靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00001298-RA_Salv |
SmilChr05G001961 |
MIKC_MADS | XP_057766054.1 |
MP00077 |
TTCCAAAAATGGAAA |
9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 26 / 123 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G003691 |
Chr02 | NC_080388.1:58329686-58329700promoter 内 2874-2888 bp |
+ | 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 58325837-58328573(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TATCCATTTTGGGTA |
SmilChr01G005500 |
Chr01 | NC_080387.1:71891309-71891323promoter 内 2622-2636 bp |
+ | 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 71888810-71889944(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTGCCATTTTGGGGC |
SmilChr01G002795 |
Chr01 | NC_080387.1:46447636-46447650promoter 内 2410-2424 bp |
+ | 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 46449227-46450838(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
CTCTAAAAATGGAAA |
SmilChr02G005590 |
Chr02 | NC_080388.1:75690017-75690031promoter 内 2364-2378 bp |
+ | 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 75687281-75688394(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTCTGGCA |
SmilChr02G005592 |
Chr02 | NC_080388.1:75690017-75690031promoter 内 1961-1975 bp |
+ | 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 75687908-75687991(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTCTGGCA |
SmilChr02G005594 |
Chr02 | NC_080388.1:75690017-75690031promoter 内 1498-1512 bp |
+ | 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 75692520-75693781(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TGCCAGAAATGGAAA |
SmilChr02G005591 |
Chr02 | NC_080388.1:75690017-75690031promoter 内 1493-1507 bp |
+ | 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 75687379-75687523(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTCTGGCA |
SmilChr01G003292 |
Chr01 | NC_080387.1:51606721-51606735promoter 内 111-125 bp |
- | 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 51610611-51610717(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TATCCATTTTGGGAT |
SmilChr01G004751 |
Chr01 | NC_080387.1:65687006-65687020promoter 内 3407-3421 bp |
+ | 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 65684443-65686426(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTGCCATTTTTGTAA |
SmilChr01G003839 |
Chr01 | NC_080387.1:56737991-56738005promoter 内 3255-3269 bp |
- | 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 56738737-56743534(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TAGCCACTTTTGGAG |
SmilChr01G002794 |
Chr01 | NC_080387.1:46447636-46447650promoter 内 2646-2660 bp |
+ | 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 46443274-46446295(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTTTAGAG |
SmilChr01G004728 |
Chr01 | NC_080387.1:65463236-65463250promoter 内 2113-2127 bp |
+ | 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 65459020-65461362(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTGCTATTTTTGGTT |
SmilChr01G002295 |
Chr01 | NC_080387.1:39776787-39776801promoter 内 2074-2088 bp |
- | 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 39778714-39782298(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTTTGTTA |
SmilChr02G002701 |
Chr02 | NC_080388.1:46843978-46843992promoter 内 2000-2014 bp |
+ | 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 46845979-46850611(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TAACAAAAATGGAAA |
SmilChr02G005569 |
Chr02 | NC_080388.1:75592206-75592220promoter 内 1212-1226 bp |
- | 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 75584703-75589431(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
ATACAAAAATGGAAA |
SmilChr02G005593 |
Chr02 | NC_080388.1:75693773-75693787promoter 内 743-757 bp |
+ | 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 75688723-75690529(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTTTGTAT |
SmilChr01G005878 |
Chr01 | NC_080387.1:74727629-74727643promoter 内 606-620 bp |
+ | 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 74721717-74724248(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
CTTCCACTTTTGGAC |
SmilChr02G003639 |
Chr02 | NC_080388.1:57750502-57750516promoter 内 19-33 bp |
+ | 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 4 | 57745816-57746534(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCTTTTTTTGGTT |
SmilChr01G003684 |
Chr01 | NC_080387.1:55229203-55229217promoter 内 2134-2148 bp |
+ | 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 55231070-55233619(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TACCAAAAAAGGAAG |
SmilChr01G002462 |
Chr01 | NC_080387.1:42296201-42296215promoter 内 1475-1489 bp |
+ | 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 42298727-42301733(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AACCAAAAAAAGAAA |
SmilChr02G002659 |
Chr02 | NC_080388.1:46023460-46023474promoter 内 616-630 bp |
+ | 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 46018745-46020089(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TGACCACTTTTGGAA |
SmilChr02G005316 |
Chr02 | NC_080388.1:74051012-74051026promoter 内 300-314 bp |
+ | 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 74044426-74047325(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTACCATTTTGGGGT |
SmilChr01G005659 |
Chr01 | NC_080387.1:72932747-72932761promoter 内 118-132 bp |
- | 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 3 | 72936630-72940415(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCTCTTTTTGGCA |
SmilChr02G005317 |
Chr02 | NC_080388.1:74051012-74051026promoter 内 3365-3379 bp |
+ | 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 74047416-74050390(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTACCATTTTGGGGT |
SmilChr03G000299 |
Chr03 | NC_080389.1:3413068-3413082promoter 内 2932-2946 bp |
+ | 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 3410844-3412013(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCTTTTTTTGGTT |
SmilChr01G004710 |
Chr01 | NC_080387.1:65246720-65246734promoter 内 2917-2931 bp |
+ | 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 65242854-65245650(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TGTCTACTTTTGGAA |
SmilChr01G002598 |
Chr01 | NC_080387.1:44155461-44155475promoter 内 2890-2904 bp |
+ | 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 44146211-44154364(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTGCCCTTTTTGGGG |
SmilChr01G005658 |
Chr01 | NC_080387.1:72932747-72932761promoter 内 2165-2179 bp |
- | 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 72929350-72930925(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TGCCAAAAAGAGAAA |
SmilChr01G001638 |
Chr01 | NC_080387.1:30415173-30415187promoter 内 1798-1812 bp |
+ | 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 30417376-30420460(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TACCAAAAAGAGAAA |
SmilChr01G001751 |
Chr01 | NC_080387.1:32243766-32243780promoter 内 1750-1764 bp |
- | 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 32246017-32248666(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCTCTTTTTGGTA |
SmilChr03G000298 |
Chr03 | NC_080389.1:3413068-3413082promoter 内 1653-1667 bp |
+ | 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 3409304-3410734(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCTTTTTTTGGTT |
SmilChr01G006029 |
Chr01 | NC_080387.1:75837662-75837676promoter 内 1299-1313 bp |
+ | 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 75840364-75843979(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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SmilChr01G003154 |
Chr01 | NC_080387.1:50327814-50327828promoter 内 615-629 bp |
- | 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 50331200-50332174(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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Chr02 | NC_080388.1:32655396-32655410promoter 内 136-150 bp |
+ | 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 2 | 32659261-32659334(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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SmilChr02G004042 |
Chr02 | NC_080388.1:62728801-62728815promoter 内 3979-3993 bp |
+ | 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 62728823-62730356(+) |
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+ | 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 22175169-22180780(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AACCAAAAAAAGAAA |
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Chr01 | NC_080387.1:59106808-59106822promoter 内 3686-3700 bp |
+ | 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 59107123-59109816(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AACCAAAAAAAGAAA |
SmilChr01G002039 |
Chr01 | NC_080387.1:36052904-36052918promoter 内 3616-3630 bp |
- | 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 36053289-36056257(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TAGCCATTTTTGGAT |
SmilChr03G000921 |
Chr03 | NC_080389.1:10530922-10530936promoter 内 3165-3179 bp |
- | 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 10531758-10532970(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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Chr01 | NC_080387.1:61952049-61952063promoter 内 2978-2992 bp |
+ | 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 61953072-61954889(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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Chr01 | NC_080387.1:54990119-54990133promoter 内 2736-2750 bp |
- | 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 54991384-54993922(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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SmilChr01G004952 |
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+ | 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 67594530-67595942(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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+ | 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 74710572-74713370(-) |
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MP00077 |
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SmilChr01G004924 |
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+ | 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 67306729-67311568(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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SmilChr01G005992 |
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+ | 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 75527745-75528917(-) |
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MP00077 |
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SmilChr01G000459 |
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+ | 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 9401707-9405133(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
CGCCTAAAATGGAAA |
SmilChr02G003636 |
Chr02 | NC_080388.1:57736102-57736116promoter 内 2440-2454 bp |
- | 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 57730340-57734555(-) |
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MP00077 |
AGCCAAAAAAAGAAA |
SmilChr01G004813 |
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+ | 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 66320823-66324495(+) |
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SmilChr01G005647 |
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+ | 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 72869032-72872931(-) |
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SmilChr03G000922 |
Chr03 | NC_080389.1:10530922-10530936promoter 内 1888-1902 bp |
- | 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.0/ 100 | 1 | 10533035-10533944(+) |
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