转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 17 / 126 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004089 Chr02 NC_080388.1:63172748-63172768promoter 内 1240-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 63165024-63170007(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTTACTACTTTTT
SmilChr02G003861 Chr02 NC_080388.1:60528730-60528750promoter 内 1167-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 60531564-60532579(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAGAAAAAAATGA
SmilChr02G005361 Chr02 NC_080388.1:74325867-74325887promoter 内 189-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 74329679-74332328(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAATAAAAACGCA
SmilChr01G004636 Chr01 NC_080387.1:64379041-64379061promoter 内 3795-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 64379247-64380035(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTCTTCTCTCTTTTACTTTAT
SmilChr01G003245 Chr01 NC_080387.1:51190202-51190222promoter 内 3742-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 51190461-51192069(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAGAGAAAAAAAAAA
SmilChr02G000483 Chr02 NC_080388.1:6599719-6599739promoter 内 3232-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 6600488-6602111(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTCCATTTCTCTTACTTTTT
SmilChr02G002757 Chr02 NC_080388.1:47611116-47611136promoter 内 2822-2842 bp + 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 47612295-47615093(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CGTCTTCTATTCCTACTTTTC
SmilChr01G002434 Chr01 NC_080387.1:41925512-41925532promoter 内 2168-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 41927345-41932941(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTCCCTCTACTTTTC
SmilChr01G000638 Chr01 NC_080387.1:14357677-14357697promoter 内 614-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 14361064-14363497(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TGCCTTTTTATTTGACTTTTT
SmilChr02G000070 Chr02 NC_080388.1:891512-891532promoter 内 3966-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 891547-894899(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTATAAAAGAAAAAGG
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73206840-73206860promoter 内 3859-3879 bp - 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 73203421-73206718(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTATTTATTTTTTACTTTTT
SmilChr01G001806 Chr01 NC_080387.1:32992946-32992966promoter 内 3799-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 32991655-32992764(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTAAAATAAAAGATA
SmilChr01G000373 Chr01 NC_080387.1:7685983-7686003promoter 内 3757-3777 bp - 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 7686227-7698295(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAACAAAAAAAAAAA
SmilChr01G004437 Chr01 NC_080387.1:62463368-62463388promoter 内 3684-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 62463685-62465291(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTGTCTCCCTTTTAACTTTTT
SmilChr02G005105 Chr02 NC_080388.1:72580435-72580455promoter 内 3375-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 72581061-72585279(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGGGAGATAAAGAGA
SmilChr02G003540 Chr02 NC_080388.1:56562958-56562978promoter 内 3177-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56563782-56564552(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAACAAAATAAGAAA
SmilChr01G002898 Chr01 NC_080387.1:47666967-47666987promoter 内 3173-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 47666087-47666159(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAAAAAGGAATGGGA
SmilChr01G006020 Chr01 NC_080387.1:75790609-75790629promoter 内 3098-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 75791512-75792986(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAGGCAAAAAAA
SmilChr01G001789 Chr01 NC_080387.1:32750872-32750892promoter 内 2888-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 32751985-32754320(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTTAAAGAAAAAAAAA
SmilChr01G000414 Chr01 NC_080387.1:8386011-8386031promoter 内 2724-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8382448-8384754(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTCTTTTTCCTACTTTTC
SmilChr01G002706 Chr01 NC_080387.1:45344317-45344337promoter 内 2531-2551 bp + 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45324190-45342867(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAAAGTAAAAAAGGAAGATA
SmilChr01G002879 Chr01 NC_080387.1:47397813-47397833promoter 内 2364-2384 bp - 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 47394962-47396196(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTCATTTCTTACTTTTT
SmilChr01G005821 Chr01 NC_080387.1:74212613-74212633promoter 内 2206-2226 bp + 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 74207215-74210838(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAAAAAAAAAGAGTC
SmilChr01G002372 Chr01 NC_080387.1:40944139-40944159promoter 内 2205-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 40945935-40950772(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAAAACACAAA
SmilChr01G002331 Chr01 NC_080387.1:40465932-40465952promoter 内 2057-2077 bp + 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 40459444-40464008(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAGAGAAAAAAAAAA
SmilChr01G001729 Chr01 NC_080387.1:31843687-31843707promoter 内 1934-1954 bp + 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 31845754-31846979(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATCTTTTATTTTAACTTTTT
SmilChr01G005843 Chr01 NC_080387.1:74422769-74422789promoter 内 1834-1854 bp - 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 74416401-74420622(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTCCCCCTCCTTTTT
SmilChr02G002268 Chr02 NC_080388.1:40135934-40135954promoter 内 1618-1638 bp - 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 40138317-40141219(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAGAGGGGAATGGG
SmilChr01G002708 Chr01 NC_080387.1:45344317-45344337promoter 内 1450-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45346868-45348686(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATCTTCCTTTTTTACTTTTA
SmilChr01G003040 Chr01 NC_080387.1:49400149-49400169promoter 内 1111-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 49384449-49397279(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAAGAGAAAGAGAC
SmilChr01G002059 Chr01 NC_080387.1:36404963-36404983promoter 内 1040-1060 bp - 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 36407924-36411467(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGAAAAAGCAAAAAAAA
SmilChr01G003953 Chr01 NC_080387.1:57914217-57914237promoter 内 857-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 57917361-57918624(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCTCCTTCATTCTCACTTTTT
SmilChr01G001788 Chr01 NC_080387.1:32750872-32750892promoter 内 788-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 32747541-32747679(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTCTTTAACTTTAT
SmilChr02G002991 Chr02 NC_080388.1:50581077-50581097promoter 内 458-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 50574042-50577554(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTCTCTTCTTTTT
SmilChr01G003474 Chr01 NC_080387.1:53295467-53295487promoter 内 439-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53299029-53300900(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAAAATGAAGA
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