转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 25 / 121 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002950 Chr02 NC_080388.1:50039707-50039721promoter 内 3218-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 50038232-50038938(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCGGTCT
SmilChr02G000377 Chr02 NC_080388.1:4757790-4757804promoter 内 2855-2869 bp + 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 4758936-4763213(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAATGGATCTGAT
SmilChr01G003031 Chr01 NC_080387.1:49357297-49357311promoter 内 2736-2750 bp - 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 49353674-49356046(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGACCGAGATCTGAG
SmilChr01G004473 Chr01 NC_080387.1:62825590-62825604promoter 内 2723-2737 bp - 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 62826868-62826970(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGGCATT
SmilChr03G003504 Chr03 NC_080389.1:53654584-53654598promoter 内 2443-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 53647339-53653040(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCGGTCT
SmilChr01G003775 Chr01 NC_080387.1:56159229-56159243promoter 内 1897-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56154167-56157139(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGAATGGATCTGAG
SmilChr03G003505 Chr03 NC_080389.1:53654584-53654598promoter 内 1893-1907 bp + 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 53656692-53659401(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGACCGAGATCTGAG
SmilChr03G001886 Chr03 NC_080389.1:26264050-26264064promoter 内 1684-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 26266367-26267052(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGATGCA
SmilChr05G000750 Chr05 NC_080391.1:5812158-5812172promoter 内 1464-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5806255-5809635(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGACACC
SmilChr01G000815 Chr01 NC_080387.1:17602237-17602251promoter 内 892-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17598615-17599142(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAACTAGATCTCAC
SmilChr01G001126 Chr01 NC_080387.1:22866995-22867009promoter 内 580-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 22861750-22863588(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATATGGATCTGAT
SmilChr03G002444 Chr03 NC_080389.1:38831564-38831578promoter 内 573-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 38834992-38837166(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATATGGATCTGAT
SmilChr01G000655 Chr01 NC_080387.1:14568572-14568586promoter 内 572-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 14572001-14574106(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATATGGATCTGAT
SmilChr03G001339 Chr03 NC_080389.1:15625329-15625343promoter 内 474-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 15628856-15634931(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATATGGATCTGAT
SmilChr01G000677 Chr01 NC_080387.1:14967738-14967752promoter 内 444-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 14961806-14964195(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGAGAT
SmilChr01G001600 Chr01 NC_080387.1:30165186-30165200promoter 内 246-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 30158031-30161445(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTTGGATCTGAA
SmilChr03G000424 Chr03 NC_080389.1:4602502-4602516promoter 内 185-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 4606318-4613616(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATTTCT
SmilChr01G002201 Chr01 NC_080387.1:38287948-38287962promoter 内 57-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 38291892-38292689(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCCCTAGATCTGAA
SmilChr04G000072 Chr04 NC_080390.1:666095-666109promoter 内 44-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 670052-670942(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTTGGATCTGAA
SmilChr03G001249 Chr03 NC_080389.1:14411698-14411712promoter 内 2021-2035 bp + 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 6 14408286-14409732(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGCAGC
SmilChr03G001250 Chr03 NC_080389.1:14411698-14411712promoter 内 993-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 6 14414706-14416735(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTGCCAGATCTGGA
SmilChr02G003089 Chr02 NC_080388.1:51772320-51772334promoter 内 3061-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 51769788-51771394(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGTCGAGATCTGAG
SmilChr01G000861 Chr01 NC_080387.1:18528122-18528136promoter 内 2942-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 18525937-18527077(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCGCTGGATCTGAG
SmilChr01G005608 Chr01 NC_080387.1:72617265-72617279promoter 内 2807-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 72613265-72616085(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGAATT
SmilChr02G003090 Chr02 NC_080388.1:51772320-51772334promoter 内 2748-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 51770533-51771081(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGTCGAGATCTGAG
SmilChr01G001282 Chr01 NC_080387.1:25602710-25602724promoter 内 3719-3733 bp + 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 25600152-25602442(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTGGTTGC
SmilChr03G000937 Chr03 NC_080389.1:10667568-10667582promoter 内 3265-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 10668304-10679602(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCGAGATCTGAT
SmilChr02G003980 Chr02 NC_080388.1:62059253-62059267promoter 内 3169-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 62060085-62064416(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCGACGT
SmilChr01G001283 Chr01 NC_080387.1:25602710-25602724promoter 内 2861-2875 bp + 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 25603850-25605025(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAACCAGATCTGTA
SmilChr03G000206 Chr03 NC_080389.1:2362532-2362546promoter 内 2176-2190 bp + 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 2364357-2367604(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCATCCAGATCTGCT
SmilChr04G002796 Chr04 NC_080390.1:43823383-43823397promoter 内 1941-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 43820057-43821337(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCGGAG
SmilChr02G002362 Chr02 NC_080388.1:41398279-41398293promoter 内 1883-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 41400397-41402231(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTCGCC
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64421677-64421691promoter 内 1297-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 64424381-64430938(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTAGATCTGCA
SmilChr02G003194 Chr02 NC_080388.1:53089652-53089666promoter 内 1181-1195 bp + 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 53092472-53093646(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAACAGATCTGAA
SmilChr02G002022 Chr02 NC_080388.1:36447036-36447050promoter 内 821-835 bp + 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 36450216-36450997(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGTCGAGATCTGAG
SmilChr03G001170 Chr03 NC_080389.1:13455822-13455836promoter 内 551-565 bp - 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 13459272-13460810(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGCGGC
SmilChr02G001970 Chr02 NC_080388.1:35659279-35659293promoter 内 173-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 35655041-35655465(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAACAGATCTGAA
SmilChr03G002077 Chr03 NC_080389.1:31780840-31780854promoter 内 3918-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 31778762-31780771(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCCGATCTAGATCC
SmilChr03G000459 Chr03 NC_080389.1:4905934-4905948promoter 内 3752-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 4902541-4905699(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTACATGC
SmilChr02G004445 Chr02 NC_080388.1:66805976-66805990promoter 内 3721-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 66804618-66805710(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCCGATCTAGATCC
SmilChr01G001078 Chr01 NC_080387.1:22219917-22219931promoter 内 3719-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 22215795-22219649(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAACAGATCTGAA
SmilChr02G001548 Chr02 NC_080388.1:28774074-28774088promoter 内 2982-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 28775093-28778230(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTATAATC
SmilChr04G001636 Chr04 NC_080390.1:27169263-27169277promoter 内 2635-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 27170629-27173270(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGACACAGATCTGAA
SmilChr03G000936 Chr03 NC_080389.1:10667568-10667582promoter 内 2359-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 10662885-10665940(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCGAGCC
SmilChr01G003035 Chr01 NC_080387.1:49369536-49369550promoter 内 1927-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 49371610-49374044(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGCTGG
SmilChr01G004831 Chr01 NC_080387.1:66451823-66451837promoter 内 1746-1760 bp - 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 66440004-66449582(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGACAGATCTGAG
SmilChr02G005134 Chr02 NC_080388.1:72789242-72789256promoter 内 1692-1706 bp + 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 72781753-72786947(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTGTCT
SmilChr02G005135 Chr02 NC_080388.1:72789242-72789256promoter 内 1658-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 72791585-72794428(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGACACAGATCTGAA
SmilChr01G001970 Chr01 NC_080387.1:35092801-35092815promoter 内 1555-1569 bp + 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 35095247-35097432(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCCAGATCTGAT
SmilChr04G001719 Chr04 NC_080390.1:28443540-28443554promoter 内 1457-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 28446084-28449000(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTTTCA