转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB SmilChr02G003833.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 159 / 160 下载 TSV

上一页 159 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr05G002974 Chr05 NC_080391.1:36207411-36207421promoter 内 3163-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36202948-36206583(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr04G001807 Chr04 NC_080390.1:29559619-29559629promoter 内 3021-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29555573-29558649(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr03G000788 Chr03 NC_080389.1:8977754-8977764promoter 内 2998-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8978757-8979959(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr05G000152 Chr05 NC_080391.1:1230622-1230632promoter 内 2991-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1228255-1229622(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr03G003230 Chr03 NC_080389.1:50021683-50021693promoter 内 2844-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50022840-50025478(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr01G002745 Chr01 NC_080387.1:45778518-45778528promoter 内 2701-2711 bp + 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45769517-45777228(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr02G001162 Chr02 NC_080388.1:21210137-21210147promoter 内 2667-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21211471-21212307(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr05G001477 Chr05 NC_080391.1:13551385-13551395promoter 内 2614-2624 bp - 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 13540999-13550008(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr04G000680 Chr04 NC_080390.1:7846635-7846645promoter 内 2578-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7848058-7850724(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr08G001592 Chr08 NC_080394.1:13168051-13168061promoter 内 2572-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 13169480-13171852(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr01G004269 Chr01 NC_080387.1:60939084-60939094promoter 内 2539-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60940546-60943600(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACCTACGGTTT
SmilChr08G002489 Chr08 NC_080394.1:23797865-23797875promoter 内 2369-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23799497-23800529(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACCTACGGTTT
SmilChr01G001559 Chr01 NC_080387.1:29620846-29620856promoter 内 2340-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29622507-29624733(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr08G001604 Chr08 NC_080394.1:13289364-13289374promoter 内 2329-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 13291036-13293307(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr01G002058 Chr01 NC_080387.1:36399962-36399972promoter 内 2259-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36401704-36401810(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr05G003504 Chr05 NC_080391.1:46775536-46775546promoter 内 2208-2218 bp - 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46777329-46779116(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr03G000787 Chr03 NC_080389.1:8959657-8959667promoter 内 2194-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8961464-8962555(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr05G004271 Chr05 NC_080391.1:56497073-56497083promoter 内 2089-2099 bp + 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56489491-56495171(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr02G001473 Chr02 NC_080388.1:27508173-27508183promoter 内 2085-2095 bp + 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 27504803-27506267(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr02G002348 Chr02 NC_080388.1:41258435-41258445promoter 内 1881-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41255458-41256325(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACCTACGGTTT
SmilChr07G004505 Chr07 NC_080393.1:57698015-57698025promoter 内 1865-1875 bp - 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57700151-57707122(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACCTACGGTTT
SmilChr08G002159 Chr08 NC_080394.1:19522230-19522240promoter 内 1837-1847 bp - 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 19519029-19520076(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGGT
SmilChr02G005314 Chr02 NC_080388.1:74027750-74027760promoter 内 1794-1804 bp - 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 74029957-74031686(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACCTACGGTTT
SmilChr07G003506 Chr07 NC_080393.1:39946674-39946684promoter 内 1647-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39943290-39944330(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12436132-12436142promoter 内 1583-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12431552-12433724(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr04G003636 Chr04 NC_080390.1:52872460-52872470promoter 内 1504-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52867739-52869973(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr01G000244 Chr01 NC_080387.1:4530564-4530574promoter 内 1501-1511 bp + 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4526622-4528074(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr04G003637 Chr04 NC_080390.1:52872460-52872470promoter 内 1493-1503 bp - 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52869877-52869962(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr08G001493 Chr08 NC_080394.1:12075998-12076008promoter 内 1434-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12078565-12082612(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAG
SmilChr04G000902 Chr04 NC_080390.1:11747466-11747476promoter 内 1334-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11742061-11744809(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGGT
SmilChr01G002970 Chr01 NC_080387.1:48618577-48618587promoter 内 1305-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48613763-48615891(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr03G002638 Chr03 NC_080389.1:41967551-41967561promoter 内 1252-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41963633-41964812(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr05G003633 Chr05 NC_080391.1:48713672-48713682promoter 内 1198-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48716475-48719803(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr07G002416 Chr07 NC_080393.1:22513964-22513974promoter 内 1189-1199 bp - 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22516776-22519451(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
SmilChr05G003250 Chr05 NC_080391.1:41878059-41878069promoter 内 1160-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41880900-41886164(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTT
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