转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 27 / 128 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002390 Chr05 NC_080391.1:26401830-26401844promoter 内 108-122 bp - 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 26396998-26397951(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGACT
SmilChr04G000675 Chr04 NC_080390.1:7707523-7707537promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 7707672-7708575(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGACG
SmilChr03G002970 Chr03 NC_080389.1:46498214-46498228promoter 内 3694-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 46498521-46502501(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGCGG
SmilChr04G000846 Chr04 NC_080390.1:10694500-10694514promoter 内 3417-3431 bp + 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 10692251-10693930(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr06G000874 Chr06 NC_080392.1:8260976-8260990promoter 内 3408-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8261569-8265162(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr03G000389 Chr03 NC_080389.1:4299124-4299138promoter 内 3399-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 4297428-4298536(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr08G001762 Chr08 NC_080394.1:14843682-14843696promoter 内 3397-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14837264-14843092(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGACG
SmilChr07G001792 Chr07 NC_080393.1:15273527-15273541promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 15274225-15277455(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr01G005419 Chr01 NC_080387.1:71396231-71396245promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 71396945-71399306(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr03G002915 Chr03 NC_080389.1:45904583-45904597promoter 内 3279-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45905305-45905967(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGTGGAGGTGG
SmilChr05G003726 Chr05 NC_080391.1:50354583-50354597promoter 内 3250-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 50355334-50357596(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr08G002777 Chr08 NC_080394.1:27484486-27484500promoter 内 3169-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 27481578-27483668(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr02G002007 Chr02 NC_080388.1:36207142-36207156promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 36207981-36211427(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGCGG
SmilChr01G000801 Chr01 NC_080387.1:17290757-17290771promoter 内 3153-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 17291605-17295058(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr01G000753 Chr01 NC_080387.1:16613086-16613100promoter 内 3140-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 16608795-16612239(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr03G001285 Chr03 NC_080389.1:15023117-15023131promoter 内 3136-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 15023982-15027894(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCTCCACCGCCG
SmilChr07G001080 Chr07 NC_080393.1:7923375-7923389promoter 内 3130-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 7924246-7926985(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGCGG
SmilChr02G000694 Chr02 NC_080388.1:11032039-11032053promoter 内 3099-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 11032941-11043944(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGACG
SmilChr05G000990 Chr05 NC_080391.1:8045817-8045831promoter 内 3085-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8042929-8044915(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCG
SmilChr03G002695 Chr03 NC_080389.1:42939151-42939165promoter 内 3080-3094 bp - 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 42936360-42938244(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGACG
SmilChr04G000342 Chr04 NC_080390.1:3144536-3144550promoter 内 2949-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3142440-3143498(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr01G000730 Chr01 NC_080387.1:16246370-16246384promoter 内 2930-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 16247441-16254213(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr04G001273 Chr04 NC_080390.1:20251871-20251885promoter 内 2890-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 20245489-20250774(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGACT
SmilChr06G002763 Chr06 NC_080392.1:40234584-40234598promoter 内 2883-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40232458-40233480(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr02G001193 Chr02 NC_080388.1:21958894-21958908promoter 内 2722-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21960173-21963698(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr06G001024 Chr06 NC_080392.1:10145908-10145922promoter 内 2653-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 10139991-10144574(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGC
SmilChr04G003451 Chr04 NC_080390.1:51001563-51001577promoter 内 2635-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51002929-51005000(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr04G001981 Chr04 NC_080390.1:32087620-32087634promoter 内 2597-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 32089024-32090649(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCA
SmilChr01G004284 Chr01 NC_080387.1:61069480-61069494promoter 内 2558-2572 bp - 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61070923-61074006(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr01G003428 Chr01 NC_080387.1:52940630-52940644promoter 内 2534-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52942097-52942661(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGACG
SmilChr02G001852 Chr02 NC_080388.1:33739862-33739876promoter 内 2331-2345 bp + 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 33741532-33744438(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr01G004959 Chr01 NC_080387.1:67685950-67685964promoter 内 2304-2318 bp + 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 67687647-67692378(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr07G000816 Chr07 NC_080393.1:5757500-5757514promoter 内 2288-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 5751069-5755801(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr05G000929 Chr05 NC_080391.1:7446689-7446703promoter 内 2198-2212 bp - 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 7448492-7450287(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr05G000039 Chr05 NC_080391.1:183924-183938promoter 内 2185-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 178118-182122(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr01G001444 Chr01 NC_080387.1:28139671-28139685promoter 内 2116-2130 bp - 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 28136280-28137800(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGACG
SmilChr04G001436 Chr04 NC_080390.1:23446507-23446521promoter 内 2018-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 23448490-23449463(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
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SmilChr03G002540 Chr03 NC_080389.1:40558827-40558841promoter 内 1633-1647 bp - 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40551539-40556473(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCG
SmilChr07G004653 Chr07 NC_080393.1:59404551-59404565promoter 内 1593-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59398378-59402157(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr07G001666 Chr07 NC_080393.1:14117890-14117904promoter 内 1374-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14120517-14126780(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
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SmilChr07G001647 Chr07 NC_080393.1:13898977-13898991promoter 内 1108-1122 bp - 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 13901870-13909140(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr05G000474 Chr05 NC_080391.1:3621111-3621125promoter 内 1013-1027 bp + 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3615430-3618137(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCTG
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SmilChr08G000073 Chr08 NC_080394.1:428603-428617promoter 内 759-773 bp + 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 431845-432454(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr04G003746 Chr04 NC_080390.1:53748291-53748305promoter 内 679-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53751613-53755949(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA