转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 27 / 119 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005022 Chr01 NC_080387.1:68203181-68203191promoter 内 1769-1779 bp - 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68197204-68200959(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AACAGTCAACA
SmilChr01G002264 Chr01 NC_080387.1:39440617-39440627promoter 内 1732-1742 bp + 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39437281-39438358(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTATT
SmilChr02G000405 Chr02 NC_080388.1:5015148-5015158promoter 内 1620-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5017529-5022524(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTTAA
SmilChr01G004085 Chr01 NC_080387.1:59264661-59264671promoter 内 1543-1553 bp + 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 59267119-59268086(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAACG
SmilChr02G003016 Chr02 NC_080388.1:50857960-50857970promoter 内 1495-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50854369-50855464(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTT
SmilChr01G002170 Chr01 NC_080387.1:37804762-37804772promoter 内 1412-1422 bp + 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37799636-37802183(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTT
SmilChr01G004479 Chr01 NC_080387.1:62887316-62887326promoter 内 1244-1254 bp - 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62890073-62893796(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTTAA
SmilChr01G001001 Chr01 NC_080387.1:21071320-21071330promoter 内 1198-1208 bp + 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 21066877-21068527(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTT
SmilChr02G002830 Chr02 NC_080388.1:48397647-48397657promoter 内 1162-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48390894-48394818(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AATAGTCAACA
SmilChr01G001288 Chr01 NC_080387.1:25672063-25672073promoter 内 1090-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 25674974-25676465(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTT
SmilChr01G003863 Chr01 NC_080387.1:56898452-56898462promoter 内 945-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56891702-56895406(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AACAGTCAACA
SmilChr02G000147 Chr02 NC_080388.1:1969441-1969451promoter 内 919-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1963212-1966369(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AACAGTCAACA
SmilChr01G005491 Chr01 NC_080387.1:71837069-71837079promoter 内 842-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71833093-71833920(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAACG
SmilChr01G004478 Chr01 NC_080387.1:62887316-62887326promoter 内 761-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62878340-62884086(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAACG
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48033938-48033948promoter 内 706-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48037233-48039898(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTATT
SmilChr02G000207 Chr02 NC_080388.1:2730123-2730133promoter 内 578-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2733546-2736218(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AACAGTCAACA
SmilChr02G000371 Chr02 NC_080388.1:4714208-4714218promoter 内 363-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4707394-4710580(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AACAGTCAACA
SmilChr01G002265 Chr01 NC_080387.1:39440617-39440627promoter 内 330-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39444288-39446912(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AATAGTCAACA
SmilChr02G001747 Chr02 NC_080388.1:32061720-32061730promoter 内 323-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32049309-32058052(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTT
SmilChr01G004682 Chr01 NC_080387.1:64896153-64896163promoter 内 176-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 64890235-64892338(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GCCAGTCAACG
SmilChr01G004292 Chr01 NC_080387.1:61139137-61139147promoter 内 28-38 bp - 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 61132968-61135174(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AACAGTCAACA
SmilChr01G002685 Chr01 NC_080387.1:45053044-45053054promoter 内 10-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 45057035-45058846(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTT
SmilChr01G002599 Chr01 NC_080387.1:44161566-44161576promoter 内 685-695 bp + 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 6 44154876-44158260(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTAT
SmilChr02G003185 Chr02 NC_080388.1:52995502-52995512promoter 内 711-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 5 52998792-53001288(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAAAG
SmilChr02G001355 Chr02 NC_080388.1:25315403-25315413promoter 内 3644-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 25306259-25315056(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTACG
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22979808-22979818promoter 内 3643-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 22978984-22979460(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTACG
SmilChr02G003847 Chr02 NC_080388.1:60220181-60220191promoter 内 2242-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 60217041-60218432(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTAT
SmilChr01G005303 Chr01 NC_080387.1:70303565-70303575promoter 内 2017-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 70305549-70306130(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTAGTCAACG
SmilChr02G004116 Chr02 NC_080388.1:63453893-63453903promoter 内 484-494 bp + 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 63457410-63457976(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAAAG
SmilChr02G004083 Chr02 NC_080388.1:63103667-63103677promoter 内 3515-3525 bp + 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 63102560-63103191(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTGG
SmilChr01G002005 Chr01 NC_080387.1:35572591-35572601promoter 内 3137-3147 bp + 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 35571231-35571737(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTGG
SmilChr01G006149 Chr01 NC_080387.1:76958802-76958812promoter 内 2890-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 76959913-76962545(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTAT
SmilChr02G003766 Chr02 NC_080388.1:59363764-59363774promoter 内 2868-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 59364897-59366076(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTAT
SmilChr01G000132 Chr01 NC_080387.1:2220537-2220547promoter 内 1600-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 2216359-2218146(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTAT
SmilChr01G001347 Chr01 NC_080387.1:26739377-26739387promoter 内 1597-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 26733442-26736983(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGCAGTCAACG
SmilChr01G005763 Chr01 NC_080387.1:73744118-73744128promoter 内 132-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 73730030-73740259(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTGG
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