转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 18 / 135 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003344 Chr01 NC_080387.1:52221101-52221115promoter 内 34-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52214949-52217148(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGTGATG
SmilChr02G005490 Chr02 NC_080388.1:75075933-75075947promoter 内 21-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 75070422-75071967(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACATCATTATCCTC
SmilChr03G000090 Chr03 NC_080389.1:1033620-1033634promoter 内 2223-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 1018269-1031856(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAATCTTATCCAA
SmilChr02G001068 Chr02 NC_080388.1:18995284-18995298promoter 内 3023-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 18992446-18994320(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGCATGTG
SmilChr03G000092 Chr03 NC_080389.1:1033620-1033634promoter 内 2092-2106 bp - 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 1029068-1031725(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAATCTTATCCAA
SmilChr02G001401 Chr02 NC_080388.1:26596420-26596434promoter 内 790-804 bp + 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 26591744-26593223(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGGAGAAG
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6300968-6300982promoter 内 3258-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 6297501-6300239(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACTTTCTTATCCTC
SmilChr03G002259 Chr03 NC_080389.1:35583396-35583410promoter 内 3087-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 35581768-35582496(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATATTCTTATCCTT
SmilChr03G000236 Chr03 NC_080389.1:2821924-2821938promoter 内 2695-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 2819595-2820632(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAATCTTATCCAA
SmilChr01G001757 Chr01 NC_080387.1:32290230-32290244promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 32285853-32288737(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGTTATC
SmilChr01G000105 Chr01 NC_080387.1:1841245-1841259promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 1837296-1839545(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGTGGAG
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46280583-46280597promoter 内 2141-2155 bp - 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 46272630-46278737(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGCAATCTTATCCTA
SmilChr02G001505 Chr02 NC_080388.1:28089975-28089989promoter 内 1996-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 28087028-28087984(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCAACCTTATCTTT
SmilChr03G000340 Chr03 NC_080389.1:3870099-3870113promoter 内 1168-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 3859136-3867280(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAATCTTATCCAA
SmilChr02G001504 Chr02 NC_080388.1:28089975-28089989promoter 内 849-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 28086127-28086837(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCAACCTTATCTTT
SmilChr03G000162 Chr03 NC_080389.1:1781814-1781828promoter 内 828-842 bp + 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 1784987-1786606(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAATCTTATCCAA
SmilChr01G004640 Chr01 NC_080387.1:64443064-64443078promoter 内 521-535 bp + 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 64446544-64447775(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAAATCTTATCCAT
SmilChr01G004237 Chr01 NC_080387.1:60710147-60710161promoter 内 3399-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 60709018-60709559(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTACCCTTATCCCC
SmilChr03G001074 Chr03 NC_080389.1:12437478-12437492promoter 内 3315-3329 bp + 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 12438164-12443107(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAATCTTATCCAA
SmilChr03G000504 Chr03 NC_080389.1:5433516-5433530promoter 内 3220-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 5434297-5437684(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAAATG
SmilChr02G003295 Chr02 NC_080388.1:54228335-54228349promoter 内 3079-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 54225546-54227427(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGCATGTG
SmilChr03G000901 Chr03 NC_080389.1:10319440-10319454promoter 内 2954-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 10320487-10323925(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGCACCTTATCCCC
SmilChr01G004236 Chr01 NC_080387.1:60710147-60710161promoter 内 2945-2959 bp - 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 60708292-60709105(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTACCCTTATCCCC
SmilChr01G003131 Chr01 NC_080387.1:50142816-50142830promoter 内 2478-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 50137159-50141307(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTACCTTATCTTT
SmilChr01G001455 Chr01 NC_080387.1:28237394-28237408promoter 内 2358-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 28239037-28242801(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAACACCTTATCCAT
SmilChr01G004803 Chr01 NC_080387.1:66242889-66242903promoter 内 2113-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 66237564-66241015(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAATGCCTTATCCTC
SmilChr02G005232 Chr02 NC_080388.1:73513157-73513171promoter 内 2103-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 73515055-73516164(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAAATCTTATCCAA
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60710147-60710161promoter 内 1922-1936 bp - 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 60707062-60708082(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTACCCTTATCCCC
SmilChr02G000575 Chr02 NC_080388.1:8223319-8223333promoter 内 1652-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 8220511-8220984(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACCTTATCTTA
SmilChr02G005062 Chr02 NC_080388.1:72308387-72308401promoter 内 1614-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 72310774-72312312(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTATTCTTATCCAT
SmilChr03G001066 Chr03 NC_080389.1:12375413-12375427promoter 内 1155-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 12378259-12381472(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAATAGA
SmilChr02G002727 Chr02 NC_080388.1:47201549-47201563promoter 内 202-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 47190273-47197764(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGCATTG
SmilChr01G004238 Chr01 NC_080387.1:60710147-60710161promoter 内 3603-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 60710545-60711123(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGGTAAG
SmilChr01G002927 Chr01 NC_080387.1:48052377-48052391promoter 内 3517-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 48052861-48056753(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACCTTATCTTA
SmilChr01G000936 Chr01 NC_080387.1:19836023-19836037promoter 内 3461-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 19836563-19837390(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAATATA
SmilChr01G001698 Chr01 NC_080387.1:31266092-31266106promoter 内 3013-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 31262793-31265118(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGATAAGGTTTGC
SmilChr03G000963 Chr03 NC_080389.1:10860010-10860024promoter 内 2799-2813 bp + 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10861212-10863975(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCATCTTATCCTT
SmilChr01G005205 Chr01 NC_080387.1:69711970-69711984promoter 内 2647-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 69713324-69713804(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAAATCTTATCCAT
SmilChr01G001298 Chr01 NC_080387.1:25851071-25851085promoter 内 2539-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 25852533-25856306(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATGACCTTATCTAT
SmilChr02G003403 Chr02 NC_080388.1:55198268-55198282promoter 内 2472-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55188001-55196753(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTCATCTTATCCGC
SmilChr01G004239 Chr01 NC_080387.1:60710147-60710161promoter 内 2129-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 60712019-60715266(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGGTAAG
SmilChr01G003564 Chr01 NC_080387.1:54230403-54230417promoter 内 2084-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54232320-54235647(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGACCTA
SmilChr02G005347 Chr02 NC_080388.1:74281911-74281925promoter 内 2074-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 74283838-74287538(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGTAACG
SmilChr02G005095 Chr02 NC_080388.1:72525519-72525533promoter 内 2040-2054 bp - 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 72521755-72523572(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCATCTTATCCTT
SmilChr01G005656 Chr01 NC_080387.1:72906464-72906478promoter 内 2000-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 72908465-72910533(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGTGAAT
SmilChr03G000281 Chr03 NC_080389.1:3210446-3210460promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3206167-3208376(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACCTTATCTTA
SmilChr01G004297 Chr01 NC_080387.1:61155735-61155749promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 61157986-61163010(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACATTGAG
SmilChr01G001794 Chr01 NC_080387.1:32810742-32810756promoter 内 1707-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 32813036-32817226(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGACCTTATCCTT
SmilChr03G000966 Chr03 NC_080389.1:10884097-10884111promoter 内 1575-1589 bp + 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10886523-10889652(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCATCTTATCCTT
SmilChr02G003140 Chr02 NC_080388.1:52403496-52403510promoter 内 1422-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 52395274-52400931(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACCTTATCTTA