转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 22 / 160 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000717 Chr03 NC_080389.1:7956527-7956537promoter 内 990-1000 bp + 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 7959538-7962296(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAACTG
SmilChr01G001516 Chr01 NC_080387.1:29010294-29010304promoter 内 968-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 29002455-29007271(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAGTTACGTGG
SmilChr03G001231 Chr03 NC_080389.1:14230220-14230230promoter 内 834-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14220513-14227063(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAACTG
SmilChr02G004603 Chr02 NC_080388.1:68549623-68549633promoter 内 688-698 bp - 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 68540602-68546320(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTACGTAACCT
SmilChr03G001833 Chr03 NC_080389.1:25136987-25136997promoter 内 624-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25140364-25141017(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TAGTTACGTGA
SmilChr01G004017 Chr01 NC_080387.1:58556943-58556953promoter 内 598-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 58560346-58570392(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAACAG
SmilChr05G002113 Chr05 NC_080391.1:22165012-22165022promoter 内 128-138 bp + 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 22157781-22161149(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAGTTACGTGG
SmilChr03G002903 Chr03 NC_080389.1:45781730-45781740promoter 内 127-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45774815-45777866(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAACTA
SmilChr05G000209 Chr05 NC_080391.1:1657349-1657359promoter 内 3783-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 1657567-1663092(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAACCA
SmilChr03G003025 Chr03 NC_080389.1:47149468-47149478promoter 内 3563-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 47149906-47151958(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAGCT
SmilChr01G004837 Chr01 NC_080387.1:66510450-66510460promoter 内 2841-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 66502369-66509300(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAATTACGTGT
SmilChr01G005164 Chr01 NC_080387.1:69419372-69419382promoter 内 1798-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 69421575-69426516(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGCTTACGTGA
SmilChr04G000938 Chr04 NC_080390.1:12268220-12268230promoter 内 639-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 12271582-12273883(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGCTTACGTGA
SmilChr03G001056 Chr03 NC_080389.1:12285193-12285203promoter 内 3845-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 12282066-12285047(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTC
SmilChr02G005511 Chr02 NC_080388.1:75234847-75234857promoter 内 3844-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 75235004-75238347(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CGATTACGTGA
SmilChr05G003543 Chr05 NC_080391.1:47302061-47302071promoter 内 3814-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 47302248-47304332(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAGCT
SmilChr05G000369 Chr05 NC_080391.1:2746496-2746506promoter 内 3625-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 2746872-2748741(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CGATTACGTGA
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57319986-57319996promoter 内 3607-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 57314820-57319602(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAGCT
SmilChr02G003550 Chr02 NC_080388.1:56636755-56636765promoter 内 3600-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 56631586-56636364(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAGCT
SmilChr04G000690 Chr04 NC_080390.1:8038838-8038848promoter 内 3561-3571 bp - 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 8039278-8040309(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CGATTACGTGA
SmilChr05G000688 Chr05 NC_080391.1:5209651-5209661promoter 内 3551-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 5210101-5220252(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGCTTACGTGA
SmilChr01G000666 Chr01 NC_080387.1:14817946-14817956promoter 内 3449-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 14814848-14817404(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTC
SmilChr05G000347 Chr05 NC_080391.1:2605407-2605417promoter 内 3412-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 2603840-2604828(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAACT
SmilChr02G000545 Chr02 NC_080388.1:7520232-7520242promoter 内 3396-3406 bp - 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 7515718-7519637(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGCG
SmilChr05G001509 Chr05 NC_080391.1:13850780-13850790promoter 内 3322-3332 bp - 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 13851459-13852180(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGCTTACGTGA
SmilChr04G002803 Chr04 NC_080390.1:43943665-43943675promoter 内 2969-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 43944697-43947086(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTC
SmilChr02G001553 Chr02 NC_080388.1:28835306-28835316promoter 内 2922-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 28829532-28834237(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CGCTTACGTGC
SmilChr02G001847 Chr02 NC_080388.1:33700184-33700194promoter 内 2856-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 33701329-33702519(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAACT
SmilChr02G001937 Chr02 NC_080388.1:34776486-34776496promoter 内 2837-2847 bp - 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 34774139-34775332(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAACT
SmilChr03G004322 Chr03 NC_080389.1:61583143-61583153promoter 内 2756-2766 bp + 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 61584388-61587551(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAACCA
SmilChr03G003103 Chr03 NC_080389.1:48134113-48134123promoter 内 2184-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 48135930-48142430(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATCG
SmilChr03G003705 Chr03 NC_080389.1:55999811-55999821promoter 内 2100-2110 bp - 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 56001712-56007487(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGTTTACGTGT
SmilChr03G001816 Chr03 NC_080389.1:24834310-24834320promoter 内 1920-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 24836391-24838682(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAACCA
SmilChr03G001358 Chr03 NC_080389.1:15954018-15954028promoter 内 1736-1746 bp + 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 15956283-15958980(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTC
SmilChr01G001114 Chr01 NC_080387.1:22795701-22795711promoter 内 1467-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 22783024-22793177(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGCTTACGTGA
SmilChr02G004004 Chr02 NC_080388.1:62373782-62373792promoter 内 1420-1430 bp + 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 62376363-62378688(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGCG
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