3816574(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACAAACGG
SmilChr07G002235 Chr07 NC_080393.1:20546604-20546618promoter 内 2918-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20545463-20545535(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATAGAGTAGGTGGA
SmilChr08G000008 Chr08 NC_080394.1:94529-94543promoter 内 2860-2874 bp + 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 95670-97456(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCTACTA
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13074827-13074841promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 13071779-13073682(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGGATTAGGTGGA
SmilChr04G001681 Chr04 NC_080390.1:27829570-27829584promoter 内 2677-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27830894-27831947(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTCTTGC
SmilChr04G003502 Chr04 NC_080390.1:51424144-51424158promoter 内 2661-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51421059-51422818(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAAAGGTAGGTACC
SmilChr01G004797 Chr01 NC_080387.1:66194589-66194603promoter 内 2643-2657 bp - 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 66195947-66196019(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTGAATTAGGTGGG
SmilChr02G002186 Chr02 NC_080388.1:39061681-39061695promoter 内 2607-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 39063075-39063960(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCCTTGT
SmilChr07G002276 Chr07 NC_080393.1:20990413-20990427promoter 内 2596-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20991818-20994832(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCCAAGTAGGTGTG
SmilChr08G002442 Chr08 NC_080394.1:23246058-23246072promoter 内 2575-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23244575-23244646(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGCAGCAGGTGGA
SmilChr05G003558 Chr05 NC_080391.1:47508863-47508877promoter 内 2524-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47504502-47507400(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACATCCGC
SmilChr05G002247 Chr05 NC_080391.1:24147331-24147345promoter 内 2505-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24144159-24145849(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTTGAG
SmilChr01G000968 Chr01 NC_080387.1:20519851-20519865promoter 内 2453-2467 bp + 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20515673-20518317(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTGGGCAGGTGGA
SmilChr04G000857 Chr04 NC_080390.1:10884470-10884484promoter 内 2453-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10880055-10882936(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAATGCCAA
SmilChr04G003312 Chr04 NC_080390.1:49844704-49844718promoter 内 2373-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49842026-49843090(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCAACAGTAGGTGAG
SmilChr04G001631 Chr04 NC_080390.1:27056830-27056844promoter 内 2365-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27053956-27055208(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCCACTT
SmilChr07G000604 Chr07 NC_080393.1:4129308-4129322promoter 内 2186-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4125019-4127507(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACACTACC
SmilChr02G003841 Chr02 NC_080388.1:60133634-60133648promoter 内 2163-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 60135472-60136046(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTGATG
SmilChr06G001021 Chr06 NC_080392.1:10121914-10121928promoter 内 2136-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10119017-10120063(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACTGCTAT
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15070002-15070016promoter 内 2083-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 15071920-15075086(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACGTTAGGTGGT
SmilChr02G003239 Chr02 NC_080388.1:53661475-53661489promoter 内 2034-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 53663442-53668441(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGGTGGTAGTGGGA
SmilChr01G004481 Chr01 NC_080387.1:62915882-62915896promoter 内 1990-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 62910499-62913885(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCGGAGTAGGTGCC
SmilChr01G003164 Chr01 NC_080387.1:50453167-50453181promoter 内 1963-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50449264-50451143(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGTGAGTAGGTGGT
SmilChr02G003197 Chr02 NC_080388.1:53132624-53132638promoter 内 1872-1886 bp - 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 53134753-53138329(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGATGGGTAGGTAAT
SmilChr03G004417 Chr03 NC_080389.1:62331849-62331863promoter 内 1792-1806 bp + 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 62334058-62335778(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTAGATT
SmilChr03G003887 Chr03 NC_080389.1:57956255-57956269promoter 内 1608-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57952358-57953876(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACGTTAGGTGGT