转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 21 / 137 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003861 Chr08 NC_080394.1:45473960-45473974promoter 内 1026-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45467549-45470999(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGATGACGTGTCA
SmilChr06G001512 Chr06 NC_080392.1:16179179-16179193promoter 内 776-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 16182404-16184746(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGTCGAC
SmilChr02G000447 Chr02 NC_080388.1:5857041-5857055promoter 内 652-666 bp + 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 5850595-5853706(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGATGACGTGTCA
SmilChr04G000639 Chr04 NC_080390.1:7262557-7262571promoter 内 637-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 7265921-7268988(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGATGACGTGTCA
SmilChr03G004298 Chr03 NC_080389.1:61390388-61390402promoter 内 610-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61378854-61387011(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTTCTTT
SmilChr06G002170 Chr06 NC_080392.1:29918424-29918438promoter 内 418-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 29922007-29922756(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGATGACGTGTCA
SmilChr05G002330 Chr05 NC_080391.1:25155010-25155024promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 25150749-25154943(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGGGCGACGTGGCC
SmilChr02G001541 Chr02 NC_080388.1:28672951-28672965promoter 内 3657-3671 bp - 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 28672181-28672621(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCATCACC
SmilChr02G001542 Chr02 NC_080388.1:28672951-28672965promoter 内 25-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 28676927-28682190(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGATGACGTGGAA
SmilChr02G005327 Chr02 NC_080388.1:74126716-74126730promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 74126811-74128986(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TACGATGACGTGGCG
SmilChr05G001636 Chr05 NC_080391.1:15285998-15286012promoter 内 1946-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 15288053-15289353(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGATGACGTGGAA
SmilChr04G000683 Chr04 NC_080390.1:7966049-7966063promoter 内 1516-1530 bp + 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 7959403-7963578(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGATGACGTGGAA
SmilChr01G001342 Chr01 NC_080387.1:26681398-26681412promoter 内 3416-3430 bp - 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 26681983-26688397(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGTCTGACGTGGCG
SmilChr07G003947 Chr07 NC_080393.1:49905371-49905385promoter 内 2700-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 49906672-49913349(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CACGACGACGTGGCA
SmilChr03G000536 Chr03 NC_080389.1:5778414-5778428promoter 内 2330-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 5780085-5827863(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGGGACACGTGGCA
SmilChr03G000535 Chr03 NC_080389.1:5778414-5778428promoter 内 1698-1712 bp - 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 5773432-5776125(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCCCCT
SmilChr01G006125 Chr01 NC_080387.1:76758694-76758708promoter 内 361-375 bp + 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 76762334-76763963(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCTGCAAT
SmilChr02G002658 Chr02 NC_080388.1:46013501-46013515promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 46013526-46016442(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCGGCTGACGTGGAA
SmilChr01G003663 Chr01 NC_080387.1:55056980-55056994promoter 内 3935-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55057046-55061669(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGGGCTAT
SmilChr02G002657 Chr02 NC_080388.1:46013501-46013515promoter 内 3880-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 46011853-46013394(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCCGC
SmilChr01G005145 Chr01 NC_080387.1:69237629-69237643promoter 内 3858-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 69236880-69237500(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCCTCA
SmilChr04G000869 Chr04 NC_080390.1:11193870-11193884promoter 内 3805-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10980515-11193688(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCATCACC
SmilChr08G002021 Chr08 NC_080394.1:17987282-17987296promoter 内 3489-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 17987794-17989122(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGATGACGTGGAA
SmilChr08G001164 Chr08 NC_080394.1:9300724-9300738promoter 内 3428-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9299590-9300165(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCTTCCCACGTGGCG
SmilChr03G003343 Chr03 NC_080389.1:51766011-51766025promoter 内 3402-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 51757803-51765426(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCAGG
SmilChr07G003956 Chr07 NC_080393.1:50147530-50147544promoter 内 2864-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 50148667-50156310(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CACGACGACGTGGCA
SmilChr01G004591 Chr01 NC_080387.1:63919579-63919593promoter 内 2516-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63914506-63918108(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGATGACGTGGAA
SmilChr05G000148 Chr05 NC_080391.1:1213503-1213517promoter 内 2294-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1194552-1211810(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTCGTG
SmilChr08G000596 Chr08 NC_080394.1:4431261-4431275promoter 内 2267-2281 bp + 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4432995-4436215(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACCAT
SmilChr08G000599 Chr08 NC_080394.1:4447236-4447250promoter 内 2266-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4448971-4450899(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACCAT
SmilChr05G002707 Chr05 NC_080391.1:31122875-31122889promoter 内 2228-2242 bp + 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 31115632-31121116(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCTGCTGACGTGGCT
SmilChr08G003656 Chr08 NC_080394.1:40274698-40274712promoter 内 2154-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 40276545-40279836(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCTGCCTC
SmilChr01G004592 Chr01 NC_080387.1:63919579-63919593promoter 内 2145-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63921435-63922453(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCATCACC
SmilChr06G002236 Chr06 NC_080392.1:31636409-31636423promoter 内 1886-1900 bp - 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 31633406-31634308(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCTGCCTC
SmilChr06G000086 Chr06 NC_080392.1:626675-626689promoter 内 1739-1753 bp + 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 623048-624427(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAAGGACACGTGGCA
SmilChr05G000161 Chr05 NC_080391.1:1290685-1290699promoter 内 1715-1729 bp - 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1285097-1288413(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTCGTG
SmilChr06G002237 Chr06 NC_080392.1:31636409-31636423promoter 内 1473-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 31638937-31640624(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGCAGACGTGGCC
SmilChr05G001228 Chr05 NC_080391.1:10358597-10358611promoter 内 1353-1367 bp - 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10361245-10361646(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CACTCTGACGTGGCA
SmilChr05G003381 Chr05 NC_080391.1:44783157-44783171promoter 内 1166-1180 bp + 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44785992-44789009(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCTCG
SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45147262-45147276promoter 内 990-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 45141055-45144265(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGGCGTA
SmilChr05G000150 Chr05 NC_080391.1:1223890-1223904promoter 内 915-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1220281-1220818(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTCGTG
SmilChr06G001639 Chr06 NC_080392.1:18485390-18485404promoter 内 758-772 bp + 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 18480260-18482161(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGGTTGACGTGGCA
SmilChr08G000529 Chr08 NC_080394.1:3852551-3852565promoter 内 435-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3856117-3856763(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGCCTTG
SmilChr08G000889 Chr08 NC_080394.1:6596920-6596934promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6585624-6593244(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAGCTTACGTGGCA
SmilChr02G001164 Chr02 NC_080388.1:21232659-21232673promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21227040-21228687(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTTCATG
SmilChr01G003644 Chr01 NC_080387.1:54924275-54924289promoter 内 3155-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 54925121-54932996(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGCTGACGTGGAG
SmilChr01G004451 Chr01 NC_080387.1:62634970-62634984promoter 内 2753-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 62629453-62633736(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGATAA
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54924275-54924289promoter 内 1490-1504 bp - 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 54919370-54921778(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGCATT
SmilChr06G002430 Chr06 NC_080392.1:35073390-35073404promoter 内 928-942 bp - 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 35068295-35070331(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGCATTT
SmilChr01G003627 Chr01 NC_080387.1:54807565-54807579promoter 内 3597-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 54807969-54815816(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGCTGACGTGGAG