转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 19 / 129 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003731 Chr01 NC_080387.1:55607435-55607442promoter 内 3023-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55603656-55606464(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G000957 Chr02 NC_080388.1:16618511-16618518promoter 内 3018-3025 bp - 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16614981-16617535(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G003698 Chr02 NC_080388.1:58441579-58441586promoter 内 3015-3022 bp + 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58442565-58448672(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000123 Chr02 NC_080388.1:1688153-1688160promoter 内 3005-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1689149-1692030(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005282 Chr01 NC_080387.1:70208151-70208158promoter 内 2998-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 70209154-70210012(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005914 Chr01 NC_080387.1:74978216-74978223promoter 内 2992-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74979225-74984711(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G000167 Chr02 NC_080388.1:2164095-2164102promoter 内 2989-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2165107-2171928(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22304258-22304265promoter 内 2988-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002628 Chr01 NC_080387.1:44570112-44570119promoter 内 2984-2991 bp - 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 44571129-44591817(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22287367-22287374promoter 内 2984-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr03G000032 Chr03 NC_080389.1:403428-403435promoter 内 2978-2985 bp + 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 399639-402412(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004912 Chr01 NC_080387.1:67132078-67132085promoter 内 2969-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 67133110-67133968(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005049 Chr01 NC_080387.1:68422371-68422378promoter 内 2969-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 68423403-68425871(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001992 Chr02 NC_080388.1:36010995-36011002promoter 内 2968-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36008309-36009969(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G005256 Chr02 NC_080388.1:73664500-73664507promoter 内 2961-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 73663374-73663467(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G003975 Chr01 NC_080387.1:58185445-58185452promoter 内 2943-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58181847-58184394(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001503 Chr02 NC_080388.1:28078537-28078544promoter 内 2940-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28074760-28077483(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr03G000060 Chr03 NC_080389.1:668623-668630promoter 内 2933-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 669691-771622(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G001451 Chr01 NC_080387.1:28209856-28209863promoter 内 2915-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28205401-28208777(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G004942 Chr02 NC_080388.1:71365748-71365755promoter 内 2908-2915 bp + 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71366841-71374911(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G004342 Chr01 NC_080387.1:61587238-61587245promoter 内 2905-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61588334-61597467(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000387 Chr02 NC_080388.1:4807002-4807009promoter 内 2903-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4808100-4810743(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G003645 Chr01 NC_080387.1:54939075-54939082promoter 内 2876-2883 bp - 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54934911-54937957(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005444 Chr01 NC_080387.1:71537488-71537495promoter 内 2858-2865 bp + 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71530944-71536352(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002012 Chr02 NC_080388.1:36263378-36263385promoter 内 2856-2863 bp - 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36259333-36262240(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G000086 Chr01 NC_080387.1:1599673-1599680promoter 内 2847-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1600827-1602069(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G001075 Chr01 NC_080387.1:22162790-22162797promoter 内 2847-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22163944-22168094(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G005255 Chr02 NC_080388.1:73664500-73664507promoter 内 2833-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 73663258-73663339(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001082 Chr02 NC_080388.1:19381410-19381417promoter 内 2832-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 19378546-19380248(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72429405-72429412promoter 内 2828-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G004485 Chr01 NC_080387.1:62980828-62980835promoter 内 2825-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 62982004-62983723(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002408 Chr02 NC_080388.1:42039160-42039167promoter 内 2824-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42040337-42042488(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G000138 Chr01 NC_080387.1:2330282-2330289promoter 内 2815-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2331468-2335218(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002916 Chr02 NC_080388.1:49464437-49464444promoter 内 2814-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49465624-49468255(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G000146 Chr01 NC_080387.1:2493744-2493751promoter 内 2810-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2494935-2498868(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002185 Chr01 NC_080387.1:37971302-37971309promoter 内 2803-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37965979-37970111(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
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