靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00014715-RA_Salv |
SmilChr01G002039 |
bHLH | XP_057808459.1 |
MP00660 |
CCACGTGC |
9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 23 / 134 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G003093 |
Chr04 | NC_080390.1:47560476-47560483promoter 内 1913-1920 bp |
+ | 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 47562564-47565348(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr04G001660 |
Chr04 | NC_080390.1:27563184-27563191promoter 内 1909-1916 bp |
+ | 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 27565276-27583680(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr04G002082 |
Chr04 | NC_080390.1:33588397-33588404promoter 内 1845-1852 bp |
- | 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 33583233-33586248(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G006057 |
Chr01 | NC_080387.1:76031807-76031814promoter 内 1834-1841 bp |
+ | 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 76033974-76039301(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G005470 |
Chr01 | NC_080387.1:71691565-71691572promoter 内 1822-1829 bp |
- | 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 71686096-71689393(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr02G000442 |
Chr02 | NC_080388.1:5752235-5752242promoter 内 1777-1784 bp |
+ | 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 5754459-5756152(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr02G000469 |
Chr02 | NC_080388.1:6345759-6345766promoter 内 1772-1779 bp |
- | 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 6341401-6343537(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr03G003045 |
Chr03 | NC_080389.1:47341801-47341808promoter 内 1721-1728 bp |
+ | 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 47344081-47345076(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr02G002897 |
Chr02 | NC_080388.1:49249167-49249174promoter 内 1688-1695 bp |
- | 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 49243032-49246861(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G000652 |
Chr01 | NC_080387.1:14504839-14504846promoter 内 1606-1613 bp |
- | 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 14501665-14502451(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G002269 |
Chr01 | NC_080387.1:39466686-39466693promoter 内 1585-1592 bp |
- | 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 39462288-39464277(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr04G002198 |
Chr04 | NC_080390.1:35600632-35600639promoter 内 1552-1559 bp |
- | 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 35597271-35598190(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr02G003890 |
Chr02 | NC_080388.1:60994027-60994034promoter 内 1503-1510 bp |
+ | 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 60996525-60999185(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr02G002898 |
Chr02 | NC_080388.1:49249167-49249174promoter 内 1489-1496 bp |
+ | 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 49251679-49253043(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr04G003909 |
Chr04 | NC_080390.1:54830361-54830368promoter 内 1477-1484 bp |
+ | 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 54832885-54835347(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G000725 |
Chr01 | NC_080387.1:16169104-16169111promoter 内 1463-1470 bp |
+ | 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 16171642-16173010(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr03G001985 |
Chr03 | NC_080389.1:29030844-29030851promoter 内 1403-1410 bp |
+ | 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 29033442-29034056(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr03G003211 |
Chr03 | NC_080389.1:49713865-49713872promoter 内 1372-1379 bp |
+ | 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 49716494-49725592(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr05G000382 |
Chr05 | NC_080391.1:2875337-2875344promoter 内 1341-1348 bp |
+ | 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 2877997-2880591(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G002494 |
Chr01 | NC_080387.1:42692878-42692885promoter 内 1330-1337 bp |
- | 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 42685787-42690214(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr03G000014 |
Chr03 | NC_080389.1:140759-140766promoter 内 1171-1178 bp |
+ | 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 143589-147616(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr03G001347 |
Chr03 | NC_080389.1:15718475-15718482promoter 内 1121-1128 bp |
- | 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 15714463-15715602(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G000193 |
Chr01 | NC_080387.1:3339147-3339154promoter 内 1093-1100 bp |
+ | 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 3342055-3344608(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr04G002800 |
Chr04 | NC_080390.1:43908648-43908655promoter 内 1070-1077 bp |
+ | 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 43911579-43912436(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr05G000605 |
Chr05 | NC_080391.1:4561767-4561774promoter 内 1060-1067 bp |
- | 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 4555374-4558833(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr03G002910 |
Chr03 | NC_080389.1:45860498-45860505promoter 内 903-910 bp |
- | 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 45856219-45857407(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G000731 |
Chr01 | NC_080387.1:16271222-16271229promoter 内 828-835 bp |
- | 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 16265866-16268056(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr04G001021 |
Chr04 | NC_080390.1:14302047-14302054promoter 内 746-753 bp |
+ | 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 14305302-14306364(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr02G000357 |
Chr02 | NC_080388.1:4606367-4606374promoter 内 730-737 bp |
- | 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 4601080-4603103(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr05G002544 |
Chr05 | NC_080391.1:28416194-28416201promoter 内 690-697 bp |
+ | 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 28419505-28428657(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr03G004325 |
Chr03 | NC_080389.1:61618346-61618353promoter 内 600-607 bp |
- | 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 61614255-61614952(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr01G000853 |
Chr01 | NC_080387.1:18417557-18417564promoter 内 564-571 bp |
- | 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 18412557-18414127(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
GCACGTGC |
SmilChr03G002045 |
Chr03 | NC_080389.1:30967350-30967357promoter 内 563-570 bp |
- | 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 30960883-30963919(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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Chr02 | NC_080388.1:65961047-65961054promoter 内 517-524 bp |
+ | 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 65964531-65967999(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
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SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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Chr02 | NC_080388.1:75109671-75109678promoter 内 246-253 bp |
- | 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 75104660-75105923(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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Chr05 | NC_080391.1:57015908-57015915promoter 内 239-246 bp |
+ | 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 57019670-57023424(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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+ | 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 57482440-57483765(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
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- | 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 59753881-59755935(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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+ | 3993 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 4615882-4618242(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
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- | 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 4155552-4157827(-) |
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+ | 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 22513667-22517670(+) |
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+ | 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 45799045-45801818(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
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- | 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 26751519-26768610(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
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SMil_00014715-RA_Salv |
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+ | 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 5451674-5453237(+) |
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- | 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 7470144-7471001(-) |
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Chr05 | NC_080391.1:11917194-11917201promoter 内 3937-3944 bp |
+ | 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 11917258-11918783(+) |
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MP00660 |
GCACGTGC |