转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 152 / 157 下载 TSV

上一页 152 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr05G003947 Chr05 NC_080391.1:53234634-53234648promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53230943-53232949(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTTATTTAGGTATA
SmilChr02G001076 Chr02 NC_080388.1:19252875-19252889promoter 内 2294-2308 bp + 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19254582-19260044(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TACTAATTAGGTTTA
SmilChr01G001063 Chr01 NC_080387.1:21994980-21994994promoter 内 2292-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21996689-22001360(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTAACCTAATTCATC
SmilChr05G003712 Chr05 NC_080391.1:50237940-50237954promoter 内 2258-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50239683-50241296(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATATTTTAGGTATT
SmilChr04G000792 Chr04 NC_080390.1:9790443-9790457promoter 内 2256-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9792188-9795654(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGAACCTAATTATAA
SmilChr05G003949 Chr05 NC_080391.1:53234634-53234648promoter 内 2203-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53236432-53239415(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATAACA
SmilChr05G002432 Chr05 NC_080391.1:26815345-26815359promoter 内 2193-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26817153-26822829(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATTTTTTAGGTAAA
SmilChr03G004538 Chr03 NC_080389.1:63409701-63409715promoter 内 2158-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63403026-63407872(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATCACGT
SmilChr02G003811 Chr02 NC_080388.1:59737985-59737999promoter 内 2078-2092 bp - 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59735596-59736076(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAGGTATTAGGTCAC
SmilChr02G000878 Chr02 NC_080388.1:15117979-15117993promoter 内 2056-2070 bp + 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15104295-15116048(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAGGCCTAATTTAAC
SmilChr04G002223 Chr04 NC_080390.1:35923440-35923454promoter 内 2049-2063 bp + 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35919337-35921502(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATAACCTAATAATCT
SmilChr05G002135 Chr05 NC_080391.1:22453488-22453502promoter 内 2045-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22448877-22451546(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GCAGAATTAGGTTAA
SmilChr01G005369 Chr01 NC_080387.1:70915496-70915510promoter 内 2024-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70908005-70913533(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTACCTAAAAAATG
SmilChr05G002806 Chr05 NC_080391.1:32858460-32858474promoter 内 2014-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32854115-32856487(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAAAAATTTGGTGGA
SmilChr01G000515 Chr01 NC_080387.1:10579907-10579921promoter 内 2009-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10581899-10588912(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTAACCTAATTCTGC
SmilChr01G000526 Chr01 NC_080387.1:10729432-10729446promoter 内 2005-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10710245-10727450(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTAAATTAGGTTTT
SmilChr05G002431 Chr05 NC_080391.1:26815345-26815359promoter 内 1916-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26812552-26813274(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTACCTAAAAAATG
SmilChr05G003236 Chr05 NC_080391.1:41574110-41574124promoter 内 1896-1910 bp - 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41576215-41578668(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGTGCCTAATTTGTG
SmilChr01G000900 Chr01 NC_080387.1:19060866-19060880promoter 内 1860-1874 bp + 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19063007-19063716(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCATTTTTAGGTAAA
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8258332-8258346promoter 内 1812-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8260521-8264195(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GCAACCTAATAATTA
SmilChr01G005113 Chr01 NC_080387.1:68901369-68901383promoter 内 1733-1747 bp - 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68903637-68905770(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATAACA
SmilChr03G000491 Chr03 NC_080389.1:5261048-5261062promoter 内 1709-1723 bp - 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5263340-5269150(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATACCTAACCAATA
SmilChr05G002807 Chr05 NC_080391.1:32858460-32858474promoter 内 1702-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32860759-32862901(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCCACCAAATTTTTT
SmilChr01G002308 Chr01 NC_080387.1:40011982-40011996promoter 内 1695-1709 bp + 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40014288-40021864(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGATAATTAGGCCAC
SmilChr06G000011 Chr06 NC_080392.1:196600-196614promoter 内 1633-1647 bp + 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 198968-211177(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GAAAAGTCAGGTAAA
SmilChr02G003378 Chr02 NC_080388.1:54916746-54916760promoter 内 1480-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54912890-54914239(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTTATTTAGGTATA
SmilChr04G001576 Chr04 NC_080390.1:26185960-26185974promoter 内 1459-1473 bp - 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26181239-26183432(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAATTATTAGGTTGC
SmilChr05G000786 Chr05 NC_080391.1:6143656-6143670promoter 内 1447-1461 bp - 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6140027-6141116(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTTGTGTTAGGTATA
SmilChr01G004324 Chr01 NC_080387.1:61400021-61400035promoter 内 1437-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61402585-61404376(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTTTATTAGGTGAT
SmilChr02G002989 Chr02 NC_080388.1:50560882-50560896promoter 内 1435-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50553903-50558330(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCAAAATTAGGCGCG
SmilChr01G001762 Chr01 NC_080387.1:32368865-32368879promoter 内 1422-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32371444-32381250(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAACCTAATTAAAA
SmilChr04G002669 Chr04 NC_080390.1:42077246-42077260promoter 内 1355-1369 bp + 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42070498-42074614(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GCTACCTAATCATAC
SmilChr01G001064 Chr01 NC_080387.1:21994980-21994994promoter 内 1305-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21997676-21998775(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTAACCTAATTCATC
SmilChr02G003614 Chr02 NC_080388.1:57381362-57381376promoter 内 1296-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57373768-57378671(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGTTAATTAGGTTCC
SmilChr01G005111 Chr01 NC_080387.1:68901369-68901383promoter 内 1252-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68897613-68898634(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTTATTTAGGTATA
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