转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 26 / 123 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003691 Chr02 NC_080388.1:58329686-58329700promoter 内 2874-2888 bp + 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 58325837-58328573(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTTGGGTA
SmilChr01G005500 Chr01 NC_080387.1:71891309-71891323promoter 内 2622-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 71888810-71889944(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCCATTTTGGGGC
SmilChr01G002795 Chr01 NC_080387.1:46447636-46447650promoter 内 2410-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 46449227-46450838(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTCTAAAAATGGAAA
SmilChr02G005590 Chr02 NC_080388.1:75690017-75690031promoter 内 2364-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 75687281-75688394(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTCTGGCA
SmilChr02G005592 Chr02 NC_080388.1:75690017-75690031promoter 内 1961-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 75687908-75687991(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTCTGGCA
SmilChr02G005594 Chr02 NC_080388.1:75690017-75690031promoter 内 1498-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 75692520-75693781(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAGAAATGGAAA
SmilChr02G005591 Chr02 NC_080388.1:75690017-75690031promoter 内 1493-1507 bp + 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 75687379-75687523(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTCTGGCA
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51606721-51606735promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 51610611-51610717(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTTGGGAT
SmilChr01G004751 Chr01 NC_080387.1:65687006-65687020promoter 内 3407-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 65684443-65686426(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCCATTTTTGTAA
SmilChr01G003839 Chr01 NC_080387.1:56737991-56738005promoter 内 3255-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56738737-56743534(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TAGCCACTTTTGGAG
SmilChr01G002794 Chr01 NC_080387.1:46447636-46447650promoter 内 2646-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 46443274-46446295(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTTAGAG
SmilChr01G004728 Chr01 NC_080387.1:65463236-65463250promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 65459020-65461362(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCTATTTTTGGTT
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39776787-39776801promoter 内 2074-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 39778714-39782298(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTTGTTA
SmilChr02G002701 Chr02 NC_080388.1:46843978-46843992promoter 内 2000-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 46845979-46850611(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TAACAAAAATGGAAA
SmilChr02G005569 Chr02 NC_080388.1:75592206-75592220promoter 内 1212-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 75584703-75589431(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATACAAAAATGGAAA
SmilChr02G005593 Chr02 NC_080388.1:75693773-75693787promoter 内 743-757 bp + 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 75688723-75690529(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTTGTAT
SmilChr01G005878 Chr01 NC_080387.1:74727629-74727643promoter 内 606-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 74721717-74724248(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCCACTTTTGGAC
SmilChr02G003639 Chr02 NC_080388.1:57750502-57750516promoter 内 19-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 57745816-57746534(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTTTTTTTGGTT
SmilChr01G003684 Chr01 NC_080387.1:55229203-55229217promoter 内 2134-2148 bp + 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 55231070-55233619(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TACCAAAAAAGGAAG
SmilChr01G002462 Chr01 NC_080387.1:42296201-42296215promoter 内 1475-1489 bp + 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 42298727-42301733(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCAAAAAAAGAAA
SmilChr02G002659 Chr02 NC_080388.1:46023460-46023474promoter 内 616-630 bp + 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 46018745-46020089(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGACCACTTTTGGAA
SmilChr02G005316 Chr02 NC_080388.1:74051012-74051026promoter 内 300-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 74044426-74047325(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTACCATTTTGGGGT
SmilChr01G005659 Chr01 NC_080387.1:72932747-72932761promoter 内 118-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 72936630-72940415(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTCTTTTTGGCA
SmilChr02G005317 Chr02 NC_080388.1:74051012-74051026promoter 内 3365-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 74047416-74050390(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTACCATTTTGGGGT
SmilChr03G000299 Chr03 NC_080389.1:3413068-3413082promoter 内 2932-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 3410844-3412013(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTTTTTTTGGTT
SmilChr01G004710 Chr01 NC_080387.1:65246720-65246734promoter 内 2917-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 65242854-65245650(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGTCTACTTTTGGAA
SmilChr01G002598 Chr01 NC_080387.1:44155461-44155475promoter 内 2890-2904 bp + 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 44146211-44154364(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCCCTTTTTGGGG
SmilChr01G005658 Chr01 NC_080387.1:72932747-72932761promoter 内 2165-2179 bp - 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 72929350-72930925(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAGAGAAA
SmilChr01G001638 Chr01 NC_080387.1:30415173-30415187promoter 内 1798-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 30417376-30420460(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TACCAAAAAGAGAAA
SmilChr01G001751 Chr01 NC_080387.1:32243766-32243780promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 32246017-32248666(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTCTTTTTGGTA
SmilChr03G000298 Chr03 NC_080389.1:3413068-3413082promoter 内 1653-1667 bp + 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 3409304-3410734(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTTTTTTTGGTT
SmilChr01G006029 Chr01 NC_080387.1:75837662-75837676promoter 内 1299-1313 bp + 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 75840364-75843979(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCAAAAAAAGAAA
SmilChr01G003154 Chr01 NC_080387.1:50327814-50327828promoter 内 615-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 50331200-50332174(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTTTTTTTGGCT
SmilChr02G001789 Chr02 NC_080388.1:32655396-32655410promoter 内 136-150 bp + 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 32659261-32659334(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCCAAATGGAAA
SmilChr02G004042 Chr02 NC_080388.1:62728801-62728815promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 62728823-62730356(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AGCCAAAAAAAGAAA
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