转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 25 / 151 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003911 Chr02 NC_080388.1:61200221-61200233promoter 内 3848-3860 bp + 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 61195543-61200080(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTAGG
SmilChr01G003376 Chr01 NC_080387.1:52451298-52451310promoter 内 3756-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 52450397-52451065(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTAAC
SmilChr02G003091 Chr02 NC_080388.1:51776599-51776611promoter 内 3740-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51773436-51776350(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTAGG
SmilChr01G001418 Chr01 NC_080387.1:27767824-27767836promoter 内 3702-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 27763875-27767537(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTAGG
SmilChr02G003299 Chr02 NC_080388.1:54278747-54278759promoter 内 3656-3668 bp - 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 54252125-54278414(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr05G000394 Chr05 NC_080391.1:2967369-2967381promoter 内 3624-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 2967746-2970156(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr03G000586 Chr03 NC_080389.1:6523844-6523856promoter 内 3589-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 6524256-6527552(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr04G001949 Chr04 NC_080390.1:31619947-31619959promoter 内 3575-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 31618427-31619533(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr01G002832 Chr01 NC_080387.1:46933118-46933130promoter 内 3536-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 46933583-46934074(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr01G005407 Chr01 NC_080387.1:71329772-71329784promoter 内 3536-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 71327720-71329319(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTCA
SmilChr03G000726 Chr03 NC_080389.1:8192735-8192747promoter 内 3531-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 8193205-8194763(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGGTAGGTAAA
SmilChr02G005012 Chr02 NC_080388.1:71918782-71918794promoter 内 3529-3541 bp - 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 71914545-71918322(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr02G000852 Chr02 NC_080388.1:14506300-14506312promoter 内 3495-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 14501828-14505806(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTATT
SmilChr02G000858 Chr02 NC_080388.1:14722326-14722338promoter 内 3471-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 14717713-14721808(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTATT
SmilChr01G000675 Chr01 NC_080387.1:14953106-14953118promoter 内 3369-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 14951533-14952486(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCAGC
SmilChr01G003654 Chr01 NC_080387.1:54995188-54995200promoter 内 3314-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 54995875-54999867(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTAGG
SmilChr02G000385 Chr02 NC_080388.1:4799105-4799117promoter 内 3299-3311 bp + 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 4799807-4804233(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTATT
SmilChr01G002895 Chr01 NC_080387.1:47653533-47653545promoter 内 3292-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 47654242-47656712(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr04G001422 Chr04 NC_080390.1:23148495-23148507promoter 内 3276-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 23149220-23158067(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTAGG
SmilChr02G003845 Chr02 NC_080388.1:60211662-60211674promoter 内 3228-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 60206723-60210901(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACCAAA
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57224296-57224308promoter 内 3225-3237 bp - 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 57216925-57223532(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr03G002579 Chr03 NC_080389.1:41005554-41005566promoter 内 2979-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 41006576-41010508(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr01G003276 Chr01 NC_080387.1:51467832-51467844promoter 内 2880-2892 bp + 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51463545-51466723(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTAAG
SmilChr01G002625 Chr01 NC_080387.1:44533769-44533781promoter 内 2855-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 44534915-44543927(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTACCTACCATA
SmilChr05G001893 Chr05 NC_080391.1:19246865-19246877promoter 内 2837-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 19248029-19249619(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACCAAA
SmilChr03G003511 Chr03 NC_080389.1:53722373-53722385promoter 内 2770-2782 bp - 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 53716724-53721154(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACTACT
SmilChr05G001649 Chr05 NC_080391.1:15482116-15482128promoter 内 2759-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 15483358-15488300(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGGGTAGGTGCG
SmilChr04G000827 Chr04 NC_080390.1:10408833-10408845promoter 内 2746-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 10406469-10407590(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTAGG
SmilChr01G002556 Chr01 NC_080387.1:43692172-43692184promoter 内 2695-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 43686050-43690878(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGGTAGGTAAA
SmilChr01G005505 Chr01 NC_080387.1:71909813-71909825promoter 内 2650-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 71906613-71908474(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr04G001471 Chr04 NC_080390.1:24146927-24146939promoter 内 2595-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 24148333-24148852(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACCAAA
SmilChr04G003904 Chr04 NC_080390.1:54814683-54814695promoter 内 2446-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 54810042-54813140(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTGCG
SmilChr02G000506 Chr02 NC_080388.1:6968501-6968513promoter 内 2139-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 6958277-6966651(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACTATT
SmilChr05G000065 Chr05 NC_080391.1:319787-319799promoter 内 2114-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 316771-317912(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA
SmilChr01G000596 Chr01 NC_080387.1:12973209-12973221promoter 内 2100-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 12975110-12977951(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCAGC
SmilChr04G003601 Chr04 NC_080390.1:52453542-52453554promoter 内 2087-2099 bp + 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 52450900-52451640(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATAGTAGGTAGA
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SmilChr01G004186 Chr01 NC_080387.1:60287789-60287801promoter 内 1648-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 60290142-60296371(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACCAAA
SmilChr04G004039 Chr04 NC_080390.1:55616689-55616701promoter 内 1411-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 55612476-55614111(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGTAGGTAAC
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SmilChr02G002601 Chr02 NC_080388.1:45148785-45148797promoter 内 1209-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 45151577-45154195(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGGTAGGTAAA
SmilChr04G002214 Chr04 NC_080390.1:35832633-35832645promoter 内 1167-1179 bp + 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 35829269-35829811(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGTAGGTAGG
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SmilChr05G000533 Chr05 NC_080391.1:4082004-4082016promoter 内 840-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 4077156-4078855(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTA