转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 2 / 162 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003609 Chr07 NC_080393.1:42334508-42334526promoter 内 3344-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 42335165-42336310(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCGCTACTAGAGTCAACG
SmilChr08G003491 Chr08 NC_080394.1:37531030-37531048promoter 内 2780-2798 bp + 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 37528995-37529827(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGACCACAAAGGTCAACG
SmilChr06G002258 Chr06 NC_080392.1:32002813-32002831promoter 内 2074-2092 bp - 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 32004740-32005574(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGACCACAAAGGTCAACG
SmilChr05G003690 Chr05 NC_080391.1:50031663-50031681promoter 内 2069-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 50028523-50029749(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGACCACAAAGGTCAACG
SmilChr05G003323 Chr05 NC_080391.1:43532411-43532429promoter 内 1839-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 43527019-43530267(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTTGTGGTCTT
SmilChr01G000065 Chr01 NC_080387.1:1093790-1093808promoter 内 1783-1801 bp + 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1072493-1091590(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGACCACAAAGGTCAACG
SmilChr05G003692 Chr05 NC_080391.1:50031663-50031681promoter 内 1654-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 50034010-50035487(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTTGTGGTCTT
SmilChr02G004268 Chr02 NC_080388.1:64885104-64885122promoter 内 1262-1280 bp + 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 64887843-64905621(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTTGTGGTCTT
SmilChr01G001103 Chr01 NC_080387.1:22579499-22579517promoter 内 952-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 22569983-22576468(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTTGTGGTCTT
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2037591-2037609promoter 内 650-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCAACAACATGGTCAACG
SmilChr08G003492 Chr08 NC_080394.1:37531030-37531048promoter 内 536-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 37534495-37537092(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTTGTGGTCTT
SmilChr08G000893 Chr08 NC_080394.1:6625948-6625966promoter 内 61-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 6621348-6622026(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGACCACAAAGGTCAACG
SmilChr08G003889 Chr08 NC_080394.1:46212677-46212695promoter 内 3441-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 46208058-46212135(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGGATGAGAAGGTCAACG
SmilChr04G001313 Chr04 NC_080390.1:20981930-20981948promoter 内 1617-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 20984314-20991633(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTGCGCTGCCAT
SmilChr08G001115 Chr08 NC_080394.1:8664415-8664433promoter 内 1528-1546 bp - 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 8658318-8661960(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTAGTCAACGC
SmilChr05G002942 Chr05 NC_080391.1:35483885-35483903promoter 内 552-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 35487334-35490090(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCTTGGAGTAAGTCAACG
SmilChr03G002050 Chr03 NC_080389.1:31050011-31050029promoter 内 1161-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 31041157-31047189(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTAGTTGGACGT
SmilChr02G000642 Chr02 NC_080388.1:9707434-9707452promoter 内 855-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 9710580-9716954(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTGTTGGTTT
SmilChr08G002739 Chr08 NC_080394.1:27006682-27006700promoter 内 3434-3452 bp + 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27004195-27006133(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATGACATCCACAGTCAACG
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670978-16670996promoter 内 3344-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 16671635-16675520(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAGGCGAACAAGGTCAACG
SmilChr08G001277 Chr08 NC_080394.1:10176228-10176246promoter 内 3221-3239 bp - 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 10177008-10177612(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCTTGGAGTAAGTCAACG
SmilChr06G002083 Chr06 NC_080392.1:27478014-27478032promoter 内 2856-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27475703-27476887(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTGTTGGTTT
SmilChr06G000666 Chr06 NC_080392.1:5853797-5853815promoter 内 2670-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5855128-5859600(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTACTCCAAGCC
SmilChr06G002084 Chr06 NC_080392.1:27478014-27478032promoter 内 2298-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27479717-27479824(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAACCAACAAAAGTCAACG
SmilChr03G002250 Chr03 NC_080389.1:35433174-35433192promoter 内 1878-1896 bp + 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35428730-35431069(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGCGCCGACCCAGTCAACG
SmilChr07G000883 Chr07 NC_080393.1:6317758-6317776promoter 内 1802-1820 bp - 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 6319957-6320466(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCTTGGAGTAAGTCAACG
SmilChr06G002085 Chr06 NC_080392.1:27478014-27478032promoter 内 1252-1270 bp - 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27480763-27481551(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAACCAACAAAAGTCAACG
SmilChr06G000247 Chr06 NC_080392.1:1650028-1650046promoter 内 901-919 bp - 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 1645693-1646946(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGCGGCGGGGGC
SmilChr06G001694 Chr06 NC_080392.1:19356698-19356716promoter 内 698-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 5 19360001-19363806(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTCGGCAAGGCT
SmilChr06G001843 Chr06 NC_080392.1:21649747-21649765promoter 内 3393-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 21650355-21651502(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAACCGGCCCTGGTCAACG
SmilChr03G001387 Chr03 NC_080389.1:16418809-16418827promoter 内 1700-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 16421110-16424014(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTGGGCGGCTC
SmilChr04G002103 Chr04 NC_080390.1:33954289-33954307promoter 内 3933-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 33942886-33954239(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCTCAAACTAGGTCAACG
SmilChr06G002631 Chr06 NC_080392.1:37872632-37872650promoter 内 3675-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 37872958-37874121(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTCATCGACGC
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54106488-54106506promoter 内 3637-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTCATCGACGC
SmilChr08G001634 Chr08 NC_080394.1:13548101-13548119promoter 内 3635-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 13548467-13550176(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTTCATCGACGC
SmilChr06G002777 Chr06 NC_080392.1:40458585-40458603promoter 内 3052-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 40456818-40457654(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCAAAAGCAAAAGTCAACG
SmilChr07G002650 Chr07 NC_080393.1:25669414-25669432promoter 内 2784-2802 bp + 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 25667201-25668215(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGCCGCCCAGAGTCAACG
SmilChr03G003812 Chr03 NC_080389.1:57167416-57167434promoter 内 2156-2174 bp + 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 57162719-57165589(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGCGCCTCGATAGTCAACG
SmilChr03G002194 Chr03 NC_080389.1:34547015-34547033promoter 内 1622-1640 bp + 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 34541585-34544654(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCGTCGATGAAGGTCAACG
SmilChr03G003206 Chr03 NC_080389.1:49607462-49607480promoter 内 1228-1246 bp + 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 49602347-49604707(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCGTCGATGAAGGTCAACG
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SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37868205-37868223promoter 内 164-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCTGGGCGGCTC
SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22009490-22009508promoter 内 2039-2057 bp - 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 22002683-22007546(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTCCGTTGCC
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SmilChr02G003714 Chr02 NC_080388.1:58747210-58747228promoter 内 216-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 58741135-58743443(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAGTCTGAAAAAGTCAACG
SmilChr04G001927 Chr04 NC_080390.1:31377435-31377453promoter 内 2544-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 31378892-31380915(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCAAAGCAAAAGTCAACG
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SmilChr05G001105 Chr05 NC_080391.1:9179908-9179926promoter 内 2435-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 9177029-9178360(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGCCATCAAAGGTCAACG