预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | 家族 | 基序 | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | 蛋白 | 基序 | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00013392-RA_Salv |
SmilChr02G003833 |
MYB | SmilChr02G003833.1 |
MP00476 |
TAACCGTAATA |
9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 159 / 160 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | 基序 | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr05G002974 |
Chr05 | NC_080391.1:36207411-36207421promoter 内 3163-3173 bp |
- | 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 36202948-36206583(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr04G001807 |
Chr04 | NC_080390.1:29559619-29559629promoter 内 3021-3031 bp |
+ | 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 29555573-29558649(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr03G000788 |
Chr03 | NC_080389.1:8977754-8977764promoter 内 2998-3008 bp |
- | 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 8978757-8979959(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr05G000152 |
Chr05 | NC_080391.1:1230622-1230632promoter 内 2991-3001 bp |
- | 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 1228255-1229622(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr03G003230 |
Chr03 | NC_080389.1:50021683-50021693promoter 内 2844-2854 bp |
+ | 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 50022840-50025478(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr01G002745 |
Chr01 | NC_080387.1:45778518-45778528promoter 内 2701-2711 bp |
+ | 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 45769517-45777228(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr02G001162 |
Chr02 | NC_080388.1:21210137-21210147promoter 内 2667-2677 bp |
- | 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 21211471-21212307(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr05G001477 |
Chr05 | NC_080391.1:13551385-13551395promoter 内 2614-2624 bp |
- | 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 13540999-13550008(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr04G000680 |
Chr04 | NC_080390.1:7846635-7846645promoter 内 2578-2588 bp |
+ | 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 7848058-7850724(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr08G001592 |
Chr08 | NC_080394.1:13168051-13168061promoter 内 2572-2582 bp |
- | 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 13169480-13171852(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr01G004269 |
Chr01 | NC_080387.1:60939084-60939094promoter 内 2539-2549 bp |
- | 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 60940546-60943600(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
ACCTACGGTTT |
SmilChr08G002489 |
Chr08 | NC_080394.1:23797865-23797875promoter 内 2369-2379 bp |
- | 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 23799497-23800529(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
ACCTACGGTTT |
SmilChr01G001559 |
Chr01 | NC_080387.1:29620846-29620856promoter 内 2340-2350 bp |
+ | 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 29622507-29624733(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr08G001604 |
Chr08 | NC_080394.1:13289364-13289374promoter 内 2329-2339 bp |
- | 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 13291036-13293307(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr01G002058 |
Chr01 | NC_080387.1:36399962-36399972promoter 内 2259-2269 bp |
- | 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 36401704-36401810(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr05G003504 |
Chr05 | NC_080391.1:46775536-46775546promoter 内 2208-2218 bp |
- | 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 46777329-46779116(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr03G000787 |
Chr03 | NC_080389.1:8959657-8959667promoter 内 2194-2204 bp |
- | 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 8961464-8962555(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr05G004271 |
Chr05 | NC_080391.1:56497073-56497083promoter 内 2089-2099 bp |
+ | 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 56489491-56495171(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr02G001473 |
Chr02 | NC_080388.1:27508173-27508183promoter 内 2085-2095 bp |
+ | 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 27504803-27506267(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr02G002348 |
Chr02 | NC_080388.1:41258435-41258445promoter 内 1881-1891 bp |
+ | 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 41255458-41256325(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
ACCTACGGTTT |
SmilChr07G004505 |
Chr07 | NC_080393.1:57698015-57698025promoter 内 1865-1875 bp |
- | 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 57700151-57707122(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
ACCTACGGTTT |
SmilChr08G002159 |
Chr08 | NC_080394.1:19522230-19522240promoter 内 1837-1847 bp |
- | 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 19519029-19520076(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGGT |
SmilChr02G005314 |
Chr02 | NC_080388.1:74027750-74027760promoter 内 1794-1804 bp |
- | 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 74029957-74031686(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
ACCTACGGTTT |
SmilChr07G003506 |
Chr07 | NC_080393.1:39946674-39946684promoter 内 1647-1657 bp |
+ | 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 39943290-39944330(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr02G000763 |
Chr02 | NC_080388.1:12436132-12436142promoter 内 1583-1593 bp |
- | 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 12431552-12433724(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr04G003636 |
Chr04 | NC_080390.1:52872460-52872470promoter 内 1504-1514 bp |
- | 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 52867739-52869973(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr01G000244 |
Chr01 | NC_080387.1:4530564-4530574promoter 内 1501-1511 bp |
+ | 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 4526622-4528074(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
SmilChr04G003637 |
Chr04 | NC_080390.1:52872460-52872470promoter 内 1493-1503 bp |
- | 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 52869877-52869962(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
SmilChr08G001493 |
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SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAG |
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Chr04 | NC_080390.1:11747466-11747476promoter 内 1334-1344 bp |
- | 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 11742061-11744809(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGGT |
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+ | 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 48613763-48615891(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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+ | 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 41963633-41964812(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
CTCTACGGTTT |
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SMil_00013392-RA_Salv |
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SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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