转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00015526-RA_Salv SmilChr04G003114 C2H2 XP_057809538.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 169 / 171 下载 TSV

上一页 169 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr06G001326 Chr06 NC_080392.1:13740290-13740306promoter 内 137-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13744154-13744276(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr02G001324 Chr02 NC_080388.1:24726758-24726774promoter 内 132-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24730627-24732489(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCAAATACGACAAACTC
SmilChr05G001239 Chr05 NC_080391.1:10510526-10510542promoter 内 131-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10504157-10506672(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCGCAAAGTG
SmilChr08G001725 Chr08 NC_080394.1:14490726-14490742promoter 内 124-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14494603-14495932(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr04G003286 Chr04 NC_080390.1:49547730-49547746promoter 内 57-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49541977-49543802(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76393175-76393191promoter 内 50-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 76397126-76481394(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCATTTTTAT
SmilChr06G002922 Chr06 NC_080392.1:42091171-42091187promoter 内 42-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42080580-42087228(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GAGAAAAAAACAAAAAA
SmilChr07G003532 Chr07 NC_080393.1:40748830-40748846promoter 内 11-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40743774-40744856(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTGTTTGTCGGATTTGG
SmilChr05G002026 Chr05 NC_080391.1:21024933-21024949promoter 内 3636-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 21021736-21024584(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATGATCTT
SmilChr01G004950 Chr01 NC_080387.1:67586479-67586495promoter 内 1984-2000 bp - 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 67582362-67584478(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CATAAATCGACAAACAA
SmilChr04G000158 Chr04 NC_080390.1:1382006-1382022promoter 内 3964-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 1379306-1381985(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCATAACCGACAAAATC
SmilChr05G001252 Chr05 NC_080391.1:10650182-10650198promoter 内 3852-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10645985-10650049(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGAAAAACAACAAAAAT
SmilChr02G004525 Chr02 NC_080388.1:67841072-67841088promoter 内 3838-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 67838849-67840925(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAATAATGACAAAATA
SmilChr07G001833 Chr07 NC_080393.1:15810023-15810039promoter 内 3819-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 15810205-15813885(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTAAATGACAAAACT
SmilChr06G002947 Chr06 NC_080392.1:42273628-42273644promoter 内 3780-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 42273849-42273921(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCTAATTGA
SmilChr05G001025 Chr05 NC_080391.1:8408375-8408391promoter 内 3766-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 8408610-8411944(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCCTTTATAC
SmilChr06G000936 Chr06 NC_080392.1:8962816-8962832promoter 内 3747-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 8953676-8962578(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAGTTTGTCGTAATTTA
SmilChr04G002449 Chr04 NC_080390.1:39214329-39214345promoter 内 3731-3747 bp - 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 39214599-39217511(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CGTTTTGTCGTATGATT
SmilChr03G002025 Chr03 NC_080389.1:30366555-30366571promoter 内 3727-3743 bp + 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 30360554-30366297(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAGTTTGTCGTAATTTA
SmilChr04G001496 Chr04 NC_080390.1:24517521-24517537promoter 内 3689-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24511870-24517225(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAGTTTGTCGTAATTTA
SmilChr05G003005 Chr05 NC_080391.1:37235483-37235499promoter 内 3672-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 37235812-37246644(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAGTTTGTCGTAATTTA
SmilChr08G004650 Chr08 NC_080394.1:56025036-56025052promoter 内 3619-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 56025418-56032422(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATATTTAG
SmilChr01G004637 Chr01 NC_080387.1:64400217-64400233promoter 内 3600-3616 bp - 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 64397448-64399832(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTATAAGAGACAAAAAA
SmilChr04G000529 Chr04 NC_080390.1:5825379-5825395promoter 内 3600-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 5823880-5824994(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCTCATTTTT
SmilChr07G000975 Chr07 NC_080393.1:7091701-7091717promoter 内 3600-3616 bp - 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7085983-7091316(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GTGAACACGACAAGACA
SmilChr08G004490 Chr08 NC_080394.1:54528890-54528906promoter 内 3543-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54529348-54533700(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTGTTTGTCGGGTTTTT
SmilChr06G000518 Chr06 NC_080392.1:4273283-4273299promoter 内 3540-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4273744-4278996(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGATTTGT
SmilChr03G003457 Chr03 NC_080389.1:52957376-52957392promoter 内 3538-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 52957839-52961370(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATAATTTG
SmilChr02G002571 Chr02 NC_080388.1:44726228-44726244promoter 内 3467-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44725036-44725710(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCTTTACCAA
SmilChr01G004699 Chr01 NC_080387.1:65096400-65096416promoter 内 3465-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 65094038-65095880(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAAATTACGACAAACTA
SmilChr04G003493 Chr04 NC_080390.1:51361797-51361813promoter 内 3409-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51362389-51364878(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTGGTAAAGACAAAAGA
SmilChr02G004333 Chr02 NC_080388.1:65596048-65596064promoter 内 3368-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 65593541-65595431(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CAATATACGACAAGAGG
SmilChr07G003830 Chr07 NC_080393.1:47360756-47360772promoter 内 3333-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47361424-47365257(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAGTTTGTCGTAATTTA
SmilChr08G002881 Chr08 NC_080394.1:28706130-28706146promoter 内 3323-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 28706808-28711706(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AACTAACTGACAAAAAA
SmilChr03G003176 Chr03 NC_080389.1:49210249-49210265promoter 内 3291-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49207948-49209555(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAATTCAAGACAAAAAA
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