转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00015526-RA_Salv SmilChr04G003114 C2H2 XP_057809538.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 165 / 171 下载 TSV

上一页 165 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr06G002794 Chr06 NC_080392.1:40628295-40628311promoter 内 2757-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40629539-40631772(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGTTTTGTCTTGTTTAT
SmilChr03G002927 Chr03 NC_080389.1:46030943-46030959promoter 内 2756-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46032188-46037115(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GACAATGGGACAAAAAG
SmilChr08G001445 Chr08 NC_080394.1:11614904-11614920promoter 内 2750-2766 bp + 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11616155-11617321(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCTAAAATGACAAAATG
SmilChr02G001282 Chr02 NC_080388.1:23647042-23647058promoter 内 2748-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23644815-23645805(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CGCTTAGAGACAAAACA
SmilChr04G002907 Chr04 NC_080390.1:45331364-45331380promoter 内 2748-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45326192-45330127(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTTTTTTTTTG
SmilChr01G001696 Chr01 NC_080387.1:31227652-31227668promoter 内 2677-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31228976-31230418(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTCTTTGTCGTCTCAGT
SmilChr08G004671 Chr08 NC_080394.1:56217223-56217239promoter 内 2661-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56200566-56215899(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAGAATTCGACAAAATT
SmilChr03G003906 Chr03 NC_080389.1:58156843-58156859promoter 内 2642-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58158202-58162638(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CGTGAACGGACAAAAAT
SmilChr04G003665 Chr04 NC_080390.1:53100043-53100059promoter 内 2642-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53095125-53098700(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTTTTTTTTTG
SmilChr07G004273 Chr07 NC_080393.1:55171927-55171943promoter 内 2641-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55173287-55174136(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr08G001998 Chr08 NC_080394.1:17728634-17728650promoter 内 2641-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17724478-17727290(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCATATTTTG
SmilChr02G004772 Chr02 NC_080388.1:69890765-69890781promoter 内 2631-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69892135-69895808(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr08G001566 Chr08 NC_080394.1:12874899-12874915promoter 内 2628-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12870431-12873542(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr07G003610 Chr07 NC_080393.1:42339619-42339635promoter 内 2627-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42340993-42347296(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr04G001537 Chr04 NC_080390.1:25288563-25288579promoter 内 2626-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25284434-25287204(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GCTTTTGTCTTATATCC
SmilChr02G004618 Chr02 NC_080388.1:68690163-68690179promoter 内 2613-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68685221-68688791(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGTTTTGTCCTCATCAA
SmilChr04G002240 Chr04 NC_080390.1:36184437-36184453promoter 内 2609-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36172901-36183061(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CGTATCAAGACAAAATA
SmilChr08G000052 Chr08 NC_080394.1:314696-314712promoter 内 2604-2620 bp - 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 316093-319477(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAATTTGTCGTTACACG
SmilChr08G004928 Chr08 NC_080394.1:58182291-58182307promoter 内 2604-2620 bp - 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58183688-58186724(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTCACATG
SmilChr03G003792 Chr03 NC_080389.1:57025916-57025932promoter 内 2603-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57011179-57024534(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr08G004683 Chr08 NC_080394.1:56315629-56315645promoter 内 2601-2617 bp - 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56317029-56320889(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGAATTCTT
SmilChr05G002831 Chr05 NC_080391.1:33615698-33615714promoter 内 2579-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33617120-33622633(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTCCTCCTC
SmilChr03G000913 Chr03 NC_080389.1:10455136-10455152promoter 内 2531-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10456606-10459868(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr06G002745 Chr06 NC_080392.1:39888985-39889001promoter 内 2509-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39875944-39887509(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGGGAGCAGACAAAAGA
SmilChr06G000425 Chr06 NC_080392.1:3499337-3499353promoter 内 2508-2524 bp + 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3500830-3503279(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TACAAAAAAACAAAAAA
SmilChr02G002541 Chr02 NC_080388.1:44276390-44276406promoter 内 2475-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44263095-44274880(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCAAAAGAGACAAAATA
SmilChr03G004471 Chr03 NC_080389.1:62803124-62803140promoter 内 2472-2488 bp + 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62800487-62801611(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTTTTTTTTTG
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73208240-73208256promoter 内 2463-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73203421-73206718(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTTTTTTTTTG
SmilChr04G002302 Chr04 NC_080390.1:37265746-37265762promoter 内 2453-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37261224-37264214(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACTTAGAGGACAAAATA
SmilChr03G002737 Chr03 NC_080389.1:43499376-43499392promoter 内 2446-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43500931-43503338(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr08G001905 Chr08 NC_080394.1:16567904-16567920promoter 内 2439-2455 bp - 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16569466-16572210(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTAATAA
SmilChr05G000346 Chr05 NC_080391.1:2585204-2585220promoter 内 2423-2439 bp + 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2579215-2583642(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr08G002940 Chr08 NC_080394.1:29418612-29418628promoter 内 2390-2406 bp - 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29412749-29417017(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTGTAACAGACAAAATT
SmilChr07G004473 Chr07 NC_080393.1:57281300-57281316promoter 内 2382-2398 bp - 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57282919-57287557(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCATTTACAT
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