转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 143 / 147 下载 TSV

上一页 143 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16480885-16480899promoter 内 3210-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16481676-16483898(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGCAAAGTTAGGGCA
SmilChr03G002364 Chr03 NC_080389.1:37276572-37276586promoter 内 3169-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37274302-37275754(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGAGAAGTTAGGGCT
SmilChr03G001797 Chr03 NC_080389.1:24589676-24589690promoter 内 3143-3157 bp - 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24590534-24591657(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACAGCTAT
SmilChr03G001555 Chr03 NC_080389.1:19619157-19619171promoter 内 3133-3147 bp + 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19620025-19622912(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGGGAGTTAGGGAT
SmilChr01G002523 Chr01 NC_080387.1:43195626-43195640promoter 内 3113-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43196514-43200220(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGATAGTTAGGAAG
SmilChr03G001175 Chr03 NC_080389.1:13507417-13507431promoter 内 3109-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13505637-13506539(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGCTCGTTAGGTGT
SmilChr03G003547 Chr03 NC_080389.1:54103132-54103146promoter 内 3032-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54104101-54106399(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAACCCCAT
SmilChr03G004022 Chr03 NC_080389.1:59191461-59191475promoter 内 3001-3015 bp + 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59192461-59197626(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGAAAAGTTAGGATA
SmilChr02G003749 Chr02 NC_080388.1:59143083-59143097promoter 内 2993-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59140148-59142089(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GATTTGTTTAGGTAG
SmilChr02G004131 Chr02 NC_080388.1:63568406-63568420promoter 内 2937-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63564095-63567356(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATAATTA
SmilChr01G001486 Chr01 NC_080387.1:28649883-28649897promoter 内 2926-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28647329-28648822(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTTCCTAACTTACGC
SmilChr02G004130 Chr02 NC_080388.1:63561552-63561566promoter 内 2890-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63558436-63560455(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATTATTTAGGTAC
SmilChr02G004132 Chr02 NC_080388.1:63568406-63568420promoter 内 2875-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63569532-63571536(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATTATTTAGGTAC
SmilChr02G001439 Chr02 NC_080388.1:27081719-27081733promoter 内 2850-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27075764-27080582(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAGATGGCC
SmilChr01G000273 Chr01 NC_080387.1:5441903-5441917promoter 内 2846-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5443058-5444817(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGAGGCGTTAGGTTT
SmilChr03G000081 Chr03 NC_080389.1:967501-967515promoter 内 2840-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 965337-966354(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CATCCTAACTTATCT
SmilChr01G000451 Chr01 NC_080387.1:9187823-9187837promoter 内 2818-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9189006-9190472(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACACAAAA
SmilChr01G004166 Chr01 NC_080387.1:60163298-60163312promoter 内 2780-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60157280-60162091(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAGTCACCA
SmilChr03G000082 Chr03 NC_080389.1:965428-965442promoter 内 2731-2745 bp - 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 966698-968401(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CATCCTAACTTATCT
SmilChr03G002049 Chr03 NC_080389.1:31022374-31022388promoter 内 2731-2745 bp - 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31023644-31030584(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACAGGAGT
SmilChr03G001679 Chr03 NC_080389.1:22033224-22033238promoter 内 2712-2726 bp - 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22034513-22036165(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCTCCTAACTTTAGT
SmilChr03G001791 Chr03 NC_080389.1:24445970-24445984promoter 内 2612-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24447359-24450249(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATGGTTTT
SmilChr02G001573 Chr02 NC_080388.1:29165718-29165732promoter 内 2609-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29162480-29164340(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATAATTA
SmilChr04G001347 Chr04 NC_080390.1:21834574-21834588promoter 内 2570-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21829499-21833157(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATCTAATTTAGGTAT
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73882389-73882403promoter 内 2509-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73883881-73885272(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAATAGTTAGGAGC
SmilChr03G002108 Chr03 NC_080389.1:32804013-32804027promoter 内 2484-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32799689-32802510(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGCTCAATTAGGTAG
SmilChr02G003667 Chr02 NC_080388.1:58057444-58057458promoter 内 2468-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58058977-58066952(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAAATTTAC
SmilChr01G003116 Chr01 NC_080387.1:49963957-49963971promoter 内 2420-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49959887-49962390(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTCCTAACTTTTTT
SmilChr01G002681 Chr01 NC_080387.1:45029270-45029284promoter 内 2414-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45025964-45027697(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAGCTTGAG
SmilChr01G003933 Chr01 NC_080387.1:57624853-57624867promoter 内 2340-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57626514-57635669(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAGAAACAT
SmilChr04G001584 Chr04 NC_080390.1:26331520-26331534promoter 内 2306-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26328461-26329839(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTTCCTAACTATTAC
SmilChr04G001583 Chr04 NC_080390.1:26321610-26321624promoter 内 2305-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26318550-26319928(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTTCCTAACTATTAC
SmilChr03G003970 Chr03 NC_080389.1:58742744-58742758promoter 内 2302-2316 bp + 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58738563-58741059(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCTCCTAACTTCTTT
SmilChr02G001953 Chr02 NC_080388.1:35246288-35246302promoter 内 2218-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35248071-35250239(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACAGTAGG
SmilChr04G000291 Chr04 NC_080390.1:2720617-2720631promoter 内 2160-2174 bp + 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2716039-2718790(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATCCCATG
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