转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 20 / 140 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005897 Chr01 NC_080387.1:74889030-74889039promoter 内 553-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 74881056-74885591(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr03G003899 Chr03 NC_080389.1:58092849-58092858promoter 内 468-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 58086218-58089325(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTG
SmilChr01G000485 Chr01 NC_080387.1:9921332-9921341promoter 内 418-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 9924915-9928587(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTG
SmilChr02G002591 Chr02 NC_080388.1:45055541-45055550promoter 内 365-374 bp - 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 45059177-45060382(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTG
SmilChr02G003175 Chr02 NC_080388.1:52881156-52881165promoter 内 313-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 52871820-52877477(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr03G000183 Chr03 NC_080389.1:1960253-1960262promoter 内 308-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 1946613-1956569(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTG
SmilChr01G005837 Chr01 NC_080387.1:74381255-74381264promoter 内 254-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 74385002-74389094(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTG
SmilChr03G002295 Chr03 NC_080389.1:36147229-36147238promoter 内 252-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 36150978-36156889(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr01G002662 Chr01 NC_080387.1:44864588-44864597promoter 内 249-258 bp + 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 44868340-44870608(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr01G004444 Chr01 NC_080387.1:62555417-62555426promoter 内 248-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 62559170-62565033(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr02G003532 Chr02 NC_080388.1:56463076-56463085promoter 内 242-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 56466835-56472727(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTG
SmilChr03G002226 Chr03 NC_080389.1:35070802-35070811promoter 内 207-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 35074596-35075645(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr01G001025 Chr01 NC_080387.1:21406272-21406281promoter 内 205-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 21400107-21402485(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr01G001051 Chr01 NC_080387.1:21848040-21848049promoter 内 193-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 21851848-21861070(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr03G000771 Chr03 NC_080389.1:8805327-8805336promoter 内 177-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8809151-8810054(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr03G002327 Chr03 NC_080389.1:36642057-36642066promoter 内 135-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 36635474-36638200(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr02G000943 Chr02 NC_080388.1:16442403-16442412promoter 内 30-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 16446374-16447370(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGT
SmilChr01G002054 Chr01 NC_080387.1:36334576-36334585promoter 内 21-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 36328002-36330605(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTG
SmilChr04G000780 Chr04 NC_080390.1:9554273-9554282promoter 内 3372-3381 bp + 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 9554902-9556651(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
SmilChr01G000420 Chr01 NC_080387.1:8462280-8462289promoter 内 3016-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 8458063-8461304(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr01G000533 Chr01 NC_080387.1:10862353-10862362promoter 内 2831-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 10857613-10861192(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr02G003620 Chr02 NC_080388.1:57497410-57497419promoter 内 2766-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 57494061-57496184(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr02G002055 Chr02 NC_080388.1:36943964-36943973promoter 内 2266-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 36945699-36946691(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr02G002054 Chr02 NC_080388.1:36943964-36943973promoter 内 2085-2094 bp - 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 36939842-36942057(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
SmilChr01G000534 Chr01 NC_080387.1:10862353-10862362promoter 内 1192-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 10865162-10868704(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
SmilChr01G003241 Chr01 NC_080387.1:51151220-51151229promoter 内 797-806 bp - 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 51144429-51148025(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
SmilChr03G000782 Chr03 NC_080389.1:8908277-8908286promoter 内 644-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 8902676-8904929(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr02G000033 Chr02 NC_080388.1:410293-410302promoter 内 400-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 405610-406701(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr01G002687 Chr01 NC_080387.1:45083430-45083439promoter 内 396-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 45087035-45090326(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr02G005180 Chr02 NC_080388.1:73092899-73092908promoter 内 3834-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 73088503-73092741(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
SmilChr03G003891 Chr03 NC_080389.1:57999927-57999936promoter 内 3630-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 58000298-58001822(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45057437-45057446promoter 内 3442-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 45045665-45056887(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44996828-44996837promoter 内 3439-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 44995205-44996275(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
SmilChr03G001092 Chr03 NC_080389.1:12616714-12616723promoter 内 3324-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 12617391-12618652(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr03G000209 Chr03 NC_080389.1:2402437-2402446promoter 内 2959-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 2403479-2406045(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CCAGATTCGC
SmilChr01G001038 Chr01 NC_080387.1:21605874-21605883promoter 内 2544-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 21607331-21608758(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCGAATCTGG
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