转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 16 / 133 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001229 Chr03 NC_080389.1:14169207-14169221promoter 内 3791-3805 bp - 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 14169417-14173721(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCATCTTATCCTTT
SmilChr02G002861 Chr02 NC_080388.1:48786328-48786342promoter 内 3626-3640 bp - 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 48786703-48790314(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGTTCCTTATCCAAT
SmilChr03G000302 Chr03 NC_080389.1:3451776-3451790promoter 内 3447-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 3449974-3451236(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAAGATAAGGAGAG
SmilChr01G004320 Chr01 NC_080387.1:61371900-61371914promoter 内 3329-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 61372572-61375018(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTTTCCTTATCCAAT
SmilChr02G003369 Chr02 NC_080388.1:54819046-54819060promoter 内 3220-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 54812407-54818279(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATCCCTTATCCACT
SmilChr01G000418 Chr01 NC_080387.1:8435626-8435640promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 8436603-8437870(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGGCGTT
SmilChr01G000952 Chr01 NC_080387.1:20160552-20160566promoter 内 2943-2957 bp + 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 20146003-20159508(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCAAGCTTATCCACA
SmilChr01G000140 Chr01 NC_080387.1:2377709-2377723promoter 内 2754-2768 bp - 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 2378956-2380275(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACGCCTTATCCAAA
SmilChr01G000417 Chr01 NC_080387.1:8435626-8435640promoter 内 2190-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 8432765-8433829(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACGCCTTATCCAAA
SmilChr01G001574 Chr01 NC_080387.1:29785129-29785143promoter 内 2101-2115 bp - 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 29787029-29788408(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACGCCTTATCCAAA
SmilChr02G002860 Chr02 NC_080388.1:48786328-48786342promoter 内 1698-1712 bp - 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 48782144-48784039(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGGAACG
SmilChr02G000575 Chr02 NC_080388.1:8223318-8223332promoter 内 1653-1667 bp + 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 8220511-8220984(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTTAT
SmilChr01G005594 Chr01 NC_080387.1:72570412-72570426promoter 内 560-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 72573853-72574621(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGGCGGA
SmilChr01G003013 Chr01 NC_080387.1:49165192-49165206promoter 内 223-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 49168970-49169650(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCAGCCTTATCTTTT
SmilChr01G000471 Chr01 NC_080387.1:9612417-9612431promoter 内 192-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 9606995-9608622(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCTCA
SmilChr01G004419 Chr01 NC_080387.1:62313416-62313430promoter 内 3745-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 62313672-62316505(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAGGATAAGGAATG
SmilChr02G001499 Chr02 NC_080388.1:28037443-28037457promoter 内 3633-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 28037811-28041256(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAGGCGGA
SmilChr01G002927 Chr01 NC_080387.1:48052378-48052392promoter 内 3518-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48052861-48056753(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTTAT
SmilChr01G000611 Chr01 NC_080387.1:13503159-13503173promoter 内 3364-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 13499187-13502536(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCTCA
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75735297-75735311promoter 内 2945-2959 bp - 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCACCTTATCCGAT
SmilChr01G004363 Chr01 NC_080387.1:61817943-61817957promoter 内 2868-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 61814118-61816824(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGCTTAA
SmilChr02G001803 Chr02 NC_080388.1:32878448-32878462promoter 内 2756-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 32879693-32882684(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGCTTAT
SmilChr02G001986 Chr02 NC_080388.1:35819875-35819889promoter 内 2690-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 35818472-35818578(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCTCA
SmilChr02G004821 Chr02 NC_080388.1:70322233-70322247promoter 内 2576-2590 bp - 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 70323658-70328578(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTTTT
SmilChr01G001298 Chr01 NC_080387.1:25851072-25851086promoter 内 2540-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25852533-25856306(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGACCTTATCTATA
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43372844-43372858promoter 内 2463-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGGGGATAAGGAGAA
SmilChr02G000921 Chr02 NC_080388.1:16000069-16000083promoter 内 2369-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 16001701-16011013(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGGATAAGAGTAA
SmilChr02G001985 Chr02 NC_080388.1:35819875-35819889promoter 内 2200-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 35807037-35818088(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCTCA
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35478454-35478468promoter 内 1994-2008 bp - 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGAGATAAGGTTAA
SmilChr03G000281 Chr03 NC_080389.1:3210445-3210459promoter 内 1918-1932 bp + 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3206167-3208376(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTTAT
SmilChr02G003140 Chr02 NC_080388.1:52403495-52403509promoter 内 1423-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52395274-52400931(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTTAT
SmilChr01G005051 Chr01 NC_080387.1:68458158-68458172promoter 内 1188-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 68451266-68455359(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAAGATAAGGATGA
SmilChr01G004417 Chr01 NC_080387.1:62313416-62313430promoter 内 1165-1179 bp + 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 62306415-62310594(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATTCCTTATCCTGT
SmilChr02G000239 Chr02 NC_080388.1:3102747-3102761promoter 内 1054-1068 bp + 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3099708-3099814(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTAAACTTATCCAAT
SmilChr01G004982 Chr01 NC_080387.1:67873204-67873218promoter 内 905-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 67876300-67879157(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAGGATAAGGCATT
SmilChr01G005676 Chr01 NC_080387.1:73041960-73041974promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 73045483-73045929(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTTAT
SmilChr01G001895 Chr01 NC_080387.1:34057359-34057373promoter 内 317-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34061043-34062788(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAAACTTATCCTCA
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SmilChr03G000674 Chr03 NC_080389.1:7542902-7542916promoter 内 3352-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 7540437-7542267(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATATCCTTATCTTTT
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SmilChr02G002571 Chr02 NC_080388.1:44727635-44727649promoter 内 2062-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 44725036-44725710(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCAATCTTATCCTCC
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SmilChr01G006107 Chr01 NC_080387.1:76606596-76606610promoter 内 2178-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 76608419-76609050(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTAGATAAGGATTT