转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 17 / 152 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004041 Chr03 NC_080389.1:59414163-59414177promoter 内 1045-1059 bp + 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59417119-59419256(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACGACTT
SmilChr01G005619 Chr01 NC_080387.1:72680822-72680836promoter 内 908-922 bp - 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 72683915-72688856(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGGTGTCGGTGATG
SmilChr02G004564 Chr02 NC_080388.1:68159578-68159592promoter 内 892-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 68151567-68156483(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACGACTT
SmilChr07G001783 Chr07 NC_080393.1:15133593-15133607promoter 内 805-819 bp - 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 15129416-15130411(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTCCACCGACAAAGA
SmilChr01G005204 Chr01 NC_080387.1:69716171-69716185promoter 内 799-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 69712303-69712983(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACGACTT
SmilChr03G001592 Chr03 NC_080389.1:20179087-20179101promoter 内 785-799 bp + 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 20182303-20184509(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACGACTT
SmilChr02G000751 Chr02 NC_080388.1:12266330-12266344promoter 内 762-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12261593-12263105(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGTCACCGC
SmilChr07G002140 Chr07 NC_080393.1:19559780-19559794promoter 内 754-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19563027-19567920(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACGACTT
SmilChr04G002326 Chr04 NC_080390.1:37574435-37574449promoter 内 750-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 37568835-37571198(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGGTGTCGGTGGTC
SmilChr07G002795 Chr07 NC_080393.1:27857554-27857568promoter 内 716-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 27852698-27854283(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGTCGCCGACAACAT
SmilChr04G001483 Chr04 NC_080390.1:24265134-24265148promoter 内 668-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 24260570-24261815(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACGACTT
SmilChr06G001714 Chr06 NC_080392.1:19745904-19745918promoter 内 608-622 bp + 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19736709-19742525(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATAGTGTCGGTGGTA
SmilChr02G005242 Chr02 NC_080388.1:73599475-73599489promoter 内 598-612 bp + 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 73594646-73596086(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGCTGGCGGTGGAG
SmilChr07G002649 Chr07 NC_080393.1:25665215-25665229promoter 内 495-509 bp - 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 25659899-25661723(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGACATCAC
SmilChr02G002987 Chr02 NC_080388.1:50499797-50499811promoter 内 470-484 bp + 3517 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 50503328-50506990(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCCCACCGACAAGAC
SmilChr07G001476 Chr07 NC_080393.1:11609239-11609253promoter 内 409-423 bp + 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 11601920-11605661(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAGTCGTCGGTGGGG
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3166586-3166600promoter 内 356-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3170231-3177775(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGTCACCGACACCTC
SmilChr05G004377 Chr05 NC_080391.1:57286905-57286919promoter 内 295-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57279144-57283213(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCCACCGACATATC
SmilChr01G005044 Chr01 NC_080387.1:68378248-68378262promoter 内 77-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 68372151-68374338(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGTCACCGACGCTGT
SmilChr02G005470 Chr02 NC_080388.1:74970308-74970322promoter 内 2191-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 7 74972118-74974885(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACGAAAT
SmilChr04G002211 Chr04 NC_080390.1:35783315-35783329promoter 内 2060-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 6 35785256-35792216(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCGC
SmilChr05G001224 Chr05 NC_080391.1:10302091-10302105promoter 内 3637-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 10302455-10306055(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCGC
SmilChr08G000028 Chr08 NC_080394.1:184958-184972promoter 内 3535-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 185424-189535(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCGC
SmilChr08G000027 Chr08 NC_080394.1:184958-184972promoter 内 3234-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 179349-184205(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGCGGCGGTGGAG
SmilChr08G004216 Chr08 NC_080394.1:51549669-51549683promoter 内 1969-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 51544308-51547651(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGGCACCGACACAAT
SmilChr05G002657 Chr05 NC_080391.1:30075541-30075555promoter 内 1112-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 30071236-30072666(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGCGGCGGTGGAG
SmilChr01G003949 Chr01 NC_080387.1:57874461-57874475promoter 内 3726-3740 bp + 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 57874736-57878256(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCGC
SmilChr07G000592 Chr07 NC_080393.1:4039025-4039039promoter 内 3467-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 4032483-4038505(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGCGGCGGTGGAG
SmilChr02G001936 Chr02 NC_080388.1:34769457-34769471promoter 内 2785-2799 bp - 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 34767058-34768255(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCGC
SmilChr01G000955 Chr01 NC_080387.1:20208636-20208650promoter 内 2710-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 20209927-20213471(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGCGGCGGTGGAG
SmilChr08G003339 Chr08 NC_080394.1:34701502-34701516promoter 内 2502-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 34703001-34707305(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCGC
SmilChr04G001802 Chr04 NC_080390.1:29514814-29514828promoter 内 2405-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 29511660-29513232(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGCGGCGGTGGAG
SmilChr03G001497 Chr03 NC_080389.1:18279002-18279016promoter 内 2373-2387 bp - 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 18280630-18288688(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGCGGCGGTGGAG
SmilChr07G000553 Chr07 NC_080393.1:3815937-3815951promoter 内 2158-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 3811121-3814108(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGCGGCGGTGGAG
SmilChr08G001749 Chr08 NC_080394.1:14712907-14712921promoter 内 1721-1735 bp + 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 14715187-14719858(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCGC
SmilChr01G002137 Chr01 NC_080387.1:37353835-37353849promoter 内 1605-1619 bp - 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 37346822-37351453(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCGC
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