转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 158 / 167 下载 TSV

上一页 158 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G000869 Chr02 NC_080388.1:14924404-14924415promoter 内 9-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14928396-14936575(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCGCA
SmilChr03G000065 Chr03 NC_080389.1:725532-725543promoter 内 2-13 bp + 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 729531-824790(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCTCA
SmilChr03G003761 Chr03 NC_080389.1:56748934-56748945promoter 内 2553-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 56743824-56747497(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCAGACGCCACG
SmilChr06G002150 Chr06 NC_080392.1:29224028-29224039promoter 内 1513-1524 bp - 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 29226516-29228007(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr05G003252 Chr05 NC_080391.1:41919602-41919613promoter 内 1096-1107 bp + 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 41914380-41916708(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr04G002069 Chr04 NC_080390.1:33445772-33445783promoter 内 3852-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33445921-33446564(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGGGACGCCACC
SmilChr03G003752 Chr03 NC_080389.1:56598148-56598159promoter 内 3819-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56595578-56597977(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr07G004391 Chr07 NC_080393.1:56495769-56495780promoter 内 3715-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56496055-56498346(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr02G001027 Chr02 NC_080388.1:18191443-18191454promoter 内 3642-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18190439-18191095(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr08G001820 Chr08 NC_080394.1:15501888-15501899promoter 内 3620-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15502269-15504964(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCCGCA
SmilChr06G002859 Chr06 NC_080392.1:41398306-41398317promoter 内 3534-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41394301-41397850(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGGGACGCCACA
SmilChr01G001355 Chr01 NC_080387.1:26813679-26813690promoter 内 3505-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26811190-26813194(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr07G003470 Chr07 NC_080393.1:38830354-38830365promoter 内 3435-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38829228-38829799(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCCGCA
SmilChr04G001023 Chr04 NC_080390.1:14324242-14324253promoter 内 3432-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14322634-14323684(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr04G004056 Chr04 NC_080390.1:55717150-55717161promoter 内 3350-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55714560-55716510(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCAGACGCCACG
SmilChr06G000653 Chr06 NC_080392.1:5756849-5756860promoter 内 3337-3348 bp - 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5757513-5758815(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr03G003287 Chr03 NC_080389.1:50977469-50977480promoter 内 3280-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50976250-50976759(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr05G001332 Chr05 NC_080391.1:11613776-11613787promoter 内 3114-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11610197-11612900(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCCGCA
SmilChr03G003288 Chr03 NC_080389.1:50982850-50982861promoter 内 3105-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50980166-50981965(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr04G003566 Chr04 NC_080390.1:52029803-52029814promoter 内 3101-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52024493-52028914(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTCCTG
SmilChr05G000935 Chr05 NC_080391.1:7497727-7497738promoter 内 3095-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7495422-7496832(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTCCTG
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73330607-73330618promoter 内 3030-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 73331578-73334536(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCAGACGCCACC
SmilChr04G000338 Chr04 NC_080390.1:3118207-3118218promoter 内 3025-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3119183-3123775(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGAGACGCCACC
SmilChr01G003563 Chr01 NC_080387.1:54227681-54227692promoter 内 3010-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54224244-54226701(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAGGACGCCACC
SmilChr01G001231 Chr01 NC_080387.1:24729832-24729843promoter 内 2945-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24727627-24728787(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr01G000707 Chr01 NC_080387.1:15846223-15846234promoter 内 2937-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15847287-15848716(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr03G000654 Chr03 NC_080389.1:7260125-7260136promoter 内 2893-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7261233-7262247(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTCTGA
SmilChr05G004271 Chr05 NC_080391.1:56496356-56496367promoter 内 2805-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56489491-56495171(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr02G001473 Chr02 NC_080388.1:27507471-27507482promoter 内 2786-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27504803-27506267(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr02G000113 Chr02 NC_080388.1:1430703-1430714promoter 内 2751-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1427366-1429464(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCCGCA
SmilChr04G002488 Chr04 NC_080390.1:39741440-39741451promoter 内 2746-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39742695-39744325(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTCCGA
SmilChr08G000672 Chr08 NC_080394.1:4990127-4990138promoter 内 2599-2610 bp + 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4984837-4988736(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTCCCA
SmilChr05G001345 Chr05 NC_080391.1:11886266-11886277promoter 内 2527-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11881977-11884803(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCGGCGTGTTA
SmilChr08G000064 Chr08 NC_080394.1:371988-371999promoter 内 2527-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 368394-370525(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAAGACGCCACG
SmilChr02G003159 Chr02 NC_080388.1:52634442-52634453promoter 内 2521-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52635922-52637445(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTCCTG
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