转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003805; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020790-RA_Salv SmilChr04G003805 MIKC_MADS XP_057805691.1 MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAAAAA

可能结合的靶基因

9567 个结合位点 7291 个候选靶基因 第 23 / 146 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001080 Chr07 NC_080393.1:7923703-7923721promoter 内 3458-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7924246-7926985(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGCCAAAAAAGGAAAGGA
SmilChr08G002323 Chr08 NC_080394.1:21892688-21892706promoter 内 3446-3464 bp - 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21888815-21892151(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCTAAAAAGGAAAATG
SmilChr06G000725 Chr06 NC_080392.1:6681821-6681839promoter 内 3284-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 6682538-6705928(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAAGGG
SmilChr02G003252 Chr02 NC_080388.1:53819097-53819115promoter 内 3276-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53815197-53818390(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAAGGG
SmilChr06G000770 Chr06 NC_080392.1:7197406-7197424promoter 内 2924-2942 bp - 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7198483-7202522(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TCCTTTCCTTTTTTGGCAT
SmilChr08G002897 Chr08 NC_080394.1:28866613-28866631promoter 内 2858-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 28861171-28865488(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ACATTTCCTTTTTGGGTAA
SmilChr02G004684 Chr02 NC_080388.1:69151056-69151074promoter 内 2673-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69146806-69149746(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTCATTCCATTTTTGGCAA
SmilChr02G004685 Chr02 NC_080388.1:69151056-69151074promoter 内 2608-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69152449-69154089(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAATGGAATGAA
SmilChr06G000756 Chr06 NC_080392.1:7009671-7009689promoter 内 2590-2608 bp + 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7011082-7017800(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGCCAAAAAAGGAAAGGA
SmilChr03G004616 Chr03 NC_080389.1:63868703-63868721promoter 内 2552-2570 bp - 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63865566-63867272(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGCCAAAAAAGGAAAGGA
SmilChr06G003005 Chr06 NC_080392.1:42923062-42923080promoter 内 2516-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 42916904-42921595(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCCTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr03G004450 Chr03 NC_080389.1:62630970-62630988promoter 内 2196-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 62632775-62637431(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGCCAAAAAAGGAAAGGA
SmilChr03G000273 Chr03 NC_080389.1:3120548-3120566promoter 内 2083-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3115970-3118648(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TCCTTTCCTTTTTTGGCAT
SmilChr04G001518 Chr04 NC_080390.1:25062342-25062360promoter 内 1906-1924 bp + 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 25053188-25060265(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TCCTTTCCTTTTTTGGCAT
SmilChr05G002956 Chr05 NC_080391.1:35708643-35708661promoter 内 1654-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 35710990-35712081(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAATAAGGTAAAAA
SmilChr01G000443 Chr01 NC_080387.1:9002482-9002500promoter 内 1512-1530 bp + 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8995181-9000011(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTTTTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr03G001737 Chr03 NC_080389.1:23391573-23391591promoter 内 1269-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 23387307-23388859(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAATAAGGTAAAAA
SmilChr05G003840 Chr05 NC_080391.1:51857405-51857423promoter 内 3211-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 51846027-51856633(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CAGTTTCCTTTTTGGGTAA
SmilChr02G001665 Chr02 NC_080388.1:30921072-30921090promoter 内 3005-3023 bp + 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 30916630-30920094(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CAGTTTCCTTTTTGGGTAA
SmilChr05G003842 Chr05 NC_080391.1:51857405-51857423promoter 内 425-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 51860981-51863738(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCCAAAAAGGAAACTG
SmilChr08G002232 Chr08 NC_080394.1:20407342-20407360promoter 内 3477-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 20407866-20418641(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CAGTTTCCTTTTTGGGTAA
SmilChr04G000621 Chr04 NC_080390.1:7038742-7038760promoter 内 3290-3308 bp - 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 7037654-7038049(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCCAAAAAGGAAACTG
SmilChr03G002394 Chr03 NC_080389.1:37896055-37896073promoter 内 2676-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 37891304-37894748(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAAGAAACAT
SmilChr04G003597 Chr04 NC_080390.1:52404568-52404586promoter 内 1323-1341 bp + 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 52407246-52410129(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAAGAAACAT
SmilChr06G001820 Chr06 NC_080392.1:21354797-21354815promoter 内 3758-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 21355040-21355777(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CAGTTTCCTTTTTGGGTAA
SmilChr06G001821 Chr06 NC_080392.1:21354797-21354815promoter 内 2761-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 21356037-21358885(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CAGTTTCCTTTTTGGGTAA
SmilChr02G005173 Chr02 NC_080388.1:73037243-73037261promoter 内 2534-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 73031943-73035794(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TATTTTCCTTTTTGAGTAA
SmilChr03G002494 Chr03 NC_080389.1:39720544-39720562promoter 内 2464-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 39722081-39724770(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATTTTTCTCTTTTTGGAAA
SmilChr08G004794 Chr08 NC_080394.1:57246460-57246478promoter 内 2165-2183 bp + 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 57248296-57250270(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCCAAAAAGGAAACTG
SmilChr01G000055 Chr01 NC_080387.1:859139-859157promoter 内 1698-1716 bp + 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 861442-864013(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAAGAAACAT
SmilChr01G001035 Chr01 NC_080387.1:21500083-21500101promoter 内 1185-1203 bp + 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 21502899-21503822(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCCAAAAAGGAAACTG
SmilChr02G002856 Chr02 NC_080388.1:48761297-48761315promoter 内 504-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 48764794-48768703(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CAGTTTCCTTTTTGGGTAA
SmilChr01G002743 Chr01 NC_080387.1:45732125-45732143promoter 内 3662-3680 bp - 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45732464-45733904(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTCTTTCCTTATTTGGAAA
SmilChr07G000162 Chr07 NC_080393.1:963758-963776promoter 内 3556-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 964203-966755(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCTTTTTTTGGCAA
SmilChr08G003737 Chr08 NC_080394.1:42244995-42245013promoter 内 3450-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42240920-42244462(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAATAAGGAAAGAC
SmilChr07G000161 Chr07 NC_080393.1:963758-963776promoter 内 2707-2725 bp - 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 960392-962482(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAAGAAACAT
SmilChr04G000417 Chr04 NC_080390.1:4380749-4380767promoter 内 1993-2011 bp + 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4369893-4378759(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCTTTTTTTGGCAA
SmilChr01G003156 Chr01 NC_080387.1:50363872-50363890promoter 内 3819-3837 bp + 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 50364054-50367034(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TATCCAAAAATGGAAATAA
SmilChr01G003197 Chr01 NC_080387.1:50739285-50739303promoter 内 3715-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 50734261-50739017(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCAAAAAAAGAAATAA
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SmilChr06G001514 Chr06 NC_080392.1:16197015-16197033promoter 内 2643-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 16191720-16195675(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCGTTTCCTTTTTTGGAAA
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SmilChr08G000182 Chr08 NC_080394.1:1243230-1243248promoter 内 2628-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1241737-1241875(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAAGTAAAAA
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SmilChr05G001132 Chr05 NC_080391.1:9463037-9463055promoter 内 2427-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9460812-9461481(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCCGAAAAGGAAAAAG