转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 158 / 167 下载 TSV

上一页 158 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G003012 Chr06 NC_080392.1:42992053-42992073promoter 内 382-402 bp + 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42995672-42999285(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATAAGATAAAAAATAG
SmilChr02G001782 Chr02 NC_080388.1:32611362-32611382promoter 内 376-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32606308-32607757(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAATATTATCCAATATTAG
SmilChr07G003477 Chr07 NC_080393.1:39029484-39029504promoter 内 353-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39021199-39025856(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACAGCCTTATCCAAAAGGAA
SmilChr08G000792 Chr08 NC_080394.1:5830448-5830468promoter 内 338-358 bp + 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5834111-5836701(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCCATATAGATAAGGTTGAG
SmilChr03G000426 Chr03 NC_080389.1:4651938-4651958promoter 内 324-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4646667-4648281(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGAAATTGGAGAAGCGTGGA
SmilChr08G001958 Chr08 NC_080394.1:17250411-17250431promoter 内 322-342 bp - 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17245213-17246752(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTGGTTTGGATAATGAGATA
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12237668-12237688promoter 内 280-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12241389-12243025(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGAAATTGGAGAAGCGTGGA
SmilChr04G004079 Chr04 NC_080390.1:55858382-55858402promoter 内 265-285 bp + 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55848981-55854666(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTGTTTTATCCAAATATTT
SmilChr02G003428 Chr02 NC_080388.1:55514391-55514411promoter 内 263-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55508429-55510673(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATCTCATTATCCAAACCAAA
SmilChr03G001051 Chr03 NC_080389.1:12237668-12237688promoter 内 226-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12233248-12233913(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCACGCTTCTCCAATTTCGA
SmilChr05G003445 Chr05 NC_080391.1:45824829-45824849promoter 内 218-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45819191-45821066(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCCTCCTTATCCCCATCCTT
SmilChr04G001931 Chr04 NC_080390.1:31406139-31406159promoter 内 171-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31409969-31411453(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATATACTGGATAACCATCTT
SmilChr06G003256 Chr06 NC_080392.1:45230615-45230635promoter 内 162-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45221376-45226796(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGTATTTGGATAATTAAGCT
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:514275-514295promoter 内 138-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 504684-510432(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTCTTTTTATCCATAGCCCG
SmilChr01G004926 Chr01 NC_080387.1:67339424-67339444promoter 内 137-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67332558-67335580(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATCTCATTATCCAAACCAAA
SmilChr02G001916 Chr02 NC_080388.1:34495531-34495551promoter 内 133-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34487721-34491683(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCGAAATTGGATATGAGTAAG
SmilChr01G003148 Chr01 NC_080387.1:50287744-50287764promoter 内 132-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50291613-50292790(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCGTGTTTGGATAAAATAGAT
SmilChr03G001374 Chr03 NC_080389.1:16203083-16203103promoter 内 127-147 bp - 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16196523-16199229(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTGGTTTGGATAATGAGATA
SmilChr02G000422 Chr02 NC_080388.1:5415880-5415900promoter 内 109-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5410858-5412008(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TACTTCATTATCCAAGCTGTT
SmilChr06G000368 Chr06 NC_080392.1:2853142-2853162promoter 内 89-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2846631-2849250(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTGCCTTATCCACTCACAA
SmilChr03G004605 Chr03 NC_080389.1:63816162-63816182promoter 内 77-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63811265-63812258(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTCATCTGGATAAGTATAAA
SmilChr01G001324 Chr01 NC_080387.1:26299138-26299158promoter 内 71-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26303068-26311748(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATACACCTTATCCTCGCCTTA
SmilChr06G000899 Chr06 NC_080392.1:8484671-8484691promoter 内 56-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8488616-8489611(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAAACCTTATCTTTTCCAAA
SmilChr02G001254 Chr02 NC_080388.1:23026651-23026671promoter 内 39-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23030613-23031678(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTTAAATTATCTAATTTTTG
SmilChr02G003059 Chr02 NC_080388.1:51373160-51373180promoter 内 31-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51377130-51377952(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATATTTGGATAAATATTCT
SmilChr06G002327 Chr06 NC_080392.1:33670125-33670145promoter 内 3033-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 33662077-33669177(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATCACCTTATCTATATTTCA
SmilChr07G003423 Chr07 NC_080393.1:37430714-37430734promoter 内 1553-1573 bp - 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 37427042-37428286(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTATGAGTGGATAAGACAGAT
SmilChr05G000849 Chr05 NC_080391.1:6698918-6698938promoter 内 1458-1478 bp - 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 6693085-6696395(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAGAAATGGATAAGTACATT
SmilChr05G001740 Chr05 NC_080391.1:16824091-16824111promoter 内 3979-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16815950-16824089(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCCCCTTTATCCATTAAAAT
SmilChr03G002766 Chr03 NC_080389.1:43999321-43999341promoter 内 3958-3978 bp - 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43999364-44002933(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTTATTTATCCATATTCTC
SmilChr03G003800 Chr03 NC_080389.1:57076473-57076493promoter 内 3950-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57060998-57076442(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTTGACTTATCCTGTCTGTA
SmilChr03G003790 Chr03 NC_080389.1:57002339-57002359promoter 内 3944-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56993332-57002302(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTTGACTTATCCTGTCTGTA
SmilChr05G002442 Chr05 NC_080391.1:26908887-26908907promoter 内 3934-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26908954-26911660(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTAATTTATCCAATCCCGA
SmilChr08G001013 Chr08 NC_080394.1:7603225-7603245promoter 内 3911-3931 bp - 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7603315-8010990(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCACCTTATCTATTAGTGT
SmilChr02G004944 Chr02 NC_080388.1:71400661-71400681promoter 内 3899-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71396097-71400579(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGCCTTTGGATAAAGATAAA
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