转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 22 / 147 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000424 Chr04 NC_080390.1:4502507-4502521promoter 内 1764-1778 bp - 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 4496291-4500284(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGAAAGTTAGGCTT
SmilChr02G004287 Chr02 NC_080388.1:65182939-65182953promoter 内 1706-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 65174032-65180658(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGCCTAACTCAGTC
SmilChr03G004284 Chr03 NC_080389.1:61260670-61260684promoter 内 1639-1653 bp + 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 61255628-61258322(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCCTAACTATCAA
SmilChr01G003194 Chr01 NC_080387.1:50690756-50690770promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 50687862-50688329(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTAGATT
SmilChr04G000109 Chr04 NC_080390.1:962303-962317promoter 内 1413-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 964891-967172(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTCTAGTTAGGTAG
SmilChr03G004544 Chr03 NC_080389.1:63436319-63436333promoter 内 1398-1412 bp - 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 63438922-63444677(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTTGAGT
SmilChr02G003044 Chr02 NC_080388.1:51234431-51234445promoter 内 1344-1358 bp - 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 51230962-51231788(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGAAAGTTAGGCTT
SmilChr02G002826 Chr02 NC_080388.1:48367736-48367750promoter 内 1113-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 48358381-48364862(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACTCTGAT
SmilChr01G004535 Chr01 NC_080387.1:63513863-63513877promoter 内 924-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 63516940-63520314(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGAAAGTTAGGCCT
SmilChr01G000486 Chr01 NC_080387.1:9929736-9929750promoter 内 827-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 9932910-9934484(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCCTAACTCACAC
SmilChr01G005937 Chr01 NC_080387.1:75121734-75121748promoter 内 234-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 75116386-75117981(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACCCTTCT
SmilChr03G001741 Chr03 NC_080389.1:23511744-23511758promoter 内 210-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 23500106-23507967(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATAGGTTAGGTTG
SmilChr03G002172 Chr03 NC_080389.1:33773027-33773041promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 33777017-33780060(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGAATGTTAGGTCG
SmilChr02G005321 Chr02 NC_080388.1:74134866-74134880promoter 内 3962-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 74096698-74134841(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCGCAGGTTAGGTGG
SmilChr01G002812 Chr01 NC_080387.1:46665265-46665279promoter 内 3953-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 46663315-46665231(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGTTAGTTAGGTAG
SmilChr01G004921 Chr01 NC_080387.1:67294231-67294245promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 67294296-67303027(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCTTAAGTTAGGTAA
SmilChr01G005189 Chr01 NC_080387.1:69594070-69594084promoter 内 3910-3924 bp + 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 69594161-69598476(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGAGTAGTTAGGCTT
SmilChr02G004175 Chr02 NC_080388.1:64039930-64039944promoter 内 3886-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 64039041-64039829(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACAAGTTAGGCCA
SmilChr03G002215 Chr03 NC_080389.1:34903875-34903889promoter 内 3545-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34901724-34903433(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTATAAGTTAGGTTG
SmilChr02G004075 Chr02 NC_080388.1:63048289-63048303promoter 内 3540-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63048750-63053190(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGTAGAGTTAGGCTA
SmilChr03G003569 Chr03 NC_080389.1:54341425-54341439promoter 内 3536-3550 bp - 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54340606-54340974(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGTAGAGTTAGGCTA
SmilChr03G002274 Chr03 NC_080389.1:35882280-35882294promoter 内 3282-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35882999-35885424(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGAGGAGTTAGGCAT
SmilChr02G000967 Chr02 NC_080388.1:16889377-16889391promoter 内 3255-3269 bp + 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 16885478-16888645(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGACCTAACATTCGT
SmilChr03G002683 Chr03 NC_080389.1:42603717-42603731promoter 内 3255-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42604463-42611829(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGACCTAACATTCGC
SmilChr04G000694 Chr04 NC_080390.1:8124870-8124884promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8123065-8124095(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGCCTAACTCACAC
SmilChr01G005986 Chr01 NC_080387.1:75489402-75489416promoter 内 3209-3223 bp - 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 75487391-75488624(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGAAGGGTTAGGTTG
SmilChr03G001717 Chr03 NC_080389.1:23044062-23044076promoter 内 2985-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23041773-23043060(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACTCTCTC
SmilChr04G000664 Chr04 NC_080390.1:7503563-7503577promoter 内 2985-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7500051-7502561(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATAGGTTAGGTTG
SmilChr01G000194 Chr01 NC_080387.1:3354667-3354681promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3351514-3353614(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGAAAATTAGGTAC
SmilChr03G001958 Chr03 NC_080389.1:27994424-27994438promoter 内 2797-2811 bp - 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27992014-27993234(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTCATAGTTAGGTAG
SmilChr01G001468 Chr01 NC_080387.1:28458825-28458839promoter 内 2411-2425 bp - 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 28460415-28464252(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACTAACCA
SmilChr03G000979 Chr03 NC_080389.1:11071066-11071080promoter 内 2402-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 11072665-11074347(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGAATGTTAGGTCG
SmilChr01G003069 Chr01 NC_080387.1:49534126-49534140promoter 内 2274-2288 bp - 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 49531191-49532413(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGAATGTTAGGTCG
SmilChr01G003287 Chr01 NC_080387.1:51554303-51554317promoter 内 2272-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 51556032-51558906(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCAGAAGTTAGGTTC
SmilChr01G000032 Chr01 NC_080387.1:552666-552680promoter 内 2261-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 549504-550940(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGCCTAACTAATCC
SmilChr03G004376 Chr03 NC_080389.1:61967083-61967097promoter 内 2242-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 61963951-61965338(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGCCTAACTAATCC
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SmilChr01G003348 Chr01 NC_080387.1:52237862-52237876promoter 内 891-905 bp - 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 52234547-52234766(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGTTGGTTAGGTAG
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SmilChr03G004375 Chr03 NC_080389.1:61967083-61967097promoter 内 798-812 bp + 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 61963128-61963894(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGCCTAACTAATCC