转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 156 / 164 下载 TSV

上一页 156 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G000169 Chr03 NC_080389.1:1864417-1864431promoter 内 3519-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1864899-1867457(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGGCGGTAGGTGTT
SmilChr02G003258 Chr02 NC_080388.1:53883622-53883636promoter 内 3495-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53884128-53887403(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCTGGAT
SmilChr08G000513 Chr08 NC_080394.1:3737947-3737961promoter 内 3423-3437 bp - 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3738525-3738995(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATAAAAT
SmilChr07G001808 Chr07 NC_080393.1:15475752-15475766promoter 内 3413-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15473538-15475178(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAACTACCAATTA
SmilChr07G000352 Chr07 NC_080393.1:2416859-2416873promoter 内 3411-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2411595-2416283(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTTTTAA
SmilChr03G003448 Chr03 NC_080389.1:52847369-52847383promoter 内 3399-3413 bp + 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52832691-52846781(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATAAAAT
SmilChr03G004472 Chr03 NC_080389.1:62820947-62820961promoter 内 3389-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62821559-62829024(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATAAAAT
SmilChr02G004569 Chr02 NC_080388.1:68206966-68206980promoter 内 3380-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68201051-68206359(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTTGTTTGA
SmilChr04G000152 Chr04 NC_080390.1:1329039-1329053promoter 内 3370-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1327590-1328422(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATAAAAT
SmilChr05G000495 Chr05 NC_080391.1:3864937-3864951promoter 内 3349-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3865589-3866029(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAATAGTAGGTGCC
SmilChr05G000153 Chr05 NC_080391.1:1247823-1247837promoter 内 3314-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1242503-1247150(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCATTGGTAGTTGGT
SmilChr01G002061 Chr01 NC_080387.1:36450942-36450956promoter 内 3303-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36447473-36450258(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGCCGGTAGGTGCC
SmilChr06G000358 Chr06 NC_080392.1:2736183-2736197promoter 内 3282-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2736902-2738324(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCCTGGTAGGTCGG
SmilChr01G003340 Chr01 NC_080387.1:52177008-52177022promoter 内 3265-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52175624-52176286(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATAAAAT
SmilChr07G002107 Chr07 NC_080393.1:19195237-19195251promoter 内 3207-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19196031-19197938(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAAGGTAGGTATA
SmilChr07G003304 Chr07 NC_080393.1:35049331-35049345promoter 内 3198-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35046134-35048542(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTTTTAA
SmilChr05G000443 Chr05 NC_080391.1:3363496-3363510promoter 内 3180-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3359226-3362689(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTGGGTAGGTATC
SmilChr03G001923 Chr03 NC_080389.1:26997068-26997082promoter 内 3179-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26997890-27000023(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTGCTAG
SmilChr06G000333 Chr06 NC_080392.1:2491840-2491854promoter 内 3134-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2487023-2490987(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATATTTA
SmilChr04G003651 Chr04 NC_080390.1:53002241-53002255promoter 内 3126-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53003116-53005290(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTGATTAGGTGAA
SmilChr07G001475 Chr07 NC_080393.1:11597605-11597619promoter 内 3120-3134 bp - 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11595349-11596738(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTTGGTTGTTGCA
SmilChr08G000851 Chr08 NC_080394.1:6305655-6305669promoter 内 3002-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6306654-6310947(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAACCTACCCCTAA
SmilChr01G005354 Chr01 NC_080387.1:70777109-70777123promoter 内 2927-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70772397-70776049(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAATTGGTAGTTGAT
SmilChr02G002924 Chr02 NC_080388.1:49644024-49644038promoter 内 2921-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49645104-49649297(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTTCCTACCACCCA
SmilChr02G001678 Chr02 NC_080388.1:31014686-31014700promoter 内 2919-2933 bp - 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31015768-31017540(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACTTTGCA
SmilChr04G003022 Chr04 NC_080390.1:46643817-46643831promoter 内 2915-2929 bp - 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46644903-46645413(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATAAAAT
SmilChr01G002689 Chr01 NC_080387.1:45127027-45127041promoter 内 2913-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45128115-45129904(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACTTAATT
SmilChr06G001025 Chr06 NC_080392.1:10176157-10176171promoter 内 2913-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10172171-10175083(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGGTGGTAGGTCCA
SmilChr01G004796 Chr01 NC_080387.1:66189510-66189524promoter 内 2912-2926 bp + 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66186585-66188435(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATAAAAT
SmilChr02G005138 Chr02 NC_080388.1:72816816-72816830promoter 内 2892-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72811791-72815721(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAATATTAGGTGAG
SmilChr02G001756 Chr02 NC_080388.1:32308376-32308390promoter 内 2889-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32306425-32307278(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTTATTAGGTGAA
SmilChr05G003169 Chr05 NC_080391.1:40500620-40500634promoter 内 2860-2874 bp + 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40498468-40499493(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACTCCCTC
SmilChr03G004711 Chr03 NC_080389.1:64368596-64368610promoter 内 2846-2860 bp - 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64364613-64367455(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTTATTAGGTGAA
SmilChr01G002616 Chr01 NC_080387.1:44437323-44437337promoter 内 2836-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44438488-44441195(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAACCTACCTATAA
SmilChr03G000755 Chr03 NC_080389.1:8637473-8637487promoter 内 2799-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8638675-8640067(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAACCTACCAGATC
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