转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 23 / 162 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000307 Chr06 NC_080392.1:2221160-2221174promoter 内 3895-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2221266-2224612(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCGGAAAAGCCGATT
SmilChr01G000358 Chr01 NC_080387.1:7395293-7395307promoter 内 3876-3890 bp - 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7392108-7395182(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGGTGGCTTTTGGAA
SmilChr03G003494 Chr03 NC_080389.1:53513648-53513662promoter 内 3846-3860 bp + 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53508101-53513507(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGCGAAAAGCCGAAA
SmilChr06G001462 Chr06 NC_080392.1:15487767-15487781promoter 内 3812-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 15487956-15489260(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTTTTCACC
SmilChr06G000310 Chr06 NC_080392.1:2234880-2234894promoter 内 3793-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2235088-2238621(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCGGAAAAGCCGATT
SmilChr01G000754 Chr01 NC_080387.1:16623650-16623664promoter 内 3517-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16616861-16623180(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTGAAAAGCCAAGG
SmilChr02G000445 Chr02 NC_080388.1:5832276-5832290promoter 内 3373-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5829772-5831662(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAGGACAGAA
SmilChr02G005309 Chr02 NC_080388.1:73995006-73995020promoter 内 3254-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 73995753-73997638(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTGAAAAGCCAAAA
SmilChr07G003819 Chr07 NC_080393.1:47174277-47174291promoter 内 2910-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47171743-47173200(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAGGACAGAA
SmilChr04G000595 Chr04 NC_080390.1:6666015-6666029promoter 内 2909-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6662870-6664937(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCGTGGCTTTTGGTG
SmilChr05G004387 Chr05 NC_080391.1:57328037-57328051promoter 内 2892-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57329146-57330465(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTGAAAAGCCAAAA
SmilChr02G004601 Chr02 NC_080388.1:68530809-68530823promoter 内 2728-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68532082-68534809(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCAAAAGCCAAAA
SmilChr02G005308 Chr02 NC_080388.1:73995006-73995020promoter 内 2529-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 73991125-73993548(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTCACA
SmilChr08G003938 Chr08 NC_080394.1:47116973-47116987promoter 内 2437-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47118537-47118643(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGCGAAAAGTCAGAT
SmilChr01G004278 Chr01 NC_080387.1:61010102-61010116promoter 内 2310-2324 bp + 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 61005525-61008425(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGCCAAGC
SmilChr01G000359 Chr01 NC_080387.1:7395293-7395307promoter 内 2002-2016 bp - 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7397292-7399378(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCCAAAAGCCACCG
SmilChr06G000309 Chr06 NC_080392.1:2234880-2234894promoter 内 1755-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2229740-2232648(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATCGGCTTTTCCGA
SmilChr02G001592 Chr02 NC_080388.1:29694175-29694189promoter 内 1707-1721 bp - 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 29688601-29691895(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
SmilChr02G000540 Chr02 NC_080388.1:7434154-7434168promoter 内 1656-1670 bp + 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7436499-7439737(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
SmilChr07G003484 Chr07 NC_080393.1:39261018-39261032promoter 内 1596-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 39263423-39266621(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
SmilChr01G000774 Chr01 NC_080387.1:16864984-16864998promoter 内 1583-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16859469-16862580(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
SmilChr08G003979 Chr08 NC_080394.1:47871096-47871110promoter 内 1553-1567 bp - 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47873544-47881074(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCGAAAAGGCAAAC
SmilChr03G002059 Chr03 NC_080389.1:31363806-31363820promoter 内 1492-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31366315-31369436(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
SmilChr06G002267 Chr06 NC_080392.1:32336530-32336544promoter 内 1467-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32339064-32342094(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
SmilChr02G000428 Chr02 NC_080388.1:5482716-5482730promoter 内 1446-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5477351-5480175(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
SmilChr08G004931 Chr08 NC_080394.1:58206653-58206667promoter 内 1436-1450 bp + 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 58209218-58211229(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGCCTTTTCGAT
SmilChr03G001881 Chr03 NC_080389.1:26119080-26119094promoter 内 1419-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26121662-26124643(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
SmilChr08G003676 Chr08 NC_080394.1:40919185-40919199promoter 内 1384-1398 bp - 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40921802-40922920(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGTGAAGAGCCAAAA
SmilChr06G000683 Chr06 NC_080392.1:6053132-6053146promoter 内 1290-1304 bp - 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6045857-6050435(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGGTGGCTTTTGGAA
SmilChr06G003187 Chr06 NC_080392.1:44769501-44769515promoter 内 1194-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 44772308-44779839(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTCAAAAGCCAGAC
SmilChr02G003548 Chr02 NC_080388.1:56630335-56630349promoter 内 1134-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56620362-56627482(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGCCTTTTCGAC
SmilChr02G003606 Chr02 NC_080388.1:57313387-57313401promoter 内 1044-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57304569-57310444(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGCCTTTTCGAC
SmilChr06G000306 Chr06 NC_080392.1:2221160-2221174promoter 内 716-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2210189-2217889(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATCGGCTTTTCCGA
SmilChr01G002643 Chr01 NC_080387.1:44697271-44697285promoter 内 619-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 44700653-44702525(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCAAAAGCCAAAA
SmilChr08G003937 Chr08 NC_080394.1:47116973-47116987promoter 内 611-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47111718-47113597(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCTGACTTTTCGCG
SmilChr08G003744 Chr08 NC_080394.1:42428121-42428135promoter 内 607-621 bp + 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 42431515-42433660(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCGGCTTTTCGAA
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