转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014715-RA_Salv SmilChr01G002039 bHLH XP_057808459.1 MP00660 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 23 / 134 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003093 Chr04 NC_080390.1:47560476-47560483promoter 内 1913-1920 bp + 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 47562564-47565348(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G001660 Chr04 NC_080390.1:27563184-27563191promoter 内 1909-1916 bp + 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 27565276-27583680(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G002082 Chr04 NC_080390.1:33588397-33588404promoter 内 1845-1852 bp - 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 33583233-33586248(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G006057 Chr01 NC_080387.1:76031807-76031814promoter 内 1834-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 76033974-76039301(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G005470 Chr01 NC_080387.1:71691565-71691572promoter 内 1822-1829 bp - 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 71686096-71689393(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G000442 Chr02 NC_080388.1:5752235-5752242promoter 内 1777-1784 bp + 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 5754459-5756152(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6345759-6345766promoter 内 1772-1779 bp - 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 6341401-6343537(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G003045 Chr03 NC_080389.1:47341801-47341808promoter 内 1721-1728 bp + 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 47344081-47345076(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G002897 Chr02 NC_080388.1:49249167-49249174promoter 内 1688-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 49243032-49246861(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G000652 Chr01 NC_080387.1:14504839-14504846promoter 内 1606-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 14501665-14502451(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G002269 Chr01 NC_080387.1:39466686-39466693promoter 内 1585-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 39462288-39464277(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G002198 Chr04 NC_080390.1:35600632-35600639promoter 内 1552-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 35597271-35598190(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G003890 Chr02 NC_080388.1:60994027-60994034promoter 内 1503-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 60996525-60999185(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G002898 Chr02 NC_080388.1:49249167-49249174promoter 内 1489-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 49251679-49253043(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G003909 Chr04 NC_080390.1:54830361-54830368promoter 内 1477-1484 bp + 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 54832885-54835347(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G000725 Chr01 NC_080387.1:16169104-16169111promoter 内 1463-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 16171642-16173010(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G001985 Chr03 NC_080389.1:29030844-29030851promoter 内 1403-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 29033442-29034056(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G003211 Chr03 NC_080389.1:49713865-49713872promoter 内 1372-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 49716494-49725592(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G000382 Chr05 NC_080391.1:2875337-2875344promoter 内 1341-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 2877997-2880591(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G002494 Chr01 NC_080387.1:42692878-42692885promoter 内 1330-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 42685787-42690214(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G000014 Chr03 NC_080389.1:140759-140766promoter 内 1171-1178 bp + 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 143589-147616(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G001347 Chr03 NC_080389.1:15718475-15718482promoter 内 1121-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 15714463-15715602(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G000193 Chr01 NC_080387.1:3339147-3339154promoter 内 1093-1100 bp + 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 3342055-3344608(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G002800 Chr04 NC_080390.1:43908648-43908655promoter 内 1070-1077 bp + 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 43911579-43912436(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G000605 Chr05 NC_080391.1:4561767-4561774promoter 内 1060-1067 bp - 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 4555374-4558833(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G002910 Chr03 NC_080389.1:45860498-45860505promoter 内 903-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 45856219-45857407(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G000731 Chr01 NC_080387.1:16271222-16271229promoter 内 828-835 bp - 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 16265866-16268056(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G001021 Chr04 NC_080390.1:14302047-14302054promoter 内 746-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 14305302-14306364(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G000357 Chr02 NC_080388.1:4606367-4606374promoter 内 730-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 4601080-4603103(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G002544 Chr05 NC_080391.1:28416194-28416201promoter 内 690-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 28419505-28428657(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G004325 Chr03 NC_080389.1:61618346-61618353promoter 内 600-607 bp - 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 61614255-61614952(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G000853 Chr01 NC_080387.1:18417557-18417564promoter 内 564-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 18412557-18414127(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G002045 Chr03 NC_080389.1:30967350-30967357promoter 内 563-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 30960883-30963919(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G004367 Chr02 NC_080388.1:65961047-65961054promoter 内 517-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 65964531-65967999(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G005150 Chr01 NC_080387.1:69276364-69276371promoter 内 246-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 69266267-69272616(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G005495 Chr02 NC_080388.1:75109671-75109678promoter 内 246-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 75104660-75105923(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
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